Στην ορεινή Κόνιτσα της Ηπείρου, μέσα σε μια μουσουλμανική οικογένεια με σπουδαία πνευματική θέση, ένα παιδί προοριζόταν να ακολουθήσει τα βήματα του πατέρα του στο τάγμα των δερβίσηδων. Όμως η χάρη του Χριστού επρόκειτο να γκρεμίσει όλα τα κοσμικά αξιώματα και να τον στείλει στο μαρτυρικό στεφάνι των νεομαρτύρων. Ο Άγιος Ιωάννης γεννήθηκε στην Κόνιτσα της Ηπείρου από γονείς μουσουλμάνους και μεγάλωσε μέσα σε αυστηρό θρησκευτικό περιβάλλον. Ο πατέρας του ήταν δερβίσης και είχε το αξίωμα του σέχη μέσα στην κοινότητα των ομοθρήσκων του.

Όταν ο νεαρός Ιωάννης συμπλήρωσε τα είκοσι χρόνια του, μπήκε και αυτός στο τάγμα των δερβίσηδων. Αφού έμεινε αρκετά χρόνια στα Ιωάννινα μέσα στους κύκλους των δερβίσηδων, μετοίκησε στο Βραχώρι της Αιτωλίας, που σήμερα ονομάζεται Αγρίνιο. Εκεί κατοίκησε σε ένα οίκημα που ονομαζόταν Μουσελίμ σεράι και συνέχιζε να ζει όπως οι ομόθρησκοί του. Ξαφνικά όμως άρχισε να ζει σαν χριστιανός, πέταξε από πάνω του τα ενδύματα του δερβίση και ντύθηκε με χριστιανικά ρούχα.

Έπειτα ξεκίνησε για το νησί της Ιθάκης, όπου δέχτηκε το άγιο βάπτισμα και έλαβε το χριστιανικό όνομα Ιωάννης. Από εκείνη τη στιγμή ξαναγεννήθηκε με τη χάρη του Αγίου Πνεύματος και άρχισε εντελώς νέα ζωή στον Χριστό. Όταν επανήλθε στην Αιτωλία, παντρεύτηκε στο χωριό Μαχαλάς και έκανε το επάγγελμα του αγροφύλακα για να ζει με ησυχία. Ο πατέρας του όμως έστειλε απεσταλμένους να τον μεταπείσουν και να τον επιστρέψουν στην προηγούμενη πίστη του. Ο Ιωάννης τους έδιωξε χωρίς δισταγμό, μένοντας ακλόνητος στην αγάπη του προς τον Χριστό και την Εκκλησία.

Τότε συλλήφθηκε από τον μουσελίμη του Βραχωρίου, ο οποίος ήθελε να τον αναγκάσει να αρνηθεί τον Χριστό. Ομολόγησε όμως με μεγάλο θάρρος το χριστιανικό του όνομα και την ολόψυχη αγάπη του στον Σωτήρα Χριστό. Δεν δίστασε ούτε στιγμή να δηλώσει δημόσια ενώπιον των κριτών ότι ανήκει για πάντα στον Κύριο Ιησού. Οι Τούρκοι τον βασάνισαν ανελέητα, για να τον λυγίσουν, αλλά η πίστη του παρέμεινε ζωντανή και αδάμαστη. Τελικά τον αποκεφάλισαν στις είκοσι τρεις Σεπτεμβρίου του χίλια οκτακόσια δεκατέσσερα, στεφανώνοντας τη νεομαρτυρική του πορεία.

Οι χριστιανοί παρέλαβαν με ευλάβεια το τίμιο λείψανό του και το έθαψαν σε ένα αγρόκτημα στο Βραχώρι. Τα άγια λείψανά του αργότερα τα μετέφεραν οι πιστοί και τα εναπόθεσαν σε κρύπτη της Ιεράς Μονής Προυσού. Στον τόπο αυτό παρέμειναν κρυμμένα επί πολλά χρόνια, μέχρι την ανεύρεσή τους στις τέσσερις Ιανουαρίου του χίλια εννιακόσια εβδομήντα τέσσερα. Ταις πρεσβείαις του αγίου νεομάρτυρος Ιωάννου του εξ Αγαρηνών, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.