Ένας Αλβανός στρατιώτης του οθωμανικού στρατού άφησε τη θρησκεία των πατέρων του και βαπτίστηκε χριστιανός με το όνομα Ιωάννης στην κρητική γη. Έγινε ταπεινός αγροφύλακας στο χωριό Άγιος Ιωάννης της Φαιστού και τελικά μαρτύρησε φρικτά για την πίστη του στον Χριστό. Η αλβανική του καταγωγή του χάρισε και το προσωνύμιο Αρναουτογιάννης, καθώς οι Αλβανοί ονομάζονταν Αρναούτ στην τουρκική γλώσσα της εποχής εκείνης. Μετά τη βάπτισή του βρήκε καταφύγιο στο μικρό χωριό της Μεσαράς και εκεί εγκαταστάθηκε με σεμνότητα και ησυχία.

Ζούσε βίο ευσεβή και ευλαβικό, ασκώντας το ταπεινό επάγγελμα του δραγάτη για να εξασφαλίζει τα αναγκαία της καθημερινής ζωής του. Φύλαγε με συνέπεια τους αγρούς των χωρικών και κέρδιζε την εμπιστοσύνη των χριστιανών που έβλεπαν μέσα του έναν αληθινό αδελφό. Όμως οι Οθωμανοί της περιοχής δεν τον είχαν συγχωρήσει που εγκατέλειψε τη μουσουλμανική θρησκεία και έγινε χριστιανός. Το μίσος τους έβραζε κρυφό και περίμενε μόνο την κατάλληλη ευκαιρία για να ξεσπάσει εναντίον του πιστού νεοφώτιστου.

Η ευκαιρία ήρθε σύντομα, όταν κάποιοι επαναστάτες σκότωσαν δύο Τουρκόγυφτους σε μια αναταραγμένη εποχή της Κρήτης. Οι Οθωμανοί κατήγγειλαν τον Ιωάννη στην κοσμική εξουσία ως δολοφόνο των δύο Τουρκόγυφτων, αν και ήταν εντελώς αθώος του εγκλήματος. Πρόσθεσαν μάλιστα ότι μετά την αλλαγή του θρησκεύματός του είχε διάθεση εξόντωσης κάθε Μουσουλμάνου της περιοχής για λόγους φανατισμού. Έτσι ο ταπεινός δραγάτης συνελήφθη και στάλθηκε δέσμιος στο Ηράκλειο, όπου τον περίμενε δίκη ενώπιον της οθωμανικής εξουσίας.

Στο δικαστήριο αποδείχθηκε χωρίς δυσκολία η πλήρης αθωότητά του και το ψεύδος των κατηγόρων του φάνηκε καθαρά. Ο δικαστής Ρεχίτ Εφέντης όμως δεν θέλησε να τον αφήσει ελεύθερο και του ζήτησε να επιστρέψει ξανά στη μουσουλμανική θρησκεία. Με αυτόν τον τρόπο, έλεγε, θα φαινόταν ότι ο φόνος δεν είχε γίνει από θρησκευτική αντιπαλότητα προς τους Οθωμανούς. Διαφορετικά θα τον καταδίκαζε αμέσως σε θάνατο, παρόλο που η αθωότητά του είχε ήδη αποδειχθεί στο δικαστήριο.

Ο Ιωάννης τότε με μεγάλο θάρρος ομολόγησε τον Χριστό και αρνήθηκε σταθερά να προδώσει τη νέα του πίστη. Για τρεις ολόκληρες ημέρες τον βασάνισαν με φρικτά μαρτύρια, ανάμεσα στα οποία πύρωσαν ένα σιδερένιο δοχείο και του το φόρεσαν πάνω στο κεφάλι. Όταν ο μάρτυρας παρέδωσε την ψυχή του στον Θεό, ο Πασάς διέταξε να δοθεί το σώμα του στους χριστιανούς για ταφή. Οι πιστοί το παρέλαβαν με ευλάβεια και το έθαψαν στα Σπιτάλια, στην περιοχή γύρω από την παλιά Υγειονομική Υπηρεσία του Ηρακλείου.

Το ημερολόγιο έδειχνε Σάββατο πέντε Μαΐου, χίλια οκτακόσια σαράντα πέντε μετά Χριστόν, και οι χριστιανοί ξέσπασαν σε θλίψη και αγανάκτηση. Όπως μαρτυρεί ο Στέφανος Νικολαΐδης στα βιογραφικά του σημειώματα, έγινε φοβερή στάση των χριστιανών εναντίον της κυβερνήσεως για τον Αρναουτογιάννη που θανατώθηκε με φρικωδέστατα βασανιστήρια. Για να ικανοποιηθεί η οργή του λαού, εξορίστηκε ο πρόεδρος του δικαστηρίου Ρεχίτ Εφέντης και αντικαταστάθηκε από τον Κουλουκτζή Μεϊμουρή.

Μετά από καιρό έγινε η ανακομιδή των λειψάνων και βρέθηκαν αγιασμένα, με την ευωδία να επιβεβαιώνει τη μαρτυρική του τελείωση. Τα παρέλαβε τότε ο Πρόξενος της Ρωσίας και τα έστειλε στο Κίεβο, όπου φυλάσσονται μαζί με άλλα ιερά λείψανα. Την εύρεση του Αγίου την οφείλουμε στην πολυετή έρευνα του Πρωτοσυγκέλλου της Μητροπόλεως Γορτύνης πατρός Χρυσοστόμου Παπαδάκη. Την ιερή Ακολουθία του Αγίου συνέγραψε ο Μέγας Υμνογράφος της Αλεξανδρινής Εκκλησίας Χαραλάμπης Μπούσιας προς δόξαν του νεομάρτυρος.