Μέσα στις χαμηλές οροσειρές της Κάτω Ιταλίας ένα παιδί μεγαλώνει με την ψυχή στραμμένη στον Χριστό και στους Πατέρες της ερήμου της Αιγύπτου. Ο μικρός Νικόλαος, ο μετέπειτα Όσιος Νείλος, γεννιέται στο Ροσσάνο της Καλαβρίας το έτος εννιακόσια δέκα και θεωρείται από τους ευσεβείς γονείς του θείο δώρο της Παναγίας. Από νωρίς εκείνοι τον αφιερώνουν στην Υπεραγία Θεοτόκο και τον γαλουχούν μέσα στα ιερά κείμενα της Γραφής και τους ασκητικούς λόγους. Ως νεαρό παιδί ερευνά την Αγία Γραφή και τους ασκητικούς πατέρες, ρωτώντας τους γονείς για όσα δεν κατανοεί από τα δύσκολα εδάφια.

Όταν εκείνοι αναχωρούν σε νεαρή ηλικία, η ευσεβής αδελφή του αναλαμβάνει την ανατροφή και τη σωστή πνευματική του καθοδήγηση με αγάπη. Στα νιάτα του ο Νείλος είναι εύγλωττος, ευπαρουσίαστος και περιζήτητος από τις κοπέλες της πόλεως, και κάποια από εκείνες τον κατακτά τελικά. Συνδέεται μαζί της και αποκτούν ένα παιδί, χωρίς όμως ο νεαρός να βρίσκει εσωτερική ανάπαυση κοντά τους ποτέ. Σε μια κρίση πυρετού βλέπει όραμα θανάτου και αιώνιας καταδίκης τόσο ζωηρό, ώστε τρέμει ολόκληρος και αλλάζει εντελώς πορεία ζωής.

Μια ημέρα φεύγει χωρίς να ειδοποιήσει κανέναν, με προορισμό τις σκληρές μονές της περιοχής του Μερκουρείου, ζητώντας μοναχικό σχήμα. Οι μοναχοί εκεί φοβούνται όμως να τον δεχθούν, γιατί ο κυβερνήτης απειλεί κάθε μονή με αντίποινα. Έτσι ο νεαρός ξεκινά μακρινό οδοιπορικό προς ξένο μοναστήρι σε λομβαρδική επαρχία, με την ψυχή στραμμένη ολόκληρη στον Χριστό. Στον δρόμο ένας Σαρακηνός και αργότερα ένας ιππότης τού υποδεικνύουν να γυρίσει πίσω, όμως εκείνος προχωρά αποφασισμένος προς τον σκοπό του.

Φθάνει στη μονή του Αγίου Ναζαρίου, ενδύεται το μοναχικό σχήμα, με τον όρο να επιστρέψει στο Μερκούρειο μετά από σαράντα ημέρες. Ο ηγούμενος επιθυμεί να τον τοποθετήσει επικεφαλής κοντινής μονής, αλλά ο Νείλος ορκίζεται πως ποτέ δεν θα δεχθεί τιμές ή υψηλές μοναστηριακές θέσεις. Ένας πρώην υπηρέτης του τον επισκέπτεται για να τον ενθαρρύνει, και ο Όσιος τού χαρίζει τα ρούχα του, γιατί εκείνος δεν είχε χρήματα να αγοράσει μοναχικό ένδυμα. Ζητά για τον εαυτό του μόνο ένα δέρμα προβάτου ως μανδύα και προφητεύει αμέσως τον θάνατο ενός κακού ευγενούς της περιοχής εκείνης.

Αναχωρεί αμέσως μετά για το Μερκούρειο, όπου θα συναντήσει τον στενότατο πνευματικό του φίλο και συνασκητή. Εκεί αναπτύσσει βαθύ πνευματικό δεσμό με τον Άγιο Φαντίνο, και οι δύο τους περιστοιχίζονται από μοναχούς που ακούν τις θεολογικές συζητήσεις τους πάνω στις Γραφές. Ένας Γέροντας Ιωάννης τον δοκιμάζει προσφέροντας μεγάλο ποτήρι κρασί, και ο Νείλος το πίνει ολόκληρο σε ένδειξη ταπεινής υπακοής. Λίγο αργότερα δέχεται σκληρή επίπληξη όταν προσπαθεί να διορθώσει ερμηνεία του Ιωάννου σε εδάφιο του Θεολόγου, και τη δέχεται σιωπηλά.

Ο σατανάς εμφανίζεται με μορφή Πέτρου και Παύλου, του δίνει αιρετική ερμηνεία, αλλά ο Όσιος σπεύδει στον Γέροντα και εξομολογείται όλα όσα συνέβησαν. Η καρδιά του Οσίου διψά για ησυχία, και με ευλογία των Πατέρων κατοικεί σε ερημική σπηλιά κοντά στη μονή. Εκεί παλεύει με τη σκέψη μήπως δει Άγγελο ή θεϊκή φλόγα πάνω στην Αγία Τράπεζα του Αρχαγγέλου Μιχαήλ μέσα στο σπήλαιο. Καλύπτει τα μάτια του με ποταμούς δακρύων και ταπεινώνει το σώμα του με πολλές μετάνοιες κάθε νύχτα.

Παλεύει και με σαρκικούς πειρασμούς, ρίχνοντας τον εαυτό του πάνω σε αγκάθια ώστε ο πόνος να σβήσει την κάθε ακάθαρτη επιθυμία. Κάποτε στη Ρώμη, μέσα στον ναό του Αγίου Πέτρου, βλέπει μια ψηλή γυναίκα και δεν μπορεί να την βγάλει από τη σκέψη του. Στρέφεται με δάκρυα στον Εσταυρωμένο, και η μορφή του Χριστού υψώνει το δεξί χέρι ευλογώντας τον τρεις φορές με αγάπη. Από εκείνη τη στιγμή κάθε ακάθαρτος πόλεμος παύει μέσα του, αφού πέτυχε με την ομολογία της αδυναμίας όσα δεν είχε κατορθώσει με πολλές νηστείες και αγρυπνίες.

Πλησιάζει ένας μοναχός για να γίνει μαθητής του, όμως κουράζεται από τον τρόπο ζωής και αρχίζει να φιλονικεί με τον Όσιο. Ζητά πίσω τα τρία νομίσματα που είχε δώσει, και ο Όσιος τα ξεπληρώνει αντιγράφοντας τρία Ψαλτήρια σε γειτονικό μοναστήρι, με σπουδαία επιμέλεια. Αργότερα παρουσιάζει όγκο στον λάρυγγα και αρνείται να τον θεραπεύσει τρώγοντας ψάρι, και ο Κύριος τον ιατρεύει εσωτερικά διαλύοντας θαυματουργικά τη φλεγμονή. Ο διάβολος εμφανίζεται με μορφή Αιθίοπα και τον κτυπά στο κεφάλι, αφήνοντάς τον μισοαναίσθητο και πρησμένο για σχεδόν έναν ολόκληρο χρόνο.

Θεραπεύεται όταν διαβάζει στον ναό των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου το θαυμαστό Εγκώμιο του Αγίου Ιωάννου του Δαμασκηνού. Όταν ο Άγιος Φαντίνος προβλέπει την καταστροφή του Μερκουρείου από Σαρακηνούς, οι μοναχοί παρακαλούν τον Νείλο να αναλάβει ηγούμενο, και εκείνος επιλέγει τον αδελφό Λουκά. Ο μακάριος Στέφανος γίνεται ο πρώτος αληθινός μαθητής του, και ο Όσιος τον γυμνάζει με σκληρή αλλά γεμάτη αγάπη παιδαγωγία στην υπομονή. Φροντίζει μάλιστα να φιλοξενηθεί η μητέρα και η αδελφή του Στεφάνου στη μονή της οσίας ηγουμένης Θεοδώρας.

Σε εποχή σαρακηνικών επιδρομών ο Όσιος πιστεύει πως ο Στέφανος αιχμαλωτίστηκε και προχωρά μόνος να μοιραστεί την αιχμαλωσία του, μέχρι που διαπιστώνει πως όλοι είναι ασφαλείς. Ένας αυτοκρατορικός δικαστής, ο Ευπράξιος, αρρωσταίνει από γάγγραινα έπειτα από συκοφαντίες κατά του Οσίου και τελικά τον προσκυνά μετανοημένος. Μοιράζει την περιουσία του στους πτωχούς και κουρεύεται μοναχός, παραδίδοντας τέλος εν ειρήνη το πνεύμα του στον Χριστό. Όταν ο Όσιος αντιλαμβάνεται πως η Καλαβρία θα πέσει στους Σαρακηνούς, αναχωρεί για την Κάπουα, τη Ρώμη και τέλος στο Τούσκουλο, όπου κοιμάται εν ειρήνη το έτος χίλια τρία. Ταις πρεσβείαις του Οσίου Πατρός ημών Νείλου του Νεοτέρου, του εκ Καλαβρίας θαυματουργού και διδασκάλου της ησυχίας, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.