Στις λαμπρές αυλές των Βλαχερνών, εκεί όπου η Παναγία φύλασσε αόρατα τη βασιλεύουσα πόλη, υπηρετούσε ένας ευλαβής πρεσβύτερος ως σκευοφύλακας του ναού της. Ο Καλλίνικος είχε αναθρέψει την ψυχή του στην προσευχή, στη μελέτη και στην ταπεινή φροντίδα των ιερών σκευών της Εκκλησίας του Χριστού. Όταν ο πατριάρχης Παύλος εκοιμήθη ειρηνικά και απήλθε προς τον Κύριο, η κοινή φωνή του κλήρου και του λαού ανέβασε τον ταπεινό σκευοφύλακα στον πατριαρχικό θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως. Έτυχε να βασιλεύει εκείνη την εποχή ο Ιουστινιανός ο Δεύτερος, άνδρας κακότροπος, αλαζονικός και ελάχιστα θεοφοβούμενος προς τους ιερούς θεσμούς.

Καταπίεζε σκληρά τους χριστιανούς της Κωνσταντινουπόλεως και δεν σεβόταν ούτε την ιερωσύνη ούτε τους θείους ναούς του παντοκράτορος Θεού. Ο νεαρός αυτοκράτορας ανέλαβε τότε να οικοδομήσει μέγα και υπερήφανο ανάκτορο, το οποίο μάλιστα επιθυμούσε να φέρει υπερήφανα το ίδιο του το όνομα. Κοντά στον χώρο εκείνον υψωνόταν ένας ναός αφιερωμένος στην Παναγία, ο οποίος αποκαλούνταν από τους πιστούς της πρωτεύουσας ως μητροπολιτικός ναός. Καθώς ο εξωτερικός τοίχος του παλατιού έπρεπε να περάσει ακριβώς από εκεί, ο αυτοκράτορας αποφάσισε αμετάκλητα να γκρεμίσει εντελώς τον ναό.

Σκόπευε μάλιστα να στήσει στη θέση του τα μαρμάρινα σκαλιά και την πλούσια επίσημη είσοδο της νέας του οικοδομής. Έδωσε λοιπόν εντολή στον πατριάρχη να εκφωνήσει ευλογητική ευχή για να αρχίσει η κατεδάφιση του ιερού οίκου της Θεοτόκου. Ο άγιος Καλλίνικος αντιστάθηκε με παρρησία στην αυτοκρατορική εντολή και δήλωσε με σταθερή φωνή ότι δεν διέθετε καμία τέτοια ευχή. Αποκρίθηκε στους απεσταλμένους ότι κατείχε ευχές μόνον για τη θεμελίωση και την ανέγερση των χριστιανικών ναών.

Πρόσθεσε αμέσως ότι ο Θεός έπλασε τον κόσμο για να υπάρχει, και όχι για να καταστρέφεται από τα χέρια των ανθρώπων. Οι απεσταλμένοι του παλατιού επέμειναν με βία και προσπάθησαν επανειλημμένα να εξαναγκάσουν τον πατριάρχη να συμμορφωθεί με τη βασιλική θέληση. Εκείνος δάκρυσε πικρά, αναφώνησε προς τον Κύριο και είπε: δόξα σε Σένα, Χριστέ μου, που ανέχεσαι όλα όσα συμβαίνουν. Με τα λόγια του αυτά ο ναός σωριάστηκε αμέσως μόνος του στο έδαφος και διαλύθηκε ολοσχερώς.

Δεν πέρασε όμως πολύς καιρός και η δίκαιη κρίση του Θεού άγγιξε με τρόπο φοβερό τον ίδιο τον αυτοκράτορα Ιουστινιανό. Όταν εκείνος έμαθε ότι ο λαός γόγγυζε εναντίον του εξαιτίας της σκληρότητας και της ασέβειάς του, ετοίμασε νυχτερινή σφαγή των ευγενεστέρων ανδρών της πόλεως. Ανέθεσε το αιματηρό αυτό έργο της εξοντώσεως στον πατρίκιο και αιμοχαρή στρατηγό Στέφανο, που ήταν περσικής καταγωγής και πιστός εκτελεστής εντολών. Στην πόλη ζούσε τότε ο γενναίος στρατηγός Λεόντιος, ο οποίος είχε πρόσφατα ελευθερωθεί από τριετή φυλάκιση και απολάμβανε την εκτίμηση των στρατιωτικών μονάδων.

Όταν ο Λεόντιος έμαθε για το ανόσιο σχέδιο της νύχτας, αποκάλυψε κρυφά τα πάντα σε μερικούς πιστούς φίλους και συντρόφους του. Εκείνοι ειδοποίησαν με τη σειρά τους άλλους έμπιστους άνδρες, και έτσι μέχρι το βράδυ συγκεντρώθηκε στην πόλη σημαντική ομάδα οπλισμένων ανδρών. Όρμησαν όλοι μαζί προς το παλάτι, βρήκαν τον αυτοκράτορα να κοιμάται ήσυχα και τον αιχμαλώτισαν δένοντας σφιχτά τα χέρια του. Ο Λεόντιος άνοιξε αμέσως όλες τις φυλακές της πόλης και έδωσε όπλα στους κρατουμένους, στέλνοντάς τους σε όλη την Πόλη με βροντερές κραυγές προς τον λαό.

Φώναζαν στους δρόμους ότι ο τύραννος Ιουστινιανός νικήθηκε και βρίσκεται ήδη δεμένος στα χέρια των ένοπλων συντρόφων τους. Το πλήθος έτρεξε με χαρά μεγάλη προς τον ναό της Αγίας Σοφίας, ψάλλοντας τον ψαλμικό στίχο για την ευλογημένη ημέρα που έκαμε ο Κύριος. Όταν ξημέρωσε η νέα μέρα, ο Λεόντιος οδήγησε δεμένο τον πρώην αυτοκράτορα μπροστά στον ιππόδρομο της Κωνσταντινουπόλεως. Ενώπιον όλου του συγκεντρωμένου λαού του έκοψε τη μύτη και τον εξόρισε στη μακρινή Χερσώνα της Κριμαίας.

Από τότε ο εκπτωθείς ηγεμόνας πήρε το παρωνύμιο Κορκόνωσος, που σημαίνει στην απλή γλώσσα ο Ρινότμητος αυτοκράτορας. Οι Κωνσταντινουπολίτες ανακήρυξαν αμέσως νέο αυτοκράτορα τον Λεόντιο, και ο άγιος Καλλίνικος τέλεσε ο ίδιος τη βασιλική του στέψη στον λαμπρό ναό της Αγίας Σοφίας. Ο νέος αυτοκράτορας παρέμεινε στον θρόνο μόνον τρία χρόνια, καθώς ο στρατηγός Αψίμαρος τον εκθρόνισε, στέφθηκε αυτοκράτορας με το όνομα Τιβέριος και τον εξόρισε σε ένα απομονωμένο μοναστήρι της Δαλματίας. Πέρασαν επτά ολόκληρα χρόνια και ο εξόριστος Ιουστινιανός δραπέτευσε με τόλμη από τη Χερσώνα, κατευθυνόμενος προς τα βόρεια.

Κατέφυγε πρώτα στους Χαζάρους και έπειτα στους Βουλγάρους, από όπου κατάφερε να συγκεντρώσει μεγάλη και πειθαρχημένη στρατιωτική δύναμη. Έφτασε με τον στρατό του μπροστά στις Χρυσές Πύλες της Κωνσταντινουπόλεως και στρατοπέδευσε επί τρεις ολόκληρες ημέρες έξω από τα τείχη της Πόλης. Ο πληθυσμός της Κωνσταντινουπόλεως τον απέρριψε με ύβρεις και βιαστικές αποδοκιμασίες, ενώ ο αυτοκράτορας Αψίμαρος φοβήθηκε την ορμή του και κατέφυγε στην απομακρυσμένη Απολλωνία. Ο Ιουστινιανός έστειλε τότε επίσημους πρεσβευτές προς τον πατριάρχη Καλλίνικο και προς τη σύγκλητο της πρωτεύουσας, παρακαλώντας με όρκους να τον δεχθούν ξανά στον αυτοκρατορικό θρόνο.

Υποσχέθηκε επανειλημμένα ότι δεν θα μνησικακούσε καθόλου για το προηγούμενο διωγμό και την εξορία του στη μακρινή Χερσώνα. Ο πατριάρχης και η σύγκλητος του πρότειναν να ασπασθεί τον τίμιο σταυρό και το ιερό ευαγγέλιο, και του ζήτησαν επίσης να μεταλάβει τα άχραντα μυστήρια του σώματος και του αίματος του Χριστού. Με τον επίσημο αυτόν ασπασμό επιβεβαίωσε επίσημα την υπόσχεσή του ενώπιον του Θεού, του πατριάρχη και ολόκληρου του λαού. Οι Κωνσταντινουπολίτες άνοιξαν τότε τις πύλες της πόλης και τον υποδέχθηκαν στους δρόμους με τιμές πανηγυρικές και επευφημίες.

Μόλις όμως μπήκε με τους στρατιώτες του στη Βασιλεύουσα, αθέτησε αμέσως τους όρκους και τις διαβεβαιώσεις του προς τους πάντες. Άρχισε αμέσως να θανατώνει χωρίς οίκτο πολλά μέλη της συγκλήτου και άλλους ευγενείς πολίτες της Κωνσταντινουπόλεως. Πρόσταξε ακόμη να φέρουν από τη Δαλματία τον εξόριστο Λεόντιο, και έπιασε τον Αψίμαρο στην Απολλωνία της Μικράς Ασίας. Διέταξε να τους περιφέρουν δεμένους με μεγάλη ατιμία μέσα στους κεντρικούς δρόμους της Κωνσταντινουπόλεως, μπροστά στο πλήθος.

Έπειτα τους έριξε στα πόδια του στον ιππόδρομο, πάτησε τους τραχήλους τους και τους εξευτέλισε ενώπιον όλου του λαού. Οι στρατιώτες του φώναζαν δυνατά τον ψαλμικό στίχο για την ασπίδα και τον βασιλίσκο που θα πατήσει ο νικητής. Αφού τους χλεύασε αρκετά, ο νέος τύραννος έδωσε εντολή να αποκεφαλισθούν αμέσως μπροστά στον λαό και οι δύο. Έπειτα γέμισε με αίμα ολόκληρη την πρωτεύουσα, μη λυπούμενος ούτε τον απλό λαό ούτε τους ευγενείς.

Συνέλαβε επίσης τον πατριάρχη Καλλίνικο, του έβγαλε τα μάτια και του έκοψε τη μύτη και τη γλώσσα. Διέταξε να τον στείλουν εξορία στη μακρινή Ρώμη και να τον εντοιχίσουν ζωντανό μέσα σε σκληρό πέτρινο τοίχο. Η αυτοκρατορική εντολή εκτελέσθηκε χωρίς αναβολή, και ο μάρτυρας θάφτηκε ζωντανός μέσα στο λιθόκτιστο φράγμα της εξορίας. Όμως μετά από σαράντα ημέρες το φράγμα έπεσε από μόνο του, και ο άγιος βρέθηκε ακόμη ζωντανός μέσα στο ερείπιο.

Τέσσερις ημέρες αργότερα παρέδωσε ειρηνικά την ψυχή του στον Κύριο, ο οποίος και τον δόξασε αμέσως. Ο πάπας Ιωάννης ο Έκτος είδε σε νυχτερινό όραμα τους αποστόλους Πέτρο και Παύλο, οι οποίοι τον προέτρεψαν να ενταφιάσει με τιμές τον άγιο πατριάρχη στον αποστολικό ναό. Ταις πρεσβείαις του αγίου ιεράρχου και ομολογητού Καλλινίκου, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.