Σε καίριες ώρες δογματικών αγώνων ένας ευλαβής ορθόδοξος επίσκοπος της Μεσσήνης συμμετείχε στην Τετάρτη αγία Οικουμενική Σύνοδο της Χαλκηδόνος. Ο άγιος Ιωάννης ο επίσκοπος Μεσσήνης αναδείχθηκε λαμπρός ιεράρχης της ορθοδόξου χριστιανικής Εκκλησίας στους πατερικούς εκείνους χρόνους. Η μνήμη του τιμάται στους ορθοδόξους συναξαριστές την Κυριακή που πέφτει μεταξύ των ημερών δεκατρείς και δεκαεννέα Ιουλίου. Η εν λόγω αξιοσέβαστη ποιμαντική του διακονία πραγματοποιήθηκε στην ξακουστή κρητική πόλη της Μεσσήνης κατά τους πατερικούς εκείνους ευλογημένους χρόνους.

Ως ορθόδοξος επίσκοπος καθοδηγούσε με σύνεση τους πιστούς της επισκοπής του στην οδό της σωτηρίας και της ευσέβειας. Διακρίθηκε για την ευσέβειά του, για το μέγα ποιμαντικό του ζήλο και για την ακαταπόνητη υπεράσπιση της ορθοδόξου πίστεως. Συμμετείχε με ενεργό ρόλο στις σπουδαίες εργασίες της Τετάρτης αγίας Οικουμενικής Συνόδου, η οποία συνεκλήθη στη Χαλκηδόνα. Η Σύνοδος αυτή πραγματοποιήθηκε ειδικά για την επίλυση του φλέγοντος δογματικού χριστολογικού ζητήματος της παλαιάς ταραγμένης εποχής εκείνης.

Καταδίκασε επισήμως την κακόδοξη μονοφυσιτική αίρεση και διετύπωσε τον περίφημο ορθόδοξο όρο της δογματικής διδασκαλίας περί του Σωτήρος. Καθαίρεσε επιπλέον τον αιρετικό Διόσκορο της Αλεξανδρείας, ο οποίος δίδασκε εσφαλμένη χριστολογική διδασκαλία αντίθετη με την ορθόδοξη πίστη. Ο επίσκοπος Ιωάννης παρακολούθησε με ευσέβεια όλες τις εργασίες της σπουδαίας αυτής Οικουμενικής Συνόδου και υπέγραψε τις αποφάσεις. Επιστρέφοντας στη Μεσσήνη μετέφερε στην επισκοπή του με αληθή προθυμία τις σωτήριες αποφάσεις της σεπτής Οικουμενικής αυτής Συνόδου.

Συνέχισε στη συνέχεια να καθοδηγεί τους πιστούς της επισκοπής του στην οδό της ορθοδόξου παραδόσεως μέχρι τη μακαρία κοίμησή του. Διά πρεσβειών του αγίου Ιωάννου επισκόπου Μεσσήνης, Χριστέ ο Θεός ημών, ελέησον και σώσον ημάς τους αμαρτωλούς δούλους Σου.