Τρεις γυναίκες στη Θέρμη της Λέσβου είδαν τον Απρίλιο του χιλίων εννιακοσίων εξήντα έναν άγνωστο διάκονο, που τους φανέρωσε το σημείο όπου κρυβόταν το λείψανό του. Όταν ο εργάτης Δούκας Τσολάκης δίστασε να σκάψει στο σκληρό χώμα, ο ίδιος ο Άγιος Νικόλαος του εμφανίστηκε στον ύπνο και τον ρώτησε γιατί αμφιβάλλει για τον τάφο του. Οι τρεις γυναίκες αρχικά δεν τόλμησαν να μιλήσουν στον Μητροπολίτη Μυτιλήνης, γιατί φοβήθηκαν την ντροπή αν δεν έβρισκαν τίποτα στο έδαφος.

Τελικά πήραν θάρρος, ανέβηκαν στη Μητρόπολη και διηγήθηκαν με ειλικρίνεια τα όνειρα και τα λόγια του αγνώστου διακόνου. Ο ιεράρχης τις άκουσε προσεκτικά και έδωσε την ευλογία του να γίνει η ανασκαφή στον τόπο που τους είχε υποδείξει εκείνος. Έτσι ξεκίνησε μια πορεία αναζήτησης, που σύντομα θα οδηγούσε στην αποκάλυψη ενός ξεχασμένου μάρτυρα της Λέσβου. Η περιοχή των Καρυών έκρυβε για αιώνες το μυστικό της κάτω από το χώμα και τη σιωπή. Ο λαός της Θέρμης περίμενε με συγκίνηση και προσευχή την επιβεβαίωση των ουράνιων σημείων που είχαν δοθεί στις τρεις ευλαβείς γυναίκες της περιοχής.

Ο Δούκας Τσολάκης πήγε στον τόπο που του υπέδειξαν οι γυναίκες και άρχισε με προθυμία να σκάβει το χώμα. Όμως το έδαφος ήταν πολύ σκληρό και σταμάτησε σύντομα, νομίζοντας ότι δεν θα έβρισκε τίποτα εκεί. Την ίδια νύχτα είδε στον ύπνο του τον Άγιο Νικόλαο να κάθεται ακριβώς στο σημείο όπου είχε αφήσει το σκαπτικό του εργαλείο. Ο Άγιος του είπε με σταθερή φωνή: «Εγώ είμαι ο Νικόλαος. Γιατί αμφιβάλλεις πως εδώ βρίσκεται ο τάφος μου;

». Μετά τον προειδοποίησε ότι θα τιμωρηθεί, αν δεν συνεχίσει την ανασκαφή στο σημείο που είχαν δείξει οι γυναίκες της Θέρμης. Ο Δούκας ξύπνησε φοβισμένος και συγκλονισμένος από την παρουσία του αγνώστου διακόνου στο όνειρό του. Την επόμενη ημέρα επέστρεψε στον τόπο της ανασκαφής με βαθύ σεβασμό και αποφασισμένη καρδιά. Ζήτησε τη βοήθεια ενός άλλου εργάτη, ώστε να αντιμετωπίσουν μαζί τη σκληρότητα του εδάφους με μεγαλύτερη δύναμη.

Με υπομονή και κόπο προχώρησαν βαθύτερα, σκάβοντας με προσοχή το χώμα και ελπίζοντας στην εκπλήρωση των θαυμαστών σημείων που είχαν προηγηθεί. Έτσι η μικρή ομάδα συνέχισε το έργο της με πίστη και αφοσίωση. Στις δεκατρείς Ιουνίου του χιλίων εννιακοσίων εξήντα, ύστερα από αρκετές δυσκολίες, αποκαλύφθηκαν τα ιερά λείψανα του Αγίου Νικολάου μέσα στη γη. Η ημέρα εκείνη υπήρξε ημέρα μεγάλης χαράς για τους ευσεβείς πιστούς, που έσπευσαν να προσκυνήσουν τον νεοφανέντα μάρτυρα της Λέσβου.

Πολλά θαύματα συνόδευσαν την εύρεση των λειψάνων και βεβαίωσαν τη γνησιότητα όσων είχαν φανερωθεί στα όνειρα. Την ίδια ημέρα βρέθηκε επίσης μια στρογγυλή πατριαρχική μολυβδόβουλλη σφραγίδα, φτιαγμένη από μόλυβδο και ασήμι. Η σφραγίδα χρονολογήθηκε στον δέκατο τέταρτο αιώνα και φανέρωνε το αρχαίο κύρος της μονής των Καρυών. Στη μία της όψη εικονιζόταν η Μητέρα του Θεού, ενώ στην άλλη ο Αρχάγγελος Μιχαήλ με σεβασμό. Αργότερα ο Άγιος Νικόλαος εμφανίστηκε και σε άλλα πρόσωπα μέσα από όνειρα και τους φανέρωσε τα στοιχεία της ζωής του.

Είπε ότι καταγόταν από τη Θεσσαλονίκη και προερχόταν από αριστοκρατική οικογένεια της πόλης. Στη συνέχεια χειροτονήθηκε διάκονος και αφιέρωσε τη ζωή του στην υπηρεσία της Εκκλησίας με ταπείνωση. Το χιλιοστό τετρακοσιοστό πεντηκοστό τέταρτο έτος συνόδευσε τον Άγιο Ραφαήλ στη Λέσβο, μετά την εισβολή των Τούρκων στη Θράκη. Το χιλιοστό τετρακοσιοστό εξηκοστό τρίτο έτος οι Τούρκοι εισέβαλαν στη μονή των Καρυών και συνέλαβαν τους ευλαβείς μοναχούς. Τους υπέβαλαν σε ποικίλα και φρικτά βασανιστήρια, προσπαθώντας να σπάσουν την πίστη και τη σταθερότητά τους στον Χριστό.

Στη συνέχεια έσυραν τον αρχιμανδρίτη Ραφαήλ από τα μαλλιά και τη γενειάδα και τον έδεσαν σε ένα δέντρο. Τον χτυπούσαν με μανία και τον αγγίζαν με πυρωμένα όπλα, προκαλώντας ανείπωτο πόνο στο μαρτυρικό του σώμα. Τελικά πριόνισαν το στόμα του και χώρισαν με βία το σαγόνι από το κεφάλι του. Το μαρτύριο συντελέστηκε την Τρίτη της Διακαινησίμου, μέσα στο φως της αναστάσιμης περιόδου της Εκκλησίας. Ο Άγιος Νικόλαος βρισκόταν παρών και είδε με τα ίδια του τα μάτια το μαρτύριο του γέροντά του.

Από τη συγκλονιστική θλίψη και την οδύνη της καρδιάς του παρέδωσε αμέσως την ψυχή του στον Κύριο. Έτσι ενώθηκε στο μαρτύριο με τον Άγιο Ραφαήλ, τον οποίο είχε υπηρετήσει με αφοσίωση όλα τα προηγούμενα χρόνια. Στις εμφανίσεις του ο Άγιος Νικόλαος παρουσιάζεται κοντός και αδύνατος, με μικρό ξανθό γένι και διακονική στολή, κρατώντας ευλαβικά θυμιατό μπροστά στον Άγιο Ραφαήλ.