Όταν οι Μπολσεβίκοι τον οδηγούσαν στον τόπο της εκτέλεσης μαζί με τους δύο γιους του, εκείνος διάβαζε δυνατά την ευχή της εξόδου της ψυχής πάνω από τα παιδιά του. Το σώμα του δεν βυθίστηκε στη θάλασσα, αλλά τα κύματα το έφεραν στην ακτή κοντά στο Οράνιενμπαουμ, όπου οι κάτοικοι το έθαψαν κρυφά. Ο Άγιος Φιλόσοφος Ορνάτσκι γεννήθηκε στις είκοσι μία Μαΐου του χίλια οκτακόσια εξήντα στην επαρχία του Νόβγκοροντ, μέσα σε οικογένεια ιερέα του χωριού. Ο ένας του αδελφός είχε νυμφευθεί την ανιψιά του Αγίου Ιωάννου της Κρονστάνδης, και έτσι ο νεαρός Φιλόσοφος συνδέθηκε νωρίς με τη χάρη εκείνου του μεγάλου πατρός.

Σπούδασε πρώτα στη θεολογική σχολή του Κιρίλοφ και έπειτα στο σεμινάριο του Νόβγκοροντ, με σταθερή κλίση προς την ιερατική ζωή. Το χίλια οκτακόσια ογδόντα πέντε αποφοίτησε από τη Θεολογική Ακαδημία της Αγίας Πετρουπόλεως με τον τίτλο του Υποψηφίου της Θεολογίας. Το ίδιο καλοκαίρι νυμφεύθηκε την Ελένη Ζαοζέρσκαγια, θυγατέρα του υποδιακόνου του μητροπολίτου Ισιδώρου, και πολύ σύντομα χειροτονήθηκε πρεσβύτερος της Εκκλησίας του Χριστού. Ο νεαρός ιερέας ανέλαβε αρχικά εφημέριος στον ναό του ορφανοτροφείου του πρίγκιπα της Ολδεμβούργης, όπου παλαιότερα είχε διδάξει την κατήχηση στα παιδιά.

Από το χίλια οκτακόσια ενενήντα δύο έως το χίλια εννιακόσια δώδεκα υπηρέτησε ως προϊστάμενος στον ναό της Υπηρεσίας Κρατικών Εγγράφων με σπάνιο ζήλο. Για είκοσι έξι ολόκληρα χρόνια προήδρευσε της Εταιρείας για τη Διάδοση της Θρησκευτικής και Ηθικής Παιδείας στο πνεύμα της Ορθοδόξου Εκκλησίας. Από τη θέση αυτή αντιμετώπιζε με επιτυχία τα αντιεκκλησιαστικά κινήματα της εποχής, στηρίζοντας τους πιστούς στην αλήθεια του Ευαγγελίου. Το χίλια οκτακόσια ενενήντα τρία οι ιερείς τον εξέλεξαν μέλος της Δημοτικής Βουλής της Αγίας Πετρουπόλεως και διατήρησε το αξίωμα έως το χίλια εννιακόσια δεκαεπτά.

Συνέβαλε καθοριστικά στην ίδρυση πολλών ορφανοτροφείων και πτωχοκομείων μέσα στην πόλη και στις γύρω περιοχές. Με δικές του ενέργειες ανεγέρθηκαν δώδεκα ναοί, με μεγαλύτερο τον ναό της Αναστάσεως του Χριστού κοντά στον σιδηροδρομικό σταθμό Βαρσοβίας. Μεταξύ άλλων κτίστηκαν οι ναοί των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου, του Αγίου Σεργίου του Ραντονέζ και του Αγίου Σεραφείμ του Σάρωφ. Παρά τα τόσα αξιώματα, ο Άγιος ζούσε με μεγάλη απλότητα και φτώχεια, αν και ανέθρεψε δέκα παιδιά μέσα στο σπίτι του.

Όλοι οι τίτλοι και οι δημόσιες θέσεις που έφερε για τη δόξα του Θεού δεν του εξασφάλιζαν κανένα εισόδημα για τη συντήρηση της πολυμελούς οικογένειας. Ως πρόεδρος των επιτροπών ανέγερσης ναών διαχειριζόταν τεράστια ποσά, όμως ο ίδιος έδινε ιδιαίτερα μαθήματα για να ταΐσει τα παιδιά του. Υπήρξε επίσης συντάκτης και λογοκριτής σπουδαίων πνευματικών περιοδικών της πρωτεύουσας, όπως ο Πνευματικός Κήρυκας της Αγίας Πετρουπόλεως. Στη συνέχεια εξέδωσε το περιοδικό Η Ανάπαυση του Χριστιανού και αργότερα τον Ορθόδοξο Ρωσικό Λόγο, που στήριξαν πολλές ψυχές.

Στάθηκε από τους πιο στενούς συνεργάτες του ιερομάρτυρα μητροπολίτη Πετρουπόλεως Βενιαμίν Καζάνσκι, που κήρυττε στις εργατικές συνοικίες. Συνδέθηκε επίσης με πνευματικούς δεσμούς φιλίας με τον Πατριάρχη Τύχωνα, μοιραζόμενοι τους ίδιους αγώνες για την Εκκλησία. Για είκοσι σχεδόν χρόνια ήταν πνευματικό τέκνο του Αγίου Ιωάννου της Κρονστάνδης, που επισκεπτόταν συχνά το σπίτι του και ευλογούσε όλα τα εκκλησιαστικά του έργα. Ο άγιος ποιμένας της Κρονστάνδης τού εμπιστεύθηκε μάλιστα τον ρόλο μεσάζοντα στην αλληλογραφία του με τον Άγιο Θεοφάνη τον Έγκλειστο της Βίσα.

Το χίλια εννιακόσια δεκατρία ο πρωθιερέας Φιλόσοφος διορίσθηκε προϊστάμενος του περίφημου καθεδρικού ναού του Καζάν στην Αγία Πετρούπολη. Κατά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο παραχώρησε το διαμέρισμά του ως νοσοκομείο για τους τραυματίες στρατιώτες του ρωσικού μετώπου. Ο ίδιος με την οικογένειά του μετακόμισε σε ένα μικρό δωμάτιο που του παραχώρησε το κράτος, χωρίς κανένα παράπονο. Επανειλημμένα ταξίδευε στις περιοχές των μαχών, συνοδεύοντας τις αποστολές με τρόφιμα και εφόδια προς τους στρατιώτες.

Με όλη του τη δύναμη προσπαθούσε να εμψυχώσει και να στηρίξει πνευματικά τους υπερασπιστές της πατρίδας. Ο γιος του Νικόλαος υπηρετούσε ως στρατιωτικός γιατρός στην Ένατη Ρωσική Στρατιά με μεγάλη αυταπάρνηση. Ο άλλος γιος του, ο Βόρις, υπηρετούσε ως επιτελικός λοχαγός στην εικοστή τρίτη ταξιαρχία πυροβολικού. Είχε αποφοιτήσει από τη Σχολή Πυροβολικού του Κονσταντίνου και πολέμησε ηρωικά στο αυστροουγγρικό μέτωπο. Το χάρισμα του κηρύγματος του πατρός προσέλκυε όσους ζητούσαν τα λόγια της αληθινής ζωής μέσα στα δύσκολα χρόνια.

Ο Φιλόσοφος προειδοποιούσε επίμονα το ποίμνιό του να μη δεχθεί τις φθοροποιές ιδέες του μπολσεβικισμού που εξαπλώνονταν παντού. Γνώριζε ότι η Ορθοδοξία είναι η καρδιά της ρωσικής ζωής και καλούσε τη διανόηση να συνειδητοποιήσει αυτή την αλήθεια. Δεν κουραζόταν να επαναλαμβάνει ότι οι διανοούμενοι έπρεπε να ξαναγίνουν αληθινά Ρώσοι μέσα στην πίστη. Στις ταραχές της Επανάστασης είδε μπροστά στα μάτια του να τουφεκίζεται ο σύζυγος της κουνιάδας του, ο πατήρ Πέτρος Σκιπέτροφ.

Στην εξόδιο ακολουθία ο Φιλόσοφος εκφώνησε λόγο και κατήγγειλε με παρρησία τους Μπολσεβίκους χωρίς κανένα φόβο. Καλούσε επίμονα τους πιστούς να περικυκλώνουν τους ναούς και να προστατεύουν τα ιερά της πατρίδας τους. Τον Ιανουάριο του χίλια εννιακόσια δεκαοκτώ, μετά τη δολοφονία του πατρός Πέτρου στη Λαύρα, ανέλαβε ο ίδιος την οργανωμένη υπεράσπιση των ιερών. Διοργάνωσε λιτανείες προς τη Λαύρα του Αγίου Αλεξάνδρου Νιέφσκι από όλους τους ναούς της πρωτεύουσας.

Στις εννέα Αυγούστου του χίλια εννιακόσια δεκαοκτώ συνελήφθη μαζί με τους δύο μεγαλύτερους γιους του, τον Νικόλαο και τον Βόρι. Την ώρα της σύλληψης παρέμεινε εντελώς ατάραχος και γαλήνιος, σαν να βρισκόταν μέσα στον ναό. Οι ενορίτες συγκεντρώθηκαν κατά χιλιάδες και βάδισαν στη λεωφόρο Νιέφσκι ζητώντας με κραυγές την απελευθέρωση του ποιμένα τους. Οι άνδρες της Τσέκα δέχθηκαν την αντιπροσωπεία των πιστών και υποσχέθηκαν ψεύτικα πως θα ικανοποιούσαν το αίτημά τους.

Όμως την ίδια νύχτα ο πατήρ Φιλόσοφος μεταφέρθηκε κρυφά στη φυλακή της Κρονστάνδης μαζί με τους γιους του. Γύρω στις τριάντα Οκτωβρίου του ίδιου έτους οδηγήθηκαν στον τόπο της εκτέλεσης τριάντα δύο άνδρες από διάφορες φυλακές. Ήταν όλοι αξιωματικοί του αυτοκρατορικού στρατού, άλλοι νέοι και άλλοι μεγαλύτερης ηλικίας, βαδίζοντας με αξιοπρέπεια. Ένας από αυτούς, συνταγματάρχης της φρουράς, στράφηκε προς τους συνοδούς και τους είπε λόγια προφητικά.

Τους προειδοποίησε ότι θα χαθούν όλοι ίσως σε είκοσι χρόνια, σαν τα σκυλιά, ενώ η Ρωσία θα ξαναγίνει Ρωσία. Οι συνοδοί έμειναν σιωπηλοί χωρίς να απαντήσουν στα λόγια του γενναίου εκείνου στρατιωτικού. Καθώς οδηγούνταν στον τόπο του μαρτυρίου, ο Φιλόσοφος διάβαζε μεγαλόφωνα την ευχή της εξόδου της ψυχής. Άλλοι λένε ότι ο τόπος της εκτέλεσης ήταν στην Κρονστάνδη και άλλοι κοντά στον Κόλπο της Φινλανδίας, ανάμεσα στο Λίγκοβο και το Οράνιενμπαουμ. Τα σώματα ρίχθηκαν στη θάλασσα, όμως οι κάτοικοι έθαψαν κρυφά τον Άγιο που τα κύματα έφεραν στην ακτή.