Όταν η οροφή του ξύλινου ναού του Αρχαγγέλου Μιχαήλ κατέρρευσε την ώρα της Θείας Λειτουργίας, κανένας από τους παρόντες πιστούς δεν έπαθε το παραμικρό κακό. Λίγο αργότερα, καθώς έσκαβαν τα θεμέλια του νέου πέτρινου ναού, βρήκαν τα ιερά λείψανα του Αγίου Αλεξίου άφθαρτα, μαζί με τα άμφια του να παραμένουν ακέραια. Είχαν περάσει τότε περίπου εξήντα χρόνια από την κοίμηση του μεγάλου ιεράρχη της Μόσχας. Ο πανάγαθος Θεός, που δοξάζει τους αγίους Του, φανέρωσε έτσι έναν ανεκτίμητο πνευματικό θησαυρό στους πιστούς της Ρωσίας.

Στις ημέρες του ευσεβούς μεγάλου ηγεμόνα Βασιλείου, αυτοκράτορα όλης της Ρωσίας, συνέβη το θαυμαστό αυτό γεγονός μέσα στη μονή του Θαύματος, στο Κρεμλίνο. Ο πρώτος ναός είχε ανεγερθεί από τον ίδιο τον Άγιο Αλέξιο προς τιμήν του Αρχιστρατήγου Μιχαήλ, σε ανάμνηση του θαύματος των Χωνών. Με την πάροδο των χρόνων η ξύλινη οροφή σάπισε και έπεσε εντελώς απρόσμενα μέσα στη λατρευτική σύναξη. Ο ηγεμόνας τότε διέταξε να κτιστεί νέος πέτρινος ναός στη θέση του παλαιού ξύλινου οικοδομήματος.

Έτσι αποκαλύφθηκε η ευωδιαστή χάρη του μεγάλου ιεράρχη μέσα στο ίδιο το ιερό έδαφος. Σύντομα ολοκληρώθηκε ο πέτρινος ναός του Αρχιστρατήγου Μιχαήλ, με παρεκκλήσι αφιερωμένο στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου από τη νότια πλευρά. Ο καινούργιος ναός είχε τρία σκαλοπάτια από το έδαφος και ήταν μικρότερος από τον προηγούμενο ξύλινο, ο οποίος όμως πατούσε απευθείας πάνω στο χώμα. Όταν ο νεόκτιστος ναός στολίστηκε όπως ταίριαζε και τελέστηκαν τα εγκαίνια, μετέφεραν εκεί τα πολυΐατα λείψανα του ιεράρχη.

Τα ακέραια λείψανα του Αγίου τοποθετήθηκαν με τιμή στο παρεκκλήσι του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου. Πέρασαν αρκετά χρόνια έως τις ημέρες του μεγάλου ηγεμόνα Ιωάννη Βασίλειεβιτς και του μητροπολίτη Γεροντίου της Μόσχας. Τότε ο αρχιμανδρίτης Γεννάδιος της μονής άρχισε να κτίζει καινούργιο ναό μαζί με τράπεζα, αφιερωμένο πλέον στον ίδιο τον Άγιο Αλέξιο. Το έργο όμως διακόπηκε, επειδή ο Γεννάδιος εκλέχθηκε αρχιεπίσκοπος του Μεγάλου Νοβγκορόντ. Με τη φροντίδα και πάλι του ίδιου ιεράρχη ολοκληρώθηκε αργότερα ο ναός, η τράπεζα και τα υπόλοιπα κτίρια της μονής.

Τα τίμια λείψανα μεταφέρθηκαν από το παρεκκλήσι του Ευαγγελισμού και τοποθετήθηκαν δίπλα στον νότιο τοίχο του νέου ναού. Έτσι ο Άγιος Αλέξιος βρέθηκε μέσα στον δικό του ναό, ως αιώνιος φύλακας και προστάτης της αδελφότητας. Τον χρόνο χίλια πεντακόσια τριάντα τέσσερα, ο μεγάλος ηγεμόνας Βασίλειος Ιωάννοβιτς διέταξε να κατασκευαστεί ασημένια λάρνακα για τα θαυματουργά λείψανα του ιεράρχη. Πάνω στην επιφάνεια της λάρνακας έγινε ασημένια εικόνα του ίδιου του Αγίου Αλεξίου, στολισμένη με χρυσάφι, πολύτιμους λίθους και μαργαριτάρια.

Η λάρνακα ολοκληρώθηκε όμως μετά τον θάνατο του ηγεμόνα, τον χρόνο χίλια πεντακόσια τριάντα πέντε. Το τίμιο σώμα του ιεράρχη εναποτέθηκε μέσα στη νέα λάρνακα από τον γιο του μακαριστού ηγεμόνα, τον Ιωάννη Βασίλιεβιτς. Η εναπόθεση έγινε στις δώδεκα Φεβρουαρίου, ημέρα της κοιμήσεως του Αγίου, νύχτα Πέμπτης προς Παρασκευή της πρώτης εβδομάδας της Μεγάλης Τεσσαρακοστής. Η λάρνακα παρέμεινε εκεί για διακόσια σχεδόν χρόνια. Ο παλαιός ναός με την τράπεζα του αρχιεπισκόπου Γενναδίου πάλιωσε με την πάροδο του χρόνου και χρειαζόταν ανακαίνιση.

Τότε ο ευσεβής τσάρος και μεγάλος ηγεμόνας Θεόδωρος Αλεξίεβιτς πρόσταξε να ξεκινήσει νέο μεγάλο έργο. Με την ευλογία του πατριάρχη Μόσχας Ιωακείμ και τη φροντίδα του ηγουμένου Αδριανού άρχισε η ανέγερση μεγάλης τράπεζας. Ο Αδριανός έγινε αργότερα μητροπολίτης Καζάν και ύστερα πατριάρχης της βασιλεύουσας πόλεως της Μόσχας και πάσης Ρωσίας. Η καινούργια τράπεζα κτίστηκε σε διαφορετική θέση και απλώθηκε σχεδόν ολόκληρη έξω από τα όρια της μονής. Μέσα στο μοναστήρι έμεινε μόνο ένα μικρό τμήμα της μαζί με τους δύο ιερούς ναούς, του Ευαγγελισμού και του Αγίου Αλεξίου.

Ανάμεσα στους δύο ναούς υψώθηκε καινούργιος ναός προς τιμήν του Αγίου Αποστόλου Ανδρέου του Πρωτοκλήτου. Ο νέος ναός προοριζόταν αποκλειστικά για τους μοναχούς, ώστε να παρακολουθούν τις ακολουθίες ξεχωριστά από τους κοσμικούς προσκυνητές. Στη δυτική πλευρά όλων αυτών των κτιρίων κατασκευάστηκε άλλη τράπεζα για τα γεύματα της αδελφότητας. Επίσης διαμορφώθηκαν χωριστές είσοδοι από έξω, ώστε οι άντρες να μπαίνουν στον ναό του Αγίου Αλεξίου και οι γυναίκες στον ναό του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου.

Οι μοναχοί είχαν δικές τους εσωτερικές εισόδους από το μοναστήρι, για να ζουν ησυχαστικά και απαλλαγμένοι από κάθε ματαιότητα. Σύμφωνα με την παράδοση των αγίων πατέρων, οι πύλες της μονής παρέμεναν πάντοτε κλειστές. Τρεις ημέρες κάθε εβδομάδα, Δευτέρα, Τετάρτη και Παρασκευή, οι μοναχοί δεν έβγαιναν καθόλου έξω από τους τοίχους. Τις άλλες ημέρες έβγαιναν μόνο για ανάγκη, αφού πρώτα έπαιρναν ευλογία από τον ηγούμενο. Όταν οι ναοί και οι τράπεζες ολοκληρώθηκαν και στολίστηκαν με την πρέπουσα μεγαλοπρέπεια, ορίστηκε η μέρα της μεγάλης μετακομιδής.

Τα πολυΐατα λείψανα του Αγίου Αλεξίου σηκώθηκαν με τα ίδια τα χέρια των ευσεβών τσάρων Ιωάννη και Πέτρου Αλεξίεβιτς. Μαζί τους βρίσκονταν οι αυλικοί τους, ο πατριάρχης πάσης Ρωσίας Ιωακείμ, οι επίσκοποι που παρευρίσκονταν τότε στη Μόσχα και πλήθος ευλαβών πιστών. Η πομπή προχωρούσε με θυμιάματα και αρώματα, ψαλμωδίες και δάκρυα κατάνυξης από όλο τον λαό. Τα τίμια λείψανα μεταφέρθηκαν από τον παλαιό τραπεζικό ναό και τοποθετήθηκαν στον καινούργιο.

Η θέση τους ορίστηκε ανάμεσα στους δύο ναούς, του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου και του Αγίου ιεράρχου Αλεξίου. Το ευλογημένο αυτό γεγονός συνέβη στις είκοσι Μαΐου του χρόνου χίλια εξακόσια ογδόντα έξι. Ο ίδιος ο πατριάρχης Ιωακείμ τέλεσε τα εγκαίνια του νέου ναού, συνοδεία πολλών αρχιερέων και κληρικών. Το έργο αφιερώθηκε στη δόξα του Ενός Θεού, που λατρεύεται και προσκυνείται στην Αγία Τριάδα. Έτσι η Ρωσία απέκτησε νέο τόπο προσκυνήματος, όπου άντλησε για αιώνες ιάσεις, παρηγοριά και ουράνια ευλογία από τον θαυματουργό ιεράρχη Αλέξιο.