Με δεκατέσσερις χιλιάδες μοναχούς υπό την καθοδήγησή του, ο Όσιος Παχώμιος ο Μέγας έγινε θεμελιωτής της κοινοβιακής μοναχικής οργανώσεως στην έρημο της Αιγύπτου. Στις όχθες του Νείλου, στη νήσο Ταβέννη της Άνω Θηβαΐδας, ίδρυσε την πρώτη οργανωμένη μοναστική κοινότητα της χριστιανικής Εκκλησίας. Ο Όσιος Παχώμιος γεννήθηκε το έτος διακόσια ενενήντα δύο μετά Χριστόν στην Κάτω Θηβαΐδα της Αιγύπτου. Οι γονείς του ήταν φανατικοί ειδωλολάτρες και τον ανέθρεψαν αυστηρά στις ειδωλολατρικές παραδόσεις της εποχής εκείνης στην Αίγυπτο.
Έζησε κατά τους χρόνους του ευσεβούς αυτοκράτορος Κωνσταντίνου του Μεγάλου, ο οποίος βασίλευσε από το τριακόσια έξι μέχρι τριακόσια τριάντα επτά. Σε ηλικία είκοσι ετών κατατάχθηκε στον ρωμαϊκό αυτοκρατορικό στρατό κατά την υποχρεωτική επιστράτευση των νέων ανδρών της εποχής. Στο στρατόπεδο όμως γνωρίστηκε με ευσεβείς χριστιανούς στρατιώτες, οι οποίοι του δίδαξαν τα της χριστιανικής πίστεως. Εντυπωσιάστηκε από την αγάπη και την ευσέβεια αυτών των στρατιωτών και άρχισε να αναζητά την αλήθεια.
Όταν τελικά απολύθηκε από τις τάξεις του ρωμαϊκού στρατού, αποφάσισε να εγκαταλείψει εντελώς τον μάταιο κόσμο. Μετέβη τότε στην Άνω Θηβαΐδα, όπου βαπτίστηκε από τον τοπικό επίσκοπο και έγινε μοναχός με χαρά. Από νεαρή ηλικία λοιπόν αφιέρωσε τον εαυτό του στον γλυκύτατο Νυμφίο Χριστό μέσω της μοναχικής ζωής. Ξεκίνησε έτσι μία νέα φάση στη ζωή του, η οποία έμελλε να επηρεάσει ολόκληρη την παγκόσμια χριστιανική παράδοση. Επιθυμώντας μεγαλύτερη ησυχία, για να αφοσιωθεί στην ερημική ζωή και την αυστηρή άσκηση, κατέφυγε στην έρημο της Θηβαΐδας.
Έθεσε τον εαυτό του υπό την πνευματική καθοδήγηση του περιφήμου ησυχαστού Παλάμονος, ενός μεγάλου ασκητή της εποχής. Ο Όσιος Παλάμων τιμάται από την Ορθόδοξη Εκκλησία στις δώδεκα Αυγούστου ως μεγάλος πατέρας του αιγυπτιακού μοναχισμού. Ο νεαρός Παχώμιος έγινε τέλειος μιμητής του γέροντά του στις ασκητικές πρακτικές και στις πνευματικές αρετές. Ασκήθηκε με μεγάλο ζήλο στη νηστεία, στην αγρυπνία, στην ολόθερμη προσευχή και στις ποικίλες κακοπάθειες της ερήμου.
Έμαθε από τον Παλάμονα την υπακοή, την ταπεινοφροσύνη και την αδιάλειπτη μνήμη του φιλανθρώπου Θεού του παντοκράτορος. Με αυτές τις αρετές οπλίστηκε για το επερχόμενο μεγάλο έργο της οργανώσεως του ορθοδόξου κοινοβιακού μοναχισμού. Μετά τη μακαρία κοίμηση του πνευματικού του πατέρα, περί το έτος τριακόσια είκοσι, ο Παχώμιος αναχώρησε. Κατέφυγε στη συνέχεια σε έρημη νησίδα του ποταμού Νείλου, τη νήσο Ταβέννη της Άνω Θηβαΐδας στην Αίγυπτο. Ο τόπος εκείνος ήταν ιδανικός για ησυχαστική ζωή, μακριά από τους θορύβους του κόσμου και τους κοσμικούς πειρασμούς.
Με τη βοήθεια του αδελφού του Ιωάννου, ο οποίος είχε επίσης ασπασθεί το μοναχικό σχήμα, ίδρυσε μικρή μονή. Η μονή αυτή ξεκίνησε ως ταπεινή ασκητική κοινότητα δύο αδελφών, αλλά σύντομα έμελλε να μεγαλώσει αξιοσημείωτα. Η φήμη της αγιότητας και της συνέσεως του Οσίου Παχωμίου είλκυσε γρήγορα πολλούς μοναχούς και νέους ασκητές. Από όλη την Αίγυπτο και τις γειτονικές περιοχές έρχονταν νέοι, οι οποίοι ζητούσαν να ενταχθούν στην κοινότητά του. Έτσι ολοένα και μεγάλωνε σταδιακά η μονή του στη νήσο Ταβέννη με νέες κτηριακές προσθήκες και κελιά.
Σε διάστημα λίγων μόνο ετών η αδελφότητα έφτασε σταδιακά να αριθμεί περισσότερους από δεκατέσσερις χιλιάδες μοναχούς στην έρημο. Έτσι ο Όσιος Παχώμιος έγινε ένας από τους μεγαλύτερους οικιστές και ασκητές της ερήμου της Αιγύπτου. Θεωρείται από όλους τους πατέρες θεμελιωτής της κοινοβιακής οργανώσεως των ασκητών στην παγκόσμια ορθόδοξη χριστιανική παράδοση. Όπως φαίνεται από τη Λαυσαϊκή Ιστορία, βιβλίο που έγραψε ο Παλλάδιος περί το έτος τετρακόσια είκοσι, οι μοναχοί.
Οι μοναχοί του Παχωμίου, που ονομάζονταν Ταβεννησιώτες, ζούσαν ανά τρεις μαζί σε μικρά ξεχωριστά οικήματα της μονής. Ο Όσιος Παχώμιος επέβαλε στους μοναχούς κοινή προσευχή κάθε πρωί και βράδυ μέσα στον ναό της μονής. Συνολικά οι μοναχοί προσεύχονταν, σύμφωνα με τον Κανόνα τους, δώδεκα φορές την ημέρα και δώδεκα τη νύχτα. Καθιέρωσε επίσης κοινή ημερήσια εργασία, κοινά έσοδα, κοινές δαπάνες, κοινά γεύματα και ομοιόμορφη απλή ενδυμασία στους μοναχούς.
Με αυτή την οργάνωση ο Παχώμιος έθεσε τις βάσεις για όλη τη μετέπειτα οργανωμένη μοναστική ζωή της Εκκλησίας. Η νέα τάξη πραγμάτων αντικατοπτρίζει την αρχική ομάδα των αποστόλων του Χριστού γύρω από τον θείο Διδάσκαλο. Τα γεύματά τους αποτελούνταν από φυτικές τροφές και τυρί, χωρίς πολυτελείς εδέσματα ή κρέατα κατά τη διατροφή. Κατά τη διάρκεια των γευμάτων οι μοναχοί δεν μιλούσαν μεταξύ τους, διατηρώντας απόλυτη σιωπή της τραπέζης. Επικοινωνούσαν επίσης μεταξύ τους με νεύματα και μικρές χειρονομίες, προσπαθώντας έτσι να διατηρήσουν την εσωτερική πνευματική νήψη.
Κάλυπταν τα πρόσωπά τους με τέτοιο ξεχωριστό τρόπο, ώστε να μπορούν να βλέπουν μόνο την τράπεζα μπροστά τους. Η ομοιόμορφη στολή τους αποτελείτο από διάφορα ξεχωριστά ενδύματα, καθένα με συγκεκριμένο πνευματικό συμβολισμό και πρακτική σκοπιμότητα. Φορούσαν λινό χιτώνα, λεγόμενο «λεβιτωνάριο», που έφθανε λίγο κάτω από τα γόνατα και ζωνόταν με ζώνη. Φορούσαν επίσης λευκό μάλλινο ένδυμα από αιγός ή προβάτου, λεγόμενο «μηλωτή», με τη μαλλοφόρο όψη προς τα έξω.
Είχαν επιπλέον κωνοειδές κουκούλιο στο κεφάλι τους, που στο πίσω μέρος έφθανε μέχρι τους ώμους και τον αυχένα. Φορούσαν τέλος μικρό λινό ωμοφόριο, λεγόμενο «μαφόριτιον», που κάλυπτε συνήθως τον αυχένα και τους ώμους τους. Υποδήματα στα πόδια τους χρησιμοποιούσαν οι μοναχοί εξαιρετικά σπανίως, βαδίζοντας συνήθως ξυπόλυτοι στο ζεστό έδαφος της ερήμου. Οι Ταβεννησιώτες μοναχοί εκοιμούντο πάντοτε καθήμενοι σε ειδικές καρέκλες, για να κρατούν την νηπτική εγρήγορση και προσευχή.
Κοινωνούσαν των Αχράντων Μυστηρίων του Σώματος και του Αίματος του Χριστού τακτικά κάθε Σάββατο και κάθε Κυριακή. Στις ημέρες των μεγάλων εορτών ή των αγρυπνιών οι μοναχοί τηρούσαν ξεχωριστές ακολουθίες με ιδιαίτερη ευλάβεια. Διαιρούνταν οι μοναχοί σε είκοσι τέσσερα ξεχωριστά τάγματα ή κατηγορίες, καθένα από τα οποία είχε ιδιαίτερα χαρακτηριστικά. Καθένα από τα τάγματα χαρακτηριζόταν με ένα συγκεκριμένο γράμμα της αλφαβήτου, ανάλογα με την κατάσταση των μελών του.
Η αρίθμηση και η ταξινόμηση γινόταν βάσει του τρόπου συμπεριφοράς και της πνευματικής προκοπής εκείνων που τα αποτελούσαν. Ο Όσιος Παχώμιος είχε εξαιρετικό πνεύμα οργανωτικό και ήταν απαράμιλλος στην καθοδήγηση και τη διακυβέρνηση προσώπων. Κατόρθωσε επίσης να διατηρήσει μεταξύ του πλήθους της περί αυτόν μοναχικής αδελφότητας πειθαρχία και αληθινή αγάπη. Φρόντιζε ως φιλόστοργος πνευματικός πατέρας για τις πνευματικές και υλικές ανάγκες των πολυάριθμων μοναχών της μοναστικής κοινότητας.
Με τις σοφές συμβουλές του και το προσωπικό παράδειγμά του ενθάρρυνε όλους στον αγώνα προς την επίτευξη της αγιότητας. Δίδασκε με τον λόγο και την πράξη, παρέχοντας ζωντανό πρότυπο τέλειας μοναχικής ζωής στους νεότερους αδελφούς. Λόγω της θεοσεβείας και της θεοφιλούς δράσεώς του ο Όσιος Παχώμιος προικίσθηκε από τον φιλάνθρωπο Θεό με ξεχωριστά χαρίσματα. Έλαβε τη μεγάλη χάρη της θαυματουργίας και επιτέλεσε πλείστα όσα μεγάλα θαύματα στην εποχή του στην έρημο.
Θεράπευσε πολλούς ασθενείς, εκδίωξε ακάθαρτα πνεύματα και προσέφερε πνευματική παρηγοριά σε χιλιάδες ψυχές της εποχής εκείνης. Πολλά από αυτά τα θαύματα διασώθηκαν στους βίους που έγραψαν αργότερα οι μαθητές και οι θαυμαστές του. Η μνήμη του εξαπλώθηκε σε όλη τη χριστιανική οικουμένη της εποχής, εμπνέοντας πλήθος νέων μοναχών και ασκητών. Το έτος τριακόσια σαράντα οκτώ μετά Χριστόν, στη μονή του ξέσπασε φοβερή λοιμώδης ασθένεια, η πανώλη. Πολλοί μοναχοί ασθένησαν βαριά από την επιδημία, η οποία εξαπλώθηκε γρήγορα στις διάφορες κατοικίες της κοινότητας.
Ο Όσιος Παχώμιος, αντί να φυλαχθεί από τη μεταδοτική ασθένεια, περιποιούταν προσωπικά τους ασθενείς αδελφούς της κοινότητάς του. Με αγάπη πατρική φρόντιζε καθέναν από αυτούς, μη φοβούμενος για την ίδια του τη ζωή και υγεία. Σύντομα όμως αρρώστησε και ο ίδιος από την μεταδοτική αυτή ασθένεια λόγω της συνεχούς επαφής του με αρρώστους. Μετά από λίγο διάστημα ο γέροντας πατέρας Παχώμιος εκοιμήθη ειρηνικά και μετέστη στις αιώνιες ουράνιες μονές. Παρέδωσε την αγία του ψυχή στα χέρια του φιλανθρώπου Κυρίου, αφήνοντας πίσω του πλούσια πνευματική κληρονομιά.
Τον Όσιο Παχώμιο διαδέχθηκε στην ηγουμενία της μονής ο σπουδαίος μαθητής του Όσιος Θεόδωρος ο Ηγιασμένος. Ο Άγιος Θεόδωρος τιμάται από την Εκκλησία στις δεκαέξι Μαΐου ως άξιος συνεχιστής του πνευματικού του πατέρα. Στο Συναξάρι αναφέρεται σε στίχους «ο Παχώμιος, λεπτύνων σαρκός πάχος, ψυχή συνήγε πριν μεταστήναι στέαρ» στην εποχή. Δηλαδή «ο Παχώμιος λεπτύνοντας το πάχος της σάρκας, συγκέντρωνε στη ψυχή του πνευματικό στέαρ πριν μεταστή στους ουρανούς». Με τη μοναστική του οργάνωση επηρέασε τη μετέπειτα παράδοση του Αγίου Βασιλείου και άλλων ορθοδόξων νομοθετών. Με τις πρεσβείες του Οσίου Παχωμίου του Μεγάλου, αξίωσε και εμάς, Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.