Όταν οι στρατιώτες του Κοπρωνύμου εισέβαλαν τη Μεγάλη Πέμπτη στη μονή της Πελεκητής, βρήκαν τους μοναχούς να λειτουργούν με φόβο Θεού. Ανάμεσά τους στεκόταν ένας ηγούμενος που έδινε ακόμη και το μοναδικό του ρούχο στους φτωχούς και συνέχιζε γυμνός τον δρόμο του. Από τα παιδικά του χρόνια ο Όσιος Ιλαρίων σήκωσε τον σταυρό του Χριστού και ακολούθησε με ζήλο τη μοναχική οδό. Πέρασε πολλά χρόνια στην ησυχία και στη σιωπή, παλεύοντας με τα πάθη της σάρκας μέσα από αυστηρή εγκράτεια και αδιάλειπτη προσευχή.

Η ταπείνωση, η αγάπη και το πράο χαμόγελό του τον ξεχώρισαν ανάμεσα στους αδελφούς της εποχής του. Για τη φωτεινή πολιτεία του αξιώθηκε το αξίωμα του πρεσβυτέρου και αργότερα ορίστηκε ηγούμενος της μονής της Πελεκητής. Η μονή βρισκόταν στην Τρίγλεια, κοντά στον Ελλήσποντο, σε μια περιοχή ευλογημένη από πολλούς αγίους πατέρες. Εκεί καθοδήγησε με σύνεση και αγάπη το πλήθος των μοναχών που είχαν παραδώσει τη ζωή τους στον Χριστό. Η ζωή του υπήρξε συνεχής άσκηση, αγρυπνία και άσβεστη φλόγα προσευχής για τον κόσμο ολόκληρο.

Ο Κύριος χάρισε στον δούλο του πλούσια χαρίσματα διορατικότητας και θαυματουργίας, που φανέρωναν την παρρησία του ενώπιόν του. Με τον λόγο του απομάκρυνε από τα χωράφια και τα αμπέλια τα ζώα που κατέστρεφαν τις σοδειές των κατοίκων. Με την προσευχή του σταμάτησε σφοδρό χαλάζι και κατέβασε βροχή στη γη όταν η ξηρασία απειλούσε τους ανθρώπους. Όπως ο προφήτης Ελισαίος, χώρισε τα νερά ενός ποταμού και πέρασε απέναντι θαυμαστά. Θεράπευσε άνθρωπο με ξερό χέρι και χάρισε το φως σε τυφλούς που τον πλησίαζαν με πίστη.

Λύτρωσε χωλούς από την αναπηρία τους και έδιωξε δαίμονες από βασανισμένες ψυχές. Όταν οι ψαράδες της περιοχής γύριζαν με άδεια δίχτυα, εκείνος προσευχόταν και τα δίχτυα γέμιζαν αμέτρητα ψάρια. Πολλοί πονεμένοι έτρεχαν στη μονή και έβρισκαν παρηγοριά και ίαση από τα χέρια του. Ο Όσιος δεχόταν όλους με γλυκύτητα και τους οδηγούσε σταθερά προς τη μετάνοια και την αγάπη του Θεού. Η φήμη του ξεπέρασε γρήγορα τα όρια της Βιθυνίας και έφτασε σε όλη την Ανατολή ως αληθινός φάρος αρετής.

Στα χρόνια εκείνα μαινόταν ο σκληρός διωγμός κατά των ιερών εικόνων, με πρωτεργάτες τον Λέοντα τον Ίσαυρο και τον γιο του Κωνσταντίνο τον Κοπρώνυμο. Ο Όσιος Ιλαρίων είχε βιώσει βαθιά τη θεωρία του προσώπου του Χριστού και ομολογούσε με παρρησία την τιμή των αγίων εικόνων. Τη Μεγάλη Πέμπτη του έτους επτακόσια πενήντα τέσσερα, ο στρατηγός Λαχανοδράκων όρμησε ξαφνικά στη μονή της Πελεκητής με πλήθος στρατιωτών. Μπήκε αυθάδικα μέσα στον ναό την ώρα της θείας λειτουργίας και προχώρησε μέχρι το άγιο βήμα με μανία.

Διέκοψε την ψαλμωδία και έριξε καταγής τα Άχραντα και Ζωοποιά Μυστήρια του Χριστού, βεβηλώνοντας τα Άγια. Έπειτα συνέλαβε σαράντα δύο εκλεκτούς μοναχούς και τους έδεσε με βαριές σιδερένιες αλυσίδες. Από τους υπόλοιπους αδελφούς, άλλους τραυμάτισε σκληρά, άλλων έκαψε τα γένια αφού τους άλειψε με πίσσα και άλλων έκοψε τις μύτες με μαχαίρι. Στο τέλος έβαλε φωτιά στη μονή μαζί με τον ιερό ναό της και τα έκαψε ολοσχερώς. Τους σαράντα δύο διαλεγμένους πατέρες τους έστειλε εξορία στα σύνορα της Εφέσου, μέσα σε αφόρητες κακουχίες και πόνους.

Εκεί τους έκλεισε σε ένα παλιό λουτρό και τους παρέδωσε σε βίαιο και μαρτυρικό θάνατο για την αγάπη του Χριστού. Ανάμεσα σε αυτούς τους ομολογητές βρισκόταν, κατά την παράδοση, και ο Όσιος Ιλαρίων ως ο μεγαλύτερος στο αξίωμα του ηγουμένου. Έτσι ο πράος ασκητής της Πελεκητής έκλεισε τη ζωή του μαρτυρικά, σφραγίζοντας με αίμα την ομολογία της ορθής πίστεως. Ο ιερός υμνογράφος Ιωσήφ τον αποκαλεί μάρτυρα, γιατί υπέμεινε χλευασμούς και τιμωρίες για την τιμή της εικόνας του Σωτήρος.

Ως αντιμισθία των αγώνων του για την αρετή και την αλήθεια, ο Θεός τον δόξασε με αιώνια δόξα στους ουρανούς. Στον τάφο του τελέστηκαν πολλά θαύματα προς παρηγοριά των πιστών που κατέφευγαν στη μεσιτεία του. Άφησε επίσης πνευματικά συγγράμματα με ηθικές οδηγίες για τον πνευματικό αγώνα των μοναχών. Η Εκκλησία τιμά τη μνήμη του στις είκοσι οκτώ Μαρτίου με βαθιά ευλάβεια και ευγνωμοσύνη.