Είκοσι επτά ολόκληρα χρόνια έμεινε σκλάβος ενός Τούρκου βυρσοδέψη στο Ουσάκι της Φιλαδελφείας της Μικράς Ασίας. Παρά τα καθημερινά βασανιστήρια και τις ασταμάτητες πιέσεις να αλλαξοπιστήσει, ο Παχώμιος κράτησε άθικτη τη χριστιανική του πίστη μέχρι το τέλος. Καταγόταν από τη Μικρά Ασία και είχε γονείς ευσεβείς και φιλόθεους, που του φύτεψαν από μικρή ηλικία βαθιά αγάπη προς τον Χριστό και την Εκκλησία. Όταν μεγάλωσε, υπηρέτησε ως στρατιώτης στον ρωσικό στρατό και εκεί τον περίμενε η πρώτη μεγάλη δοκιμασία της ζωής του.

Οι Τάταροι τον συνέλαβαν αιχμάλωτο σε μια από τις πολλές συγκρούσεις της εποχής και τον πούλησαν στα σκλαβοπάζαρα της Ανατολής. Ένας Τούρκος βυρσοδέψης τον αγόρασε και τον μετέφερε στην πατρίδα του, στο Ουσάκι της Φιλαδελφείας, για να τον έχει στην προσωπική του υπηρεσία. Εκεί άρχισε η μακρά δοκιμασία της σκλαβιάς, με τους εξευτελισμούς και τις απειλές να διαδέχονται η μία την άλλη χωρίς ανάπαυλα. Ο νέος δούλος αρνιόταν σταθερά κάθε προσπάθεια εξισλαμισμού και προτιμούσε τη σωματική κακοπάθεια από την προδοσία της πατρώας πίστης του.

Τελικά ο αφέντης του απηύδησε από την επιμονή του και αποφάσισε να τον αφήσει εντελώς ελεύθερο. Έτσι έκλεισε η μεγάλη περίοδος της σκλαβιάς και ο Παχώμιος ετοιμάστηκε επιτέλους να γυρίσει στους δικούς του ανθρώπους. Λίγο πριν αναχωρήσει για την πατρίδα του, ο Παχώμιος αρρώστησε σοβαρά και έπεσε στο κρεβάτι ανήμπορος να σηκωθεί ή να ταξιδέψει. Οι Τούρκοι του τόπου εκμεταλλεύτηκαν την κατάσταση και διέδωσαν ψευδώς ότι ο σκλάβος ζήτησε να γίνει μουσουλμάνος πριν πεθάνει.

Μόλις συνήλθε από την αρρώστια, τον έντυσαν με τουρκικά ρούχα και τον άφησαν να φύγει σαν να ήταν πια δικός τους. Ο Παχώμιος αναχώρησε αμέσως και μέσω Σμύρνης έφτασε στο Άγιον Όρος, αναζητώντας καταφύγιο και πνευματική θεραπεία από όλα όσα πέρασε. Στη μονή του Αγίου Παύλου τέθηκε υπό την προστασία ενός ενάρετου ιερομονάχου που λεγόταν Ιωσήφ, ο οποίος ανέλαβε την πνευματική του καθοδήγηση. Έμεινε εκεί δώδεκα ολόκληρα χρόνια ζώντας μέσα στην αυστηρή τάξη της κοινοβιακής ζωής και ασκώντας υπακοή, νηστεία και αδιάλειπτη προσευχή.

Έπειτα μετοίκησε στα Καυσοκαλύβια για να ζήσει πιο απομονωμένα και να μιμηθεί τη θαυμαστή πολιτεία του Οσίου Ακακίου του Καυσοκαλυβίτου. Εκεί ανέπτυξε τέτοια αρετή ώστε έγινε υπόδειγμα μοναχού και αγαπήθηκε βαθιά από όλους τους αδελφούς της αθωνικής ερήμου. Μέσα στην ησυχία γεννήθηκε σιγά σιγά μέσα του ο πόθος να μαρτυρήσει για τον Χριστό σαν τους παλιούς ομολογητές της πίστης. Ο θείος ζήλος δεν τον άφηνε να ησυχάσει και κάθε μέρα φούντωνε περισσότερο μέσα στην ασκητική του καρδιά.

Πριν δώσει την έγκριση, ο γέροντας Ιωσήφ τον δοκίμασε για ένα ολόκληρο χρόνο με αυστηρούς κανόνες και πνευματικές παιδαγωγίες της μοναχικής παράδοσης. Όταν διαπίστωσε τη σταθερότητα του ζήλου του, τον συνόδευσε ο ίδιος πίσω στο Ουσάκι της Φιλαδελφείας, εκεί όπου είχε ζήσει τα χρόνια της σκλαβιάς. Στη μέση της αγοράς ο Παχώμιος διακήρυξε δημόσια την πίστη του στον Χριστό και άρχισε αμέσως η κρίσιμη δοκιμασία της ομολογίας. Τον συνέλαβαν και τον οδήγησαν μπροστά στον Τούρκο κριτή με την κατηγορία ότι αρνήθηκε τον ισλαμισμό μετά την υποτιθέμενη παλαιότερη αποδοχή του.

Ο μάρτυρας απάντησε με πνευματική ανδρεία και αντέκρουσε τους κατηγόρους του, δηλώνοντας ότι ποτέ δεν αρνήθηκε τον Χριστό ούτε επρόκειτο να το κάνει. Ο κριτής διέταξε τον εγκλεισμό του στη φυλακή και μετά από τρεις ολόκληρες ημέρες τον κάλεσε ξανά να αλλαξοπιστήσει. Επειδή ο Παχώμιος έμεινε σταθερός στην ομολογία του, καταδικάστηκε σε θάνατο και παραδόθηκε στον δήμιο για άμεσο αποκεφαλισμό. Έτσι μαρτύρησε την Πέμπτη της Αναλήψεως το χίλια επτακόσια τριάντα και το ιερό λείψανό του βρίσκεται σήμερα στη μονή του Θεολόγου της Πάτμου.

Με το αίμα του ποτίστηκε η Εκκλησία και η ομολογία του μένει αιώνιο υπόδειγμα για κάθε πιστό που δοκιμάζεται.