Στη νοτιοδυτική πλευρά των Κυθήρων, μέσα σε μια κοιλάδα κατάφυτη από μυρτιές που οι ντόπιοι ονόμαζαν Μυρτίδια, μια εικόνα κατοικούσε αθέατη επί αιώνες. Σύμφωνα με την παράδοση, η αυθεντική εικόνα της Θεοτόκου με τον Χριστό βρέθηκε εκεί από έναν πτωχό βοσκό κατά τον δέκατο τρίτο αιώνα. Στην εικόνα αυτή αρχικά διακρίνονταν καθαρά τα χαρακτηριστικά του προσώπου της Θεομήτορος και του Χριστού μέχρι τα στέρνα. Με την πάροδο του χρόνου όμως απέκτησε σταδιακά το σκούρο χρώμα που τη χαρακτηρίζει μέχρι και τις ημέρες μας.

Η πιθανότερη εκδοχή υποστηρίζει ότι την εικόνα φιλοτέχνησε ο ίδιος ο Ευαγγελιστής Λουκάς κατά τον πρώτο αιώνα μετά τη γέννηση του Σωτήρα. Στη θέση της εύρεσης ο πτωχός βοσκός έκτισε ένα μικρό εκκλησάκι και αφιέρωσε όλον τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του στην περιποίηση. Μετά τον θάνατο του ευσεβούς αυτού ανθρώπου, την περιποίηση του μικρού Ναού της Μυρτιδιώτισσας ανέλαβε ο μοναχός Λεόντιος. Με χρηματική βοήθεια των ευσεβών Κυθηρίων μεγάλωσε λίγο το αρχικό εκκλησάκι και έκτισε γύρω του κελιά για τη φιλοξενία των προσκυνητών.

Το πλήθος όμως των προσκυνητών που κατέφθαναν από διάφορα μέρη δημιούργησε σύντομα την επιτακτική ανάγκη για έναν μεγαλύτερο και επιβλητικότερο Ναό. Η ευλάβεια απλωνόταν σταθερή και βαθιά, καθώς οι πιστοί διηγούνταν παντού τις χάριτες και τα θαύματα της σεβάσμιας αυτής εικόνας. Το δύσκολο αυτό έργο της ανέγερσης το ανέλαβε με πολύ ζήλο και προσπάθεια ο δραστήριος ιερομόναχος Αγαθάγγελος Καλλίγερος. Ξεκίνησε επίσημα τις εργασίες το χιλιάδες οκτακόσια σαράντα ένα, στηριζόμενος αρχικά σε εράνους που γίνονταν στα Κύθηρα και στην ευρύτερη περιοχή.

Σε δεκαέξι ολόκληρα χρόνια κατάφερε να ολοκληρώσει ένα υπέροχο συγκρότημα, που σήμερα αποτελείται από μεγαλοπρεπή Ναό, αριστουργηματικό καμπαναριό και πολλά κελιά φιλοξενίας. Ο μικρός Ναός της εύρεσης, το λεγόμενο Καθολικό, παρέμεινε κάτω από τον μεγάλο Ναό και διατηρείται σε άριστη κατάσταση μέχρι σήμερα. Εκεί φυλάσσεται κατά τους χειμερινούς μήνες η σεβάσμια εικόνα της Παναγίας, που η αγάπη των Κυθηρίων τη φύλαξε μέσα σε μια ολόχρυση επένδυση.

Η επένδυση αυτή αποτελεί αληθινό αριστούργημα, φτιαγμένη από τον Κρητικό καλλιτέχνη Νικόλαο Σπιθάκη το χιλιάδες οκτακόσια είκοσι επτά. Στο κάτω μέρος της χρυσής επένδυσης απεικονίζονται τρία μεγάλα θαύματα που έγιναν μέσα από τη χάρη της σεβάσμιας εικόνας. Το πρώτο είναι το θαύμα της εύρεσης της εικόνας από τον βοσκό μέσα στις μυρτιές της κοιλάδας. Το δεύτερο εικονίζει τη θεραπεία του παραλύτου στις είκοσι τέσσερις Σεπτεμβρίου, που έγινε στις αρχές του δέκατου εβδόμου αιώνα.

Το τρίτο μνημονεύει τη διάσωση του φρουρίου των Κυθήρων από τους κεραυνούς, κατά την περίοδο που η εικόνα φυλασσόταν εκεί λόγω των πειρατών. Ο Ιερός Ναός εορτάζει κάθε χρόνο στις είκοσι τέσσερις Σεπτεμβρίου, ημέρα ανάμνησης του θαύματος της θεραπείας του παραλύτου από τη χάρη της Παναγίας. Μέσα στο σεβάσμιο τέμπλο του Ναού υπάρχουν δύο παρεκκλήσια, αφιερωμένα σε αγίους με ιδιαίτερη παράδοση στο νησί. Το αριστερό παρεκκλήσι τιμά την Οσιοπαρθενομάρτυρα Ελέσα, ενώ το δεξιό είναι αφιερωμένο στον Όσιο Θεόδωρο των Κυθήρων.

Στο στέμμα της Πανσέπτου Εικόνας της Παναγίας της Μυρτιδιώτισσας υπάρχει προσαρμοσμένο ένα πολυτιμότατο αδαμαντοκόλλητο χρυσό κόσμημα σε σχήμα ημισελήνου. Πίσω από το κόσμημα αυτό κρύβεται μια συγκινητική ιστορία πίστης από τα χρόνια της Τουρκοκρατίας στη Μεσόγειο, την οποία διέσωσε ο υμνογράφος Σοφοκλής Καλούτσης. Βρισκόταν κάποτε στα Κύθηρα ένας Τούρκος πλούσιος και επιφανής, εγκατεστημένος στην τουρκοκρατούμενη Κρήτη, ευσεβής μωαμεθανός στο θρήσκευμα.

Κάποια ημέρα παρατήρησε με απορία μια ασυνήθιστη συγκέντρωση κόσμου στην πλατεία του Μητροπολιτικού Ναού του Εσταυρωμένου στη Χώρα. Ρώτησε λοιπόν τι συμβαίνει, και του είπαν ότι το νησί μαστιζόταν τότε από μια πολύμηνη και καταστροφική ανομβρία. Γι αυτόν τον λόγο επρόκειτο να πραγματοποιηθεί επίσημη λιτανεία της αγίας εικόνας της Μυρτιδιώτισσας, η οποία είχε κατεβεί από το κάστρο. Όμως ο ουρανός εκείνη την ώρα έμοιαζε καταγάλανος και δεν φαινόταν στον ορίζοντα ούτε ίχνος νέφους ή σύννεφου.

Ο Τούρκος εχλεύασε αυτή την ευλαβική ενέργεια, καθώς η λογική του έλεγε ότι δεν επρόκειτο να φέρει κανένα ορατό αποτέλεσμα. Ήταν τόσο σίγουρος για την άποψή του, ώστε δήλωσε δημόσια ότι, αν μετά τη λιτανεία επακολουθήσει βροχή, θα αφιέρωνε ο ίδιος ένα πολύτιμο χρυσό κόσμημα ημισελήνου. Η λιτανεία πραγματοποιήθηκε τελικά με μεγάλη κατάνυξη και οι Κυθήριοι γονυκλινείς παρακάλεσαν την Παναγία για τη λύση της ανομβρίας. Μόλις η ιερά πομπή επέστρεψε στον Ναό, άρχισε να πέφτει ραγδαία βροχή που πότισε όλο το διψασμένο νησί.

Ο αλλόθρησκος, με τη ζωντανή πίστη που γεννήθηκε μέσα του, τήρησε την υπόσχεσή του και αφιέρωσε αμέσως το πολύτιμο κόσμημα στην Παναγία. Πότε ακριβώς έγινε το θαύμα αυτό δεν αναφέρεται με βεβαιότητα στις λιγοστές πηγές που έχουν διασωθεί από εκείνη τη μακρινή εποχή. Πιθανότατα έγινε λίγο πριν το χιλιάδες οκτακόσια τριάντα επτά, εποχή κατά την οποία έγινε και η χρυσή επένδυση από τον Σπιθάκη. Φαίνεται μάλλον πως ο ίδιος ο Σπιθάκης έκανε την προσαρμογή της ημισελήνου επάνω στο στέμμα της Παναγίας.

Σκοπός ήταν να μείνει για πάντα ορατή η ανάμνηση του τελεσθέντος θαύματος της λύσεως της ανομβρίας στο νησί. Ταις πρεσβείαις της Παναχράντου Δεσποίνης ημών Θεοτόκου της Μυρτιδιωτίσσης και πάντων των αγίων προστατών της νήσου των Κυθήρων, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.