Όταν η Αλεξάνδρεια έπεσε στα χέρια των Οθωμανών και η Αίγυπτος γνώρισε νέο ζυγό, ο Πατριαρχικός Θρόνος του Αγίου Μάρκου χρειαζόταν νέο φωτεινό ποιμένα. Στα δύσκολα και πικρά εκείνα χρόνια αναδείχθηκε η μορφή του Αγίου Ιωακείμ του Πάνυ, ενός ανδρός με αγγελική και πραότατη ψυχή. Ο Άγιος γεννήθηκε στην Αθήνα το έτος χίλια τετρακόσια σαράντα οκτώ, μέσα σε ταραγμένους και ζοφερούς χρόνους για το γένος. Από μικρός αγάπησε την μοναχική ζωή και εμόνασε με ζήλο και υπακοή στην Ιερά Μονή του Σινά της Παλαιστίνης.

Στη συνέχεια συνέχισε τους αγώνες του στην ξακουστή Λαύρα του Οσίου Σάββα του Ηγιασμένου, καλλιεργώντας την προσευχή και την ταπείνωση. Ανήλθε στον παλαίφατο και Αποστολικό Θρόνο του Αγίου Μάρκου τον Αύγουστο μήνα του έτους χίλια τετρακόσια ογδόντα επτά. Όταν ο Σουλτάνος Σελίμ ο Πρώτος νίκησε τους Μαμελούκους, η Αίγυπτος και η χαλιφεία αποσπάστηκαν από αυτούς. Ο Άγιος Ιωακείμ ανηλώθη με οξύνοια και πρακτικό πνεύμα στη μεγάλη αναδιοργάνωση του δοκιμαζόμενου Πατριαρχείου του.

Έλαβε μέρος στη σπουδαία Σύνοδο των Ιεροσολύμων το έτος χίλια πεντακόσια είκοσι έξι, που είχε συγκληθεί για το Σιναϊτικό Ζήτημα. Στη Σύνοδο εκείνη συζητήθηκε και επιλύθηκε με σύνεση το λεγόμενο Σιναϊτικό Ζήτημα, με αγωνία και προσευχή. Στους κόπους του αυτούς ο Άγιος Πατριάρχης αναζήτησε και εξασφάλισε σημαντική οικονομική στήριξη για τον χειμαζόμενο και δοκιμαζόμενο Πατριαρχικό του Θρόνο. Τη γενναιόδωρη αυτή βοήθεια την έλαβε από τον ευσεβή τσάρο της Ρωσίας Βασίλειο τον Τέταρτο, σύμμαχο της Ορθοδοξίας.

Αντιστάθηκε σθεναρώς προς τις πιεστικές κρούσεις του Ενετού Αρχιεπισκόπου Κρήτης Πέτρου Λάνδου, που επιχειρούσε ασταμάτητα να τον παρασύρει. Ο Λάνδος επιδίωκε να τον πείσει να συναινέσει στην επικίνδυνη ένωση των Εκκλησιών με τη Δύση. Ζητούσε επίσης να μετάσχει ο Πατριάρχης στη Ρωμαιοκαθολική Σύνοδο του Τριδέντου, που συγκλήθηκε το έτος χίλια πεντακόσια εξήντα δύο. Η σθεναρή αυτή στάση ενίσχυσε ακόμη περισσότερο την εντύπωση του Χριστεπώνυμου πληρώματος της Εκκλησίας για την αγιότητά του.

Διασώζονται μάλιστα από τους χρονικογράφους της εποχής αναφορές για θαυμαστά σημεία που ο Άγιος Πατριάρχης επιτέλεσε δια της πίστεώς του. Εκοιμήθη σε βαθύτατο γήρας το έτος χίλια πεντακόσια εξήντα επτά, άγοντας το εκατοστό δέκατο έβδομο έτος της ζωής του. Πατριάρχευσε με σύνεση και αγάπη ογδόντα ολόκληρα έτη συνεχώς, παράδειγμα για όλους τους ποιμένες της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Η τιμία κάρα του ευρίσκεται σήμερα τεθησαυρισμένη με ευλάβεια στην Ιερά Μονή του Οσίου Σάββα του Ηγιασμένου. Ταις πρεσβείαις του εν Αγίοις Πατρός ημών Ιωακείμ του Πάνυ, Πατριάρχου της μεγάλης πόλεως Αλεξανδρείας, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.