Οι άγριες πλαγιές των Σφακίων της Κρήτης μεγάλωναν παλικάρια σκληρά, αδάμαστα και βαθιά πιστά στην ορθόδοξη παράδοση των πατέρων τους. Από εκείνη τη φλογισμένη γη ξεκίνησε ο νεαρός Ιωάννης για τα μικρασιατικά παράλια, αναζητώντας ψωμί και εργασία στα δύσκολα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Πατρίδα του Αγίου Ιωάννη ήταν τα Σφακιά της Κρήτης, και εργαζόταν ως απλός γεωργός κοντά στη Νέα Έφεσο. Σε ένα πανηγύρι προς τιμή του Τιμίου Προδρόμου, στις είκοσι εννέα Αυγούστου του χίλια οκτακόσια έντεκα, διασκέδαζε έξω από τη Νέα Έφεσο με δύο πατριώτες του.

Σε κάποια στιγμή ήλθαν εκεί απεσταλμένοι του αγά της περιοχής και τους ζήτησαν με αυθάδεια τον κεφαλικό φόρο που όφειλαν. Οι τρεις Σφακιανοί αρνήθηκαν περήφανα να πληρώσουν τον φόρο και πλάκωσαν στα χέρια με τους Τούρκους φοροεισπράκτορες της περιοχής. Αποτέλεσμα της σύγκρουσης ήταν να σκοτωθεί ένας Τούρκος από τους συντρόφους του Ιωάννη και να τραυματιστούν σοβαρά οι υπόλοιποι. Οι δύο πατριώτες του απομακρύνθηκαν αμέσως, ενώ ο ίδιος ο Ιωάννης παρέμεινε εκεί, επειδή ήταν εντελώς αθώος και ανέμελος.

Πίστευε πως ο Θεός θα φανέρωνε την αλήθεια και πως οι αρχές θα έβλεπαν την αθωότητα της δικής του ψυχής. Έμεινε ήσυχα στο χωράφι του και συνέχισε τις αγροτικές δουλειές με την ίδια εργατικότητα και τη συνηθισμένη απλότητα του χαρακτήρα του. Όμως οι Τούρκοι, που ζητούσαν εκδίκηση για το αίμα του συντρόφου τους, συνέλαβαν αμέσως τον Ιωάννη με μεγάλη βιαιότητα και θυμό. Αφού τον βασάνισαν με σκληρότητα, τον έριξαν στη φυλακή, όπου τον κράτησαν χωρίς τροφή και νερό για δεκαέξι ολόκληρες ημέρες.

Στις προτάσεις των Τούρκων να εξισλαμιστεί για να γλιτώσει τον θάνατο, ο Ιωάννης απάντησε με γενναιότητα και θαυμαστή απλότητα ψυχής. Είπε ότι χριστιανός γεννήθηκε και χριστιανός θέλει να πεθάνει, ότι ονομάζεται Ιωάννης και δεν αλλάζει την πίστη του ούτε το όνομά του. Έδειξε με τα λόγια του πως η αγάπη για τον Χριστό ήταν πιο δυνατή από κάθε απειλή θανάτου. Τότε οι Τούρκοι, μη μπορώντας να λυγίσουν το φρόνημά του, αποφάσισαν να τον θανατώσουν με τη φρικτή τιμωρία του απαγχονισμού.

Τον απαγχόνισαν στις δεκαπέντε Σεπτεμβρίου του χίλια οκτακόσια έντεκα, σε ένα χαρούμενο πρωινό φως, μέσα σε πλήθος Τούρκων και χριστιανών. Έτσι ο νεαρός Σφακιανός έλαβε το αμάραντο στεφάνι του νεομάρτυρα και ανέβηκε νικητής στους ουρανούς, κοντά στον αγαπημένο του Χριστό. Κατόπιν με ειδική άδεια οι ταπεινοί χριστιανοί τον έθαψαν στην αυλή του ναού του Αγίου Γεωργίου, εκεί στην Έφεσο. Το μαρτύριο του Αγίου συνέγραψε ο σοφός Αθανάσιος Πάριος, ενώ την ιερή ακολουθία του ο Γέρων Γεράσιμος Μικραγιαννανίτης. Ταις πρεσβείαις του Αγίου σου Ιωάννου του ενδόξου νεομάρτυρος του εκ Σφακίων Κρήτης, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.