Ο παππούς του Οσίου Παφνουτίου ήταν Τάταρος βασκάκος που βαπτίστηκε με το όνομα Μαρτίνος μετά από εξέγερση των Ρώσων. Ο εγγονός του γεννήθηκε το χίλια τριακόσια ενενήντα τέσσερα στο χωριό Κουντίνοβο, λίγα βέρστια έξω από το Μπορόβσκ. Οι γονείς του Ιωάννης και Φωτεινή ήταν ευσεβείς και ελεήμονες, και τον ονόμασαν στο βάπτισμα Παρθένιο. Από μικρό παιδί έδειχνε σπάνια κλίση στα ιερά γράμματα, στις θείες γραφές και στη μελέτη των πατέρων.

Καλλιεργούσε με ζήλο την πραότητα, την ακακία και τη σωφροσύνη, χωρίς καμία προσπάθεια ή τεχνητή προσαρμογή. Απέφευγε με αποφασιστικότητα τη συναναστροφή με ανθρώπους ελαφρούς ή κενούς, και αναζητούσε ενάρετα πρότυπα γύρω του. Όταν συμπλήρωσε τα είκοσι χρόνια, εγκατέλειψε τη γλυκύτητα του πατρικού σπιτιού και κάθε κοσμική προοπτική. Πήγε στη μονή Ποκρόβσκι Βισότσκι κοντά στο Μπορόβσκ και ζήτησε ταπεινά να γίνει μοναχός κάτω από έμπειρο γέροντα.

Ο ηγούμενος Μάρκελλος τον έκειρε με το νέο όνομα Παφνούτιος και τον ανέθεσε σε γέροντα. Ο γέροντας Νικήτας, παλιός μαθητής του οσίου Σεργίου του Ραντονέζ, ανέλαβε την πνευματική του καθοδήγηση. Για επτά ολόκληρα χρόνια ο νεαρός υποτακτικός έμαθε κάθε αρετή κάτω από αυτή τη φωτισμένη πατρότητα. Η αγάπη και η εκτίμηση της αδελφότητας προς το πρόσωπό του μεγάλωναν με ξεχωριστή σταθερότητα.

Όταν εκοιμήθη ο ηγούμενος Μάρκελλος, η αδελφότητα και ο πρίγκιπας Συμεών εκλιπάρησαν τον Παφνούτιο να αναλάβει την ποίμανση. Δέχτηκε τη χειροτονία από τα χέρια του αγίου Φωτίου, μητροπολίτη πάσης Ρωσίας, γύρω το χίλια τετρακόσια είκοσι έξι. Ο νέος ηγούμενος συνδύασε την ασκητική αυστηρότητα με τη φροντίδα του καλού ποιμένα προς τα λογικά πρόβατα. Την ημέρα την περνούσε στις μοναστηριακές εργασίες και τη νύχτα ολόκληρη την αφιέρωνε στην προσευχή.

Ο Θεός τον στόλισε με διάκριση, διορατικότητα και θαυμαστές αποκαλύψεις για τις ψυχές των αδελφών. Διέκρινε στα πρόσωπα και στα βλέμματα των ανθρώπων κρυμμένα πάθη και μυστικές αδυναμίες της καρδιάς τους. Μια νύχτα είδε σε όνειρο έναν θαυμαστό κήπο με καρποφόρα δέντρα και ένα ξεριζωμένο πεσμένο. Με κόπο φύτεψε ξανά το δέντρο, το στερέωσε και του έριξε κοπριά για να μη ξεραθεί.

Κατάλαβε ότι αυτό σήμαινε έναν αδελφό που είχε πέσει σε σαρκική αμαρτία κατά μια αποστολή. Όταν ο πεσών επέστρεψε αμίλητος και κατακόκκινος από ντροπή, ο όσιος του διηγήθηκε το όνειρό του. Με μακρά υπομονή και πατρική αγάπη οδήγησε τον αμαρτωλό στη μετάνοια, στην εξομολόγηση και στην πλήρη θεραπεία της ψυχής του. Δεκατρία χρόνια ηγουμένευσε στην Υψηλή μονή και μετά αρρώστησε βαριά και δέχτηκε το μέγα σχήμα.

Μετά την ανάρρωση εγκατέλειψε την ηγουμενία και αποσύρθηκε σε δασωμένη τοποθεσία ανάμεσα σε δύο ποτάμια, τρία βέρστια από το Μπορόβσκ. Η εγκατάστασή του στον νέο τόπο συνέβη γύρω το χίλια τετρακόσια σαράντα, και σύντομα αδελφοί άρχισαν να συγκεντρώνονται κοντά του. Έχτισαν με την ευλογία του ξύλινο ναό προς τιμή του Γενεσίου της Θεοτόκου, που εγκαινίασε ο μητροπολίτης άγιος Ιωνάς. Ως ταπεινός σχημαμοναχός ο όσιος δεν λειτουργούσε στη νέα μονή, παρά μόνο μία φορά πριν την κοίμησή του.

Ο τοπικός πρίγκιπας Βασίλειος Γιαροσλάβιτς οργίστηκε με την ακμή του νέου μοναστηριού και ζήτησε να το βλάψει. Πολλές φορές έστειλε υπηρέτες να πυρπολήσουν τη μονή, αλλά κάθε φορά γύριζαν άπραγοι από φόβο. Ένας νεοβάπτιστος Τάταρος ονόματι Ερμόλαος έσπευσε με χαρά να εκτελέσει την εμπρηστική εντολή του ηγεμόνα. Ο όσιος τον υποδέχτηκε φιλικά, τον φώναξε με το όνομά του και τον ρώτησε γιατί ήρθε.

Η γλυκύτητα και η προσήνεια του γέροντα μεταμόρφωσε αμέσως τη θηριώδη διάθεση του βαρβάρου σε ειλικρινή μετάνοια και ομολογία. Λίγο αργότερα ο πρίγκιπας Βασίλειος αιχμαλωτίστηκε από Τατάρους στη μάχη του Σούζνταλ και κατάλαβε το σφάλμα του. Ο όσιος προσευχήθηκε αμνησίκακα για την απελευθέρωσή του, και ο αιχμάλωτος έφυγε από τα δεσμά αβλαβής. Από εκείνη την ώρα ο πρίγκιπας απέκτησε βαθιά πίστη, ευγνωμοσύνη και αληθινή αφοσίωση προς τον θαυματουργό γέροντα.

Ο όσιος ήταν πολύ αυστηρός νηστευτής και έτρωγε ελάχιστα τα ταπεινά φαγητά της κοινής τράπεζας της αδελφότητας. Τη Δευτέρα και την Παρασκευή δεν έβαζε καθόλου τροφή στο στόμα του, και την Τετάρτη μόνο ξηροφαγία. Διάλεγε για τον εαυτό του τα χειρότερα ρούχα, μια μαντία και ένα ράσο από προβιά που δεν τα ήθελε ούτε ζητιάνος. Πρώτος έφτανε στις ακολουθίες και πρώτος στα διακονήματα της μονής, χωρίς ποτέ να αναζητήσει διάκριση.

Έκοβε και κουβαλούσε ξύλα, έσκαβε τον κήπο και πότιζε τα φυτά με τα ίδια του τα χέρια. Τον χειμώνα διάβαζε ή έπλεκε δίχτυα για ψάρεμα, και κανείς ποτέ δεν τον είδε αργό. Από την κοιλιά της μητέρας του ήταν πιστός φίλος της παρθενίας και φύλακας της σωφροσύνης. Δεν επέτρεπε σε κανέναν να αγγίξει το σώμα του, ούτε καν στα γεράματα ή στην ασθένειά του.

Γυναίκες δεν επιτρέπονταν να πλησιάζουν τη μονή, και απαγόρευε στους αδελφούς κάθε συζήτηση γύρω από αυτές. Στις συνομιλίες με μοναχούς ή κοσμικούς ήταν απλός, ευχάριστος και αληθινός, χωρίς ανθρωπαρέσκεια ή κολακεία προς ισχυρούς. Δεν δείλιαζε μπροστά σε πρίγκιπες ή βογιάρους, και δεν μαλάκωνε από τα δώρα των πλουσίων. Στη μεγάλη πείνα του Μπορόβσκ έθρεψε καθημερινά πάνω από χίλιους ανθρώπους που έρχονταν από τα γύρω χωριά.

Με τη βοήθεια της αδελφότητας ο όσιος έχτισε αργότερα έναν λαμπρό πέτρινο ναό προς τιμή της Θεοτόκου. Δούλεψε ο ίδιος ως απλός εργάτης και κουβαλούσε στους ώμους του πέτρες, νερό και υλικά. Κάλεσε τους καλύτερους ζωγράφους της εποχής, τον Διονύσιο και τον Μητροφάνη, για να στολίσουν τους τοίχους με τοιχογραφίες. Ο εικονογράφος Διονύσιος έπασχε από τα πόδια, αλλά με την ευλογία του γέροντα θεραπεύτηκε και ξεκίνησε αμέσως.

Ο όσιος είχε διατάξει τους κοσμικούς τεχνίτες να μην τρώνε κρέας μέσα στα όρια της μονής. Όταν παρέβησαν κρυφά την εντολή με ένα μηρό αρνιού γεμιστό, ο Διονύσιος βρήκε σκουλήκια στο φαγητό. Αμέσως αρρώστησε από φοβερή ψώρα, και όλο του το σώμα έγινε σαν μια ενιαία ανοιχτή πληγή. Έστειλε αμέσως μαθητή στον όσιο για να ζητήσει συγχώρεση και υποσχέθηκε να μην παραβεί ποτέ ξανά την εντολή.

Ο γέροντας ευλόγησε νερό μέσα στον ναό και του είπε να βρέξει με αυτό όλο του το σώμα. Μόλις ο Διονύσιος εκτέλεσε την εντολή και αποκοιμήθηκε, ξύπνησε εντελώς υγιής και τα σπυριά έπεσαν σαν λέπια. Η φήμη του οσίου τραβούσε νέους και ώριμους ασκητές, ανάμεσά τους τον μετέπειτα όσιο Ιωσήφ του Βολοκολάμσκ. Ο όσιος τον έκειρε ο ίδιος μοναχό, και αναγνώρισε πάνω του την κλήση μεγάλου πνευματικού οδηγού.

Ο Κύριος αποκάλυψε στον όσιο την ακριβή ημέρα της κοιμήσεώς του μία ολόκληρη εβδομάδα νωρίτερα από το γεγονός. Ετοιμάστηκε ειρηνικά και χωρίς ταραχή, και ζήτησε τον μαθητή του Ιννοκέντιο κοντά του για τις τελευταίες ημέρες. Όταν έφτασαν απεσταλμένοι του μεγάλου πρίγκιπα Ιωάννη Βασιλιέβιτς και της μητέρας του, αρνήθηκε να τους δεχτεί. Επέστρεψε μάλιστα τις χρυσές δωρεές της Σοφίας Παλαιολογίνας, λέγοντας πως πια δεν συνδέεται με τίποτα κοσμικό.

Όταν τον ρώτησε ο Ιννοκέντιος σε ποιον αφήνει τη μονή, εκείνος απάντησε απλά «στην Παναγία». Είπε ότι η Δέσποινα είχε αγαπήσει αυτόν τον τόπο και θα πρόνοιαζε για κάθε ανάγκη μετά την κοίμησή του. Παρήγγειλε στους αδελφούς να μη μειώνουν τις ακολουθίες και να μη διώχνουν ποτέ τον ξένο ή τον φτωχό. Ζήτησε τάφο απλό κοντά στη νότια πλευρά του ναού και απαγόρευσε δρύινο φέρετρο για τον εαυτό του.

Τα έξι χάλκινα κέρματα που θα στοίχιζε το ξύλο, ζήτησε να δοθούν σε καλάθια ψωμιού για τους πτωχούς. Την πρώτη Μαΐου του χίλια τετρακόσια εβδομήντα επτά, μία ώρα πριν τη δύση του ηλίου, εκοιμήθη. Σταύρωσε τα χέρια του στο στήθος και παρέδωσε την ψυχή του με τρεις αναπνοές προς τον Κύριο. Με την ευχή του οσίου Παφνουτίου του θαυματουργού ας πορευόμαστε όλοι στον δρόμο της σωτηρίας μας.