Ανέβηκε στον πατριαρχικό θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως σε ηλικία μόλις δεκαεννέα ετών, ως αδελφός του βασιλέως Λέοντος του Σοφού. Δώρισε όλα τα πολυτιμότατα άμφιά του στον ξακουστό ναό της Ζωοδόχου Πηγής, σε ένδειξη ευγνωμοσύνης για μια θαυματουργική θεραπεία του από φοβερή αρρώστια. Ο άγιος Στέφανος ήταν γιος του βασιλικού ζεύγους Βασιλείου του Μακεδόνα και της ευσεβούς αυτοκρατείρας Ευδοκίας. Γεννήθηκε στα έτη οκτακόσια εξήντα επτά μετά Χριστόν, μέσα στη μεγάλη πόλη της βυζαντινής Κωνσταντινουπόλεως.
Από τα πρώτα του χρόνια ανατράφηκε σε αυστηρή εκκλησιαστική παιδεία και έγινε μαθητής του Μεγάλου Φωτίου. Διετέλεσε επίσης σύγκελλος του ξακουστού Πατριάρχη Φωτίου κατά τη δεύτερη πατριαρχία του στην Πρωτεύουσα της Ρωμανίας. Όταν ο μέγας Φώτιος αποχώρησε από τον θρόνο του, ο νεαρός Στέφανος ανέλαβε ως διάδοχός του τον πατριαρχικό θρόνο της Πρωτεύουσας. Ανέβηκε στον θρόνο του Οικουμενικού Πατριαρχείου στα έτη οκτακόσια ογδόντα έξι μετά Χριστόν στην ξακουστή Κωνσταντινούπολη.
Εκείνη την εποχή βασίλευε στο Βυζάντιο ο αδελφός του ο Λέων ο Σοφός, που σεβόταν τον Στέφανο. Η ευσέβειά του φαινόταν καθαρά μέσα από την προσωπική του ζωή και την ποιμαντική του δράση. Ο νεαρός Στέφανος αναδείχθηκε αληθινός άνδρας βαθιάς και ζωντανής ευσέβειας απέναντι στον Σωτήρα Χριστό και στην Εκκλησία. Σε κάποια περίοδο της σύντομης ζωής του ο Στέφανος αρρώστησε βαριά και βρισκόταν σε σοβαρό κίνδυνο για τη ζωή του. Θεραπεύτηκε όμως πλήρως, αφού έκανε χρήση του αγιάσματος του ξακουστού ναού της Ζωοδόχου Πηγής στην Πρωτεύουσα.
Σε ένδειξη της ευγνωμοσύνης του δώρισε τα πολυτιμότατα άμφια στο ξακουστό αυτό προσκύνημα της Παναγίας Θεοτόκου της εποχής. Από εκείνα τα ιερά άμφια κατασκευάστηκε ειδική επένδυση για την αγία Τράπεζα του ναού της Παναγίας. Η ιερή αυτή επένδυση χρησιμοποιείται ειδικά την ημέρα της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού του Κυρίου. Ο Πατριάρχης Στέφανος αξιοποίησε επίσης τους βασιλικούς συγγενικούς του δεσμούς για την ανακούφιση των πτωχών της πρωτεύουσας. Πρόσφερε ελεημοσύνες με γενναιοδωρία και βοηθούσε όσους είχαν πραγματική ανάγκη μέσα στην πρωτεύουσα της Βυζαντινής αυτοκρατορίας.
Πέθανε τελικά τον Μάιο των οκτακόσια ενενήντα τριών μετά Χριστόν, σε νεαρή ηλικία είκοσι έξι ετών μόνο. Ενταφιάστηκε με τιμές στη μονή του Αγίου Γεωργίου στο Δεύτερον, η οποία ονομαζόταν και μονή του Συκιώτου. Πιθανολογείται ότι κατά την πατριαρχία του εκδόθηκε το πρώτο Σύνταγμα των επισκόπων του Οικουμενικού Θρόνου. Άφησε φωτεινή παρακαταθήκη ζωής, ευσεβείας και φιλανθρωπίας μέσα στη δύσκολη εποχή του εννάτου αιώνος μετά Χριστόν. Με τις πρεσβείες του αγίου Στεφάνου του Πατριάρχη, Κύριε, αξίωσε κι εμάς της επουράνιας σου βασιλείας.