Το παιδικό κλάμα του Αγίου μπερδεύτηκε με τους ολολυγμούς των Σερραίων για τον τραγικό θάνατο του τελευταίου Βασιλιά της Τραπεζούντος Δαβίδ. Ο Δαβίδ μαζί με τα τρία παιδιά του κρεμάστηκε με αυτοκρατορική εντολή του Μωάμεθ του Δευτέρου, στο τέλος της βασιλικής οδού, λίγο έξω από την πόλη των Σερρών. Ο Άγιος Νεομάρτυς Ιωάννης ήταν ευγενής γόνος μιας εύπορης και αρχοντικής οικογένειας Σερραίων, της εποχής της σκληρής τουρκοκρατίας. Γεννήθηκε στην πόλη των Σερρών στο τελευταίο μισό του δεκάτου πέμπτου αιώνος και έζησε σε εποχή ταραγμένη.

Από νεαρή ηλικία διακρίθηκε για το θάρρος και την σταθερή προσήλωσή του στην πατρώα Ορθόδοξη Πίστη των γονέων του. Στην ακμή της ανθρώπινης νεότητός του, εμφανιζόταν με θάρρος σε δημόσιους χώρους ως ισότιμος προς τους Τούρκους κατακτητές. Η λαμπρότητα της εξωτερικής του εμφανίσεως και το πνευματικό του παράστημα προκάλεσαν τον φθόνο των Τούρκων, που τον διέβαλαν στις αρχές. Οι σκληροί διαβολείς υποστήριξαν ψευδώς ότι ο Νεομάρτυς Ιωάννης δημόσια εξύβρισε την πίστη του Προφήτη της εποχής εκείνης.

Διέδωσαν επίσης ότι αρνήθηκε αυθαίρετα να ακολουθήσει τις διδασκαλίες του, παρά την αρχική του προφορική υπόσχεση που είχε κάποτε δώσει. Οι αρχές των μωαμεθανών κατακτητών διέταξαν αμέσως, μετά από μια τόσο σοβαρή καταγγελία, την σύλληψη του νεαρού. Ο Ιωάννης συνελήφθη και οδηγήθηκε αμέσως στο τουρκικό δικαστήριο, πράγμα που πραγματοποιήθηκε αμέσως όπως είχαν διατάξει. Οι δικαστές του, εκτιμώντας τα συγκεκριμένα δεδομένα, ξεκίνησαν αρχικά να τον δελεάζουν με υψηλά αξιώματα του τουρκικού κράτους.

Επιθυμούσαν με κάθε τρόπο να αλλάξει την Ορθόδοξη πίστη του, καθώς ήλπιζαν να βρει το παράδειγμά του πολλούς πρόθυμους μιμητές. Όλες οι προσπάθειες των αλλοθρήσκων δικαστών απέτυχαν παταγωδώς, επειδή ο Ιωάννης ομολογούσε δημόσια την πίστη του στον Σωτήρα Χριστό. Η ομολογία του ήταν σταθερή και άκαμπτη απέναντι στις απατηλές υποσχέσεις και στα δαιμονικά τεχνάσματα των αντιχρίστων αρχόντων της εποχής. Όταν τελικά όλες οι πλάγιες μέθοδοι των διωκτών απέτυχαν, οι αλλόφυλοι κατέφυγαν σε φοβερά σωματικά βασανιστήρια του ιερού μάρτυρος.

Έβγαλαν τον γενναίο μάρτυρα από την σκοτεινή φυλακή και τον έσυραν χωρίς ένδυση πάνω στην γη της πατρίδος του. Ο σιωπηλός σερραίος μάρτυρας υπέφερε τον δημόσιο εξευτελισμό με ακαταμάχητη υπομονή και απαράμιλλη πραότητα, χωρίς να αντιδρά. Τέλος, του ξερίζωσαν τα μαλλιά και τον ραβδίζανε ασταμάτητα και χωρίς διακοπή σε όλο το σώμα του. Παρά τα φοβερά αυτά μαρτύρια, ο Άγιος άντεχε υπερφυσικά και συνέχιζε να υμνεί ασταμάτητα τον Κύριο Ιησού Χριστό. Τότε ξαφνικά εμφανίσθηκε στα δεξιά του ένας έφιππος και μεγαλοπρεπής άνδρας με πρόσωπο που ακτινοβολούσε σαν λαμπρό ηλιακό φως.

Ο μάρτυρας Ιωάννης είδε αυτή την υπέρλαμπρη ουράνια παρουσία, που δεν ήταν άλλη από εκείνην του Αγίου Θεοδώρου του Στρατηλάτη. Κατάλαβε αμέσως ότι ο έφιππος ουράνιος άνδρας του συνιστούσε ένθερμα να μην χάσει το θάρρος του στην ομολογία της πίστεως. Οι αλλόθρησκοι Τούρκοι, όταν δεν κατάφεραν να τον αλλάξουν με αυτόν τον επώδυνο σωματικό τρόπο, τον οδήγησαν εκ νέου στην φυλακή. Εκεί στο σκοτεινό κελί συνέχισαν τις σωματικές και ηθικές πιέσεις τους πάνω στον γενναίο νεομάρτυρα της Ορθοδόξου Πίστεως.

Η σταθερή όμως προσήλωση του Ιωάννου στην πάτρια ευσέβειά του τους απέλπισε ολοκληρωτικά και τους ανάγκασε να ζητήσουν εντολές. Στράφηκαν λοιπόν στην Μεγάλη Πύλη της Κωνσταντινουπόλεως, ζητώντας έγγραφες οδηγίες για την τύχη του νεαρού Σερραίου ομολογητού. Όταν τελικά ήρθαν οι έγγραφες αυτοκρατορικές οδηγίες, ο δικαστής των Σερρών διέταξε τον θάνατο του Αγίου Ιωάννου. Η τραγική απόφαση θα εκτελείτο εφόσον ο νεαρός δεν απαρνιόταν την πίστη του στον Σωτήρα Χριστό και στους πατέρες του.

Οι σκληροί τύραννοι, μετά την οριστική αποτυχία των τελευταίων προσπαθειών τους, τον έβγαλαν από την σκοτεινή φυλακή για το τέλος. Τον οδήγησαν σε χώρο δημόσιο, όπου οι αλλόθρησκοι δήμιοι ετοίμαζαν με μεθοδικότητα το τελικό σκληρό μαρτύριό του. Για να κάνουν το τέλος του πιο επώδυνο και βασανιστικό, τον ανέβασαν επάνω σε σωρό από φρύγανα και ξερά ξύλα. Αφού του έδεσαν τα τίμια χέρια και τα πόδια του, έβαλαν φωτιά στο εύφλεκτο ξύλινο υπόστρωμα. Ο μάρτυρας Ιωάννης παρέμεινε ήρεμος σε όλη την διάρκεια του φρικτού του μαρτυρίου, υπερβαίνοντας υπερφυσικά τον σωματικό πόνο.

Μάλιστα προκαλώντας τους ίδιους τους βασανιστές του, τους ρωτούσε εάν τον είχαν πράγματι παραδώσει στην φωτιά της θυσίας. Με ήπια και γαλήνια φωνή ο νεομάρτυς υμνολογούσε ασταμάτητα τον Κύριο Ιησού Χριστό μέσα από τις λαμπρές φλόγες. Ένας από τους αλλόθρησκους δημίους του, για να τον κάνει βιαίως να σωπάσει, του έμπηξε έναν παλούκι μέσα στο στόμα του. Με αυτόν τον φρικτό τρόπο επέφερε το τέλος της επιγείου ζωής του Αγίου, στην απαρχή της αιωνίου δοξαστικής του πορείας.

Την ιερή ακολουθία του Αγίου Νεομάρτυρα Ιωάννου του Σερραίου έγραψε ο Μέγας Ρήτωρ της Μεγάλης Εκκλησίας Μανουήλ. Ο σπουδαίος Πελοποννήσιος ρήτωρ τη συνέθεσε πιθανώς μεταξύ των ετών χίλια τετρακόσια ενενήντα ένα και χίλια τετρακόσια ενενήντα επτά. Ο Άγιος Ιωάννης ο Σερραίος μαρτύρησε για την ακράδαντη πίστη του στον Σωτήρα Χριστό περί το έτος χίλια τετρακόσια ογδόντα. Η σεπτή μνήμη του Αγίου εορτάζεται κάθε χρόνο στις δώδεκα του μηνός Μαΐου, ως ευλογημένη εορτή της Ορθοδόξου Εκκλησίας.

Στην πατρίδα του τις Σέρρες της Ανατολικής Μακεδονίας, ο Άγιος τιμάται μέχρι σήμερα ως πολιούχος και προστάτης της πόλεως. Η αιματηρή του ομολογία στάθηκε αλάθητο πρότυπο για όλους τους Νεομάρτυρες της Τουρκοκρατίας και πηγή ενθαρρύνσεως των ορθοδόξων. Η εμφάνιση του Αγίου Θεοδώρου του Στρατηλάτου επιβεβαιώνει την συνεχή ουράνια συμπαράσταση των ιερών μαρτύρων προς τον γενναίο νεαρό. Το λαμπρό μαρτύριο του Αγίου Ιωάννου διασώθηκε κυρίως μέσω της εκκλησιαστικής υμνογραφικής παραδόσεως των Σερραίων χριστιανών της εποχής εκείνης.

Με τις ιερές του πρεσβείες ενισχύονται οι πιστοί στους πειρασμούς της επιγείου ζωής τους και στις φοβερές δοκιμασίες της εποχής μας. Η μνήμη του Αγίου ζει ολοζώντανη στις σερραίικες ψυχές, ως αιώνια απάντηση στην βαρβαρότητα του δαιμονικού ιστορικού παρελθόντος. Με τις πρεσβείες του Αγίου Ιωάννου του Νεομάρτυρος εκ Σερρών, αξίωσε και εμάς Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.