Μια μυστική φωνή τον φώναξε με το μοναχικό του όνομα, ενώ δούλευε ακόμη παιδί στα χωράφια με τον πατέρα του. Στη συνέχεια ένας διά Χριστόν σαλός στη Μόσχα τον αναγνώρισε ως μελλοντικό ασκητή και άλλαξε για πάντα τη ζωή του. Ο Όσιος Νικόδημος γεννήθηκε στο χωριό Ιβάνκοβο, κοντά στο Ροστόβ, μέσα σε μια απλή αγροτική οικογένεια της ρωσικής υπαίθρου. Στον κόσμο τον έλεγαν Νικήτα και η παιδική του ηλικία κύλησε ανάμεσα στα χωράφια και στις φροντίδες της φτωχικής τους ζωής.

Κάποια στιγμή, εκεί που εργαζόταν μαζί με τον πατέρα του, άκουσε καθαρά μια φωνή να τον καλεί δύο φορές. Η φωνή τον προσφωνούσε με το όνομα Νικόδημος, που θα έπαιρνε αργότερα ως μοναχός μέσα στο μοναστήρι. Μετά τον θάνατο των γονιών του, ο νεαρός Νικήτας έμαθε με μεγάλη επιμέλεια την τέχνη του σιδερά στο Γιαροσλάβλ. Έπειτα από κάποιο διάστημα κατέβηκε στη Μόσχα, για να συνεχίσει τη βιοπάλη και να βρει εργασία στην πολυάνθρωπη πρωτεύουσα. Όμως ο Θεός είχε ήδη ανοίξει μέσα στην ψυχή του έναν δρόμο διαφορετικό από τα σχέδια του κόσμου.

Καθώς περνούσε μια μέρα από την περιοχή της Κουλίσκα, σταμάτησε στην καλύβα του διά Χριστόν σαλού Ηλία. Μόλις τον αντίκρισε ο σαλός Ηλίας, φώναξε δυνατά πως έφτασε επιτέλους ο ασκητής της Χουζιούγκα. Τα λόγια αυτά εντυπώθηκαν βαθιά μέσα του και τα δέχτηκε ως φανερή κλήση του Θεού προς τη μοναχική ζωή. Μοίρασε αμέσως όλα όσα είχε στους φτωχούς και πήγε στον αρχιμανδρίτη Παφνούτιο της μονής Τσούντοβ της Μόσχας. Η μονή αυτή ήταν αφιερωμένη στο θαύμα του Αρχαγγέλου Μιχαήλ και ο Παφνούτιος δέχθηκε με χαρά τον πρόθυμο νέο.

Εκεί ο Νικήτας έγινε μοναχός και πήρε το όνομα Νικόδημος, ακριβώς όπως είχε ακούσει μέσα στα χωράφια. Για έντεκα ολόκληρα χρόνια στάθηκε υπόδειγμα στους αδελφούς σε ταπείνωση, υπακοή, ακτημοσύνη και ειλικρινή αδελφική αγάπη. Όταν ο Παφνούτιος έγινε μητροπολίτης Σαρσκ, πήρε μαζί του τον Νικόδημο, για να έχει κοντά του έναν έμπιστο συνεργάτη. Όμως μέσα στην ψυχή του Οσίου άναβε διαρκώς ο πόθος για ησυχία και αυστηρή ασκητική ζωή στην έρημο. Έπειτα από έναν χρόνο πήρε την ευλογία του ιεράρχη και ξεκίνησε για τον απομονωμένο βορρά της Ρωσίας.

Έφτασε αρχικά στο κοινόβιο μοναστήρι της Λίμνης Κόζα, όπου παρέμεινε για ενάμιση χρόνο ως ταπεινός αδελφός της αδελφότητας. Ο πόθος όμως για τέλεια μοναξιά τον οδήγησε σταδιακά στο ρυάκι της Χουζιούγκα, πέντε βέρστια μακριά από το μοναστήρι. Σε ένα πυκνό δάσος έκτισε με τα ίδια του τα χέρια ένα μικρό κελί και έμεινε εκεί χωρίς να βγει. Πέρασε σε αυτή την απόλυτη ησυχία τριάντα πέντε ολόκληρα χρόνια, μιμούμενος τη ζωή του Οσίου Παύλου του Θηβαίου.

Εκτελούσε τον κανόνα της προσευχής για όλο τον κόσμο μέσα σε βαθιά σιωπή, μακριά από κάθε ανθρώπινη ταραχή. Μοιραζόταν με τους αδελφούς του μοναστηριού τους κόπους του και κυρίως τα ψάρια, που τα ψάρευε ο ίδιος με μεγάλη ευχαρίστηση. Ελάφια του δάσους τριγύριζαν χωρίς φόβο γύρω από το ερημητήριό του, αναγνωρίζοντας την πραότητα και την αγιότητα της παρουσίας του. Τις νύχτες τις περνούσε σε ολονύκτια προσευχή και μόνο σπάνια επέτρεπε στον εαυτό του να κοιμηθεί λίγο καθιστός.

Με τέτοιες αυστηρές ασκητικές προσπάθειες έφτασε ο Όσιος σε πολύ μεγάλο πνευματικό ύψος μέσα στην ερημική του πορεία. Απέκτησε με τη χάρη του Θεού το χάρισμα των δακρύων και της αδιάλειπτης νοεράς προσευχής της καρδιάς. Παράλληλα ο Κύριος του χάρισε το διορατικό χάρισμα και τη δύναμη να θεραπεύει με την προσευχή του τους αρρώστους που κατέφευγαν σε αυτόν. Λίγο πριν την κοίμησή του παρουσιάστηκαν στον Όσιο δύο φωτεινοί άνδρες με αγγελική μοναχική ενδυμασία.

Ήταν ο άγιος Αλέξιος, μητροπολίτης Μόσχας, και ο άγιος Διονύσιος, αρχιμανδρίτης της Λαύρας της Αγίας Τριάδος του Σεργίου. Του φανέρωσαν με σαφήνεια ότι μετά από σαράντα ημέρες θα αναχωρούσε για να συναντήσει τον Κύριο. Ο Όσιος Νικόδημος εκοιμήθη ειρηνικά, όπως ακριβώς του είχε προαναγγελθεί, την τρίτη Ιουλίου του έτους χίλια εξακόσια σαράντα. Τα ιερά λείψανά του αναπαύονται κάτω από μια κρύπτη μέσα στον ναό της Θεοφανείας. Ο ναός αυτός βρίσκεται στο μοναστήρι της Λίμνης Κόζα, εκεί όπου έζησε ο ίδιος τα πρώτα του μοναχικά χρόνια. Τον βίο του Οσίου τον κατέγραψε με ευλάβεια ο μαθητής του, ο ιερομόναχος Ιάκωβος, ώστε η μνήμη του να μη χαθεί ποτέ από την Εκκλησία.