Στα δύσκολα χρόνια της τουρκοκρατίας, η νεολαία της Ορθόδοξης Ανατολής αντιμετώπιζε καθημερινά πειρασμούς εξωμοσίας και ψυχικής φθοράς. Σε αυτό το ζοφερό κλίμα προβάλλει η συγκλονιστική μορφή του Αγίου Ιλαρίωνος του νέου οσιομάρτυρα, παράδειγμα μετανοίας και ομολογίας. Καταγόταν από το Ηράκλειο της Κρήτης και το κοσμικό του όνομα ήταν Ιωάννης, γιος ευσεβών γονέων. Είχε άλλα τέσσερα αδέλφια και οι γονείς του, Φραντζέσκος και Αικατερίνη, τον είχαν αναθρέψει με προσοχή στα ιερά γράμματα.

Όταν μεγάλωσε λίγο, ο θείος του ο γιατρός τον πήρε μαζί του στην Κωνσταντινούπολη με υποσχέσεις εκπαίδευσης και επαγγέλματος. Έμεινε όμως μαζί του δέκα ολόκληρα χρόνια χωρίς να μάθει την ιατρική, καθώς ο θείος του τον αμελούσε εντελώς. Αναγκάστηκε λοιπόν να φύγει από το σπίτι εκείνο και προσελήφθη ως υπάλληλος σε έναν έμπορο από τη Χίο. Κάποτε ο έμπορος ταξίδεψε στην πατρίδα του και άφησε τον Ιωάννη με έναν άλλο υπάλληλο στη φύλαξη του καταστήματος.

Όταν επέστρεψε υπολόγισε ότι έλειπαν τριάντα γρόσια από τα εισπραχθέντα, χωρίς προηγουμένως να έχει κάνει επίσημη απογραφή. Οι υποψίες και οι σκληρές απειλές του εμπόρου στράφηκαν αμέσως κατά του Ιωάννη, μια και ήταν ο νεότερος υπάλληλος. Απελπισμένος ζήτησε βοήθεια από τον θείο του γιατρό, αλλά εκείνος δεν δέχθηκε καν να τον συναντήσει στο σπίτι του. Έτσι μέσα στη βαριά απελπισία του ο νέος προχώρησε προς το παλάτι του σουλτάνου με μία αβέβαιη ελπίδα.

Σκόπευε να συναντήσει τη Βαλιδέ σουλτάνα, τη βασιλομήτορα, και να της εκθέσει την άδικη κατηγορία εις βάρος του. Πριν όμως φτάσει στη Βαλιδέ συνάντησε τον επιτετραμμένο αγά, τον Αιθίοπα Μερτζάν Αγά, που τον γνώριζε από πριν. Του ανέφερε λοιπόν με λεπτομέρειες την υπόθεσή του και ο κάκιστος εκείνος σύμβουλος άρπαξε αμέσως την ευκαιρία. Τον προέτρεψε να αλλαξοπιστήσει, υποσχόμενος πλούτη, αξιώματα και πλήρη απαλλαγή από κάθε κατηγορία εις βάρος του.

Μέσα στη φοβερή στεναχώρια του και με τη συνεργία του διαβόλου, ο νέος Ιωάννης δέχθηκε τη φοβερή πρόταση. Τότε ο αγάς, περιχαρής, τον παρουσίασε στη μητέρα του σουλτάνου και εκείνη με τη σειρά της στον ίδιο τον σουλτάνο. Αμέσως του έκαναν περιτομή, τον έντυσαν με λαμπρά μουσουλμανικά ενδύματα και τον παρέδωσαν σε κάποιον χότζα για να τον διδάσκει. Μετά από τρεις ημέρες όμως ο νέος ήρθε στον εαυτό του και μετανόησε βαθύτατα από την καρδιά του. Ζητούσε ευκαιρία να ξεφύγει και κατόρθωσε τελικά να φύγει με πλοίο για την Κριμαία προς τα βόρεια παράλια.

Έμεινε εκεί δέκα ολόκληρους μήνες αλλά δεν μπορούσε να βρει καμία ανάπαυση από το βαρύ σφάλμα της άρνησης. Αποφάσισε τότε να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη με σκοπό να ομολογήσει δημόσια τον Χριστό μπροστά στους ίδιους κατακτητές. Κάποιοι έμπειροι πνευματικοί όμως, ο Συμεών και ο Ιερεμίας, τον συμβούλεψαν προσεκτικά να πάει πρώτα στο Άγιο Όρος. Έτσι ο Ιωάννης πήγε αρχικά στην Ιερά Μονή Ιβήρων και έπειτα στη σκήτη της Αγίας Άννης. Εκεί υποτάχθηκε στον φημισμένο ιερομόναχο Βησσαρίωνα, ο οποίος είχε αλείψει στο μαρτύριο και τον προηγούμενο νεομάρτυρα Λουκά.

Ο Γέροντας Βησσαρίων τον δέχθηκε με αγάπη και του όρισε έναν αυστηρό κανόνα ασκήσεως και νηστείας. Σε λίγο καιρό τον έκειρε μοναχό με το νέο πνευματικό όνομα Ιλαρίων, σημάδι της νέας ζωής εν Χριστώ. Ένα πρωί ο Ιλαρίων είπε στον Γέροντά του ότι ένιωθε πια έτοιμος να ομολογήσει τον Χριστό που είχε αρνηθεί. Ο Γέροντας συγκατένευσε στον καλό λογισμό του και αναχώρησαν μαζί για την Κωνσταντινούπολη μέσα σε προσευχή και ησυχία. Εκεί πρώτα ο Ιλαρίων κοινώνησε από τον Γέροντά του τα Άχραντα Μυστήρια και αμέσως μετά παρουσιάστηκε στον αγά.

Του δήλωσε με παρρησία ότι αμέσως μόλις έγινε μουσουλμάνος μετάνιωσε πικρά και επανήλθε στο φως της αλήθειας. Αναθεμάτισε ανοιχτά την ομολογία και την πίστη των μουσουλμάνων και ξεκαθάρισε πως υπήρξε χριστιανός και είναι ακόμη χριστιανός. Ρίχνοντας κάτω στη γη το σαρίκι του, φόρεσε τον μαύρο σκούφο που είχε κρυμμένο μέσα στα ρούχα του. Ο αγάς βλέποντας την αμετάθετη απόφασή του διέταξε να τον συλλάβουν αμέσως και να τον βασανίσουν αλύπητα. Τόσο πολύ τον βασάνισαν οι δήμιοι, ώστε εξαρθρώθηκαν όλα τα οστά του σώματός του από τα κτυπήματα.

Τελικά τον αποκεφάλισαν στις είκοσι Σεπτεμβρίου του χίλια οκτακόσια τέσσερα και έλαβε δύο στεφάνια, της ασκήσεως και του μαρτυρίου. Αργότερα, όταν ο Γέροντας Βησσαρίων ήταν καλεσμένος σε χριστιανικό σπίτι, του έφεραν τα παιδιά για ευλογία. Ένα κοριτσάκι περίπου οκτώ ετών, που είχε δαιμόνιο, μαύρισε και τελικά έπεσε καταγής σαν νεκρό μπροστά τους. Πριν προλάβει ο Γέροντας να το σφραγίσει με λίγο αίμα του Αγίου, το δαιμόνιο βγήκε και το παιδί σηκώθηκε γερό. Ταις πρεσβείαις του αγίου ενδόξου οσιομάρτυρος Ιλαρίωνος του νέου, του εκ Κρήτης ορμωμένου και εν Κωνσταντινουπόλει μαρτυρήσαντος, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.