Στον πέμπτο λόφο της Βασιλεύουσας Κωνσταντινουπόλεως, εκεί όπου ο χρόνος κρατά μυστικά αυτοκρατόρων και πατριαρχών, υψώνεται η ιστορική Μονή της Παμμακαρίστου. Η ιστορία της μονής ξεκινά τον ενδέκατο αιώνα, όταν ο Μέγας Δομέστικος και Κουροπαλάτης Ιωάννης Κομνηνός έχτισε επάνω στον λόφο αυτό ένα ανδρικό μοναστήρι αφιερωμένο στην Παναγία. Βρίσκεται πολύ κοντά στο σημερινό Οικουμενικό Πατριαρχείο και δίπλα σχεδόν από την Πατριαρχική Μεγάλη του Γένους Σχολή.

Το χίλια διακόσια ενενήντα έξι ο πρωτοστράτωρ Μιχαήλ Ταρχανιώτης, εξ αγχιστείας ανιψιός του Μιχαήλ του Όγδοου Παλαιολόγου, πρόσθεσε στο Καθολικό της μονής ένα βόρειο κλίτος μαζί με Νάρθηκα. Το χίλια τριακόσια δεκαπέντε η Μαρία, σύζυγος του Ταρχανιώτη, η οποία έγινε μοναχή με το όνομα Μάρθα, έχτισε ένα παρεκκλήσιο δίπλα στον ναό για ταφή του συζύγου της. Η τελευταία προσθήκη στον ναό έγινε επί Αυτοκράτορος Ανδρονίκου του Τρίτου του Παλαιολόγου, που βασίλευσε από το χίλια τριακόσια είκοσι έξι έως το χίλια τριακόσια σαράντα ένα.

Εκεί χτίστηκε ένας ακόμη Νάρθηκας και εναποτέθηκαν τα οστά του αυτοκράτορος Αλεξίου του Πρώτου του Κομνηνού και αργότερα της κόρης του Άννης. Η μονή της Παμμακαρίστου ιδρύθηκε αρχικά ως ανδρικό μοναστήρι μεγάλης ακτινοβολίας. Το χίλια τετρακόσια η Μονή της Παμμακαρίστου μετατράπηκε σε γυναικείο μοναστήρι και με αυτή τη μορφή τη βρήκε η Άλωση της Πόλεως. Η οδυνηρή Άλωση συντελέστηκε το χίλια τετρακόσια πενήντα τρία και άλλαξε δραστικά τη μοίρα της Ρωμιοσύνης.

Στη Μονή της Παμμακαρίστου μεταφέρθηκε η έδρα του Οικουμενικού Πατριαρχείου από τον Πατριάρχη Γεννάδιο Σχολάριο, μετά την έδρα στον Ναό των Αγίων Αποστόλων. Οι μοναχές που ζούσαν εκεί μεταφέρθηκαν στο Μοναστήρι του Τρούλλου, ώστε ο χώρος να φιλοξενήσει την Πατριαρχική έδρα. Το Καθολικό της μονής ήταν πλούσιο σε διάκοσμο και κυρίως σε εξαίρετα ψηφιδωτά υψηλής βυζαντινής τέχνης. Σήμερα σώζονται ελάχιστα μόνο από αυτά και βρίσκονται μέσα στο Παρεκκλήσι του ναού.

Σώζεται η εικόνα του Παντοκράτορος μαζί με προφήτες όρθιους, η Δέηση, η Βάπτιση του Κυρίου και ένα τμήμα της προσκύνησης των Μάγων. Διακρίνονται επίσης αρκετοί άγιοι που φέρουν το όνομα Γρηγόριος, εικονισμένοι με ιδιαίτερη πνευματική έκφραση. Ο Ιστορικός της Αλώσεως Μιχαήλ Κριτόβουλος διέσωσε στο χρονικό του τη συνάντηση του Πατριάρχου Γενναδίου με τον Σουλτάνο Μωάμεθ τον Δεύτερο τον Πορθητή. Η συνάντηση αυτή έγινε στην Παμμακάριστο και αποτέλεσε σταθμό για τις σχέσεις του Πατριαρχείου με την Υψηλή Πύλη.

Ο Σουλτάνος Μωάμεθ ο Δεύτερος, το χίλια τετρακόσια πενήντα πέντε, περνώντας έφιππος από την Παμμακάριστο ρώτησε να μάθει τι κτίριο ήταν αυτό. Όταν του είπαν ότι είναι το Πατριαρχείο, ξεπέζεψε αμέσως και προχώρησε με σεβασμό προς την Εκκλησία. Εκεί ο Πατριάρχης Γεννάδιος μαθαίνοντας για την επίσκεψη του Σουλτάνου, συναντήθηκε μαζί του στο παρεκκλήσι με κατάνυξη και θάρρος. Ο Σουλτάνος ρώτησε δια ερμηνέως τον Πατριάρχη πολλά για την πίστη και τα δόγματα των χριστιανών.

Του έδωσε επίσημη άδεια και όρκο να μιλήσει ελεύθερα και να διαλεχθεί χωρίς κανέναν φόβο τιμωρίας. Ο Πατριάρχης Γεννάδιος του εξήγησε με σαφήνεια τα μυστήρια της πίστεως και τα θεμελιώδη της Εκκλησίας. Ο Μωάμεθ τον αποδέχθηκε με ευλάβεια, τον αγάπησε και τον είχε από τότε σεβάσμιο και αξιοτίμητο. Έπαψε μάλιστα την κακία που είχε προηγουμένως κατά του γένους των Γραικών, όπως μαρτυρεί ο Κριτόβουλος. Καυχιόταν σε πολλούς ότι του φάνηκε σπουδαίος και σοφός ο Πατριάρχης και έτοιμος να αποκρίνεται αξιοπρεπώς.

Παρά τη συνάντηση αυτή, η Μονή της Παμμακαρίστου δεν παρέμεινε για πάντα η έδρα του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Το χίλια πεντακόσια ογδόντα επτά επί Σουλτάνου Μουράτ του Τρίτου η μονή μετατράπηκε σε τζαμί. Ο Σουλτάνος Μουράτ ο Τρίτος γύρισε νικητής ύστερα από έναν πόλεμο στο Αζερμπαϊτζάν και αποφάσισε να μετατρέψει τη μονή. Απέστειλε εντολή στο Πατριαρχείο και εξέβαλε τους κληρικούς και μοναχούς που βρίσκονταν εκεί. Ο Αρχιδιάκονος του Πατριαρχείου Νικηφόρος εγκατέστησε το Πατριαρχείο στον Ναό της Παναγίας της Παραμυθίας.

Πατριαρχικός Οίκος έγιναν τότε τα οσπίτια των Βλάχων, δηλαδή των Ηγεμόνων της Μολδαβίας και της Βλαχίας. Ο Νικηφόρος γλίτωσε με κόπο τα βιβλία, τις εικόνες, τα λείψανα και άλλα ιερά κειμήλια. Τα ιερά κειμήλια της Παμμακαρίστου ακολούθησαν την πορεία της Μεγάλης Εκκλησίας στην Κωνσταντινούπολη. Σήμερα η ψηφιδωτή εικόνα της Παναγίας της Παμμακαρίστου, μαζί με την εικόνα του Τιμίου Προδρόμου, βρίσκεται στον Πατριαρχικό Ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι.

Η ιστορική εικόνα της Παμμακαρίστου περιγράφηκε από τον Στέφανο Γκερλάχ, που επισκέφθηκε το Πατριαρχείο το χίλια πεντακόσια εβδομήντα οκτώ. Ο Πατριάρχης Γρηγόριος ο Πέμπτος, το χίλια επτακόσια ενενήντα οκτώ, μετέτρεψε το νότιο κλίτος του Πατριαρχικού Ναού σε παρεκκλήσιο για χάρη της εικόνας. Η Παναγία εικονίζεται κατά τον τύπο της Οδηγήτριας, με σκούρο μαφόριο, χρυσές παρυφές και άστρα στην κεφαλή. Με τη δεξιά της χείρα δείχνει τον Υιό της που τον κρατά εξ' ευωνύμων. Ταις πρεσβείαις της Υπεραγίας Δεσποίνης ημών Θεοτόκου της Παμμακαρίστου, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.