Συνέλευσις θεοκίνητη τῶν θεοφόρων πατέρων συνεκρότησε τὴν πέμπτη Οἰκουμενικὴ Σύνοδο τῆς Ἐκκλησίας, ποὺ συνῆλθε στὴ βασιλεύουσα πόλη τῆς Κωνσταντινουπόλεως. Ἑκατὸν ἑξήντα πέντε ἅγιοι ἐπίσκοποι συνῆλθαν γιὰ νὰ ἐξετάσουν τὴν ὀρθοδοξία τῶν τριῶν κεκοιμημένων ἐπισκόπων, ποὺ εἶχαν ἐκφράσει νεστοριανίζουσες θεολογικὲς ἀπόψεις στὰ συγγράμματά τους. Πρόκειται γιὰ τὸν Θεόδωρο τῆς Μοψουεστίας, τὸν Θεοδώρητο τῆς Κύρου καὶ τὸν Ἴβα τῆς Ἐδέσσης, οἱ ὁποῖοι ἀνῆκαν στὴν ἀντιοχειανὴ θεολογικὴ σχολή. Ἡ Σύνοδος συγκλήθηκε στὰ χρόνια τοῦ ἁγίου αὐτοκράτορος Ἰουστινιανοῦ τοῦ μεγάλου, ποὺ βασίλευσε ἀπὸ τὸ ἔτος πεντακόσια εἴκοσι ἑπτὰ ἕως τὸ πεντακόσια ἑξήντα πέντε.

Συνῆλθε στὴ βασιλεύουσα πόλη τὸ ἔτος πεντακόσια πενῆντα τρία, μετὰ τὴ Σύνοδο τῆς Χαλκηδόνος ποὺ εἶχε καταδικάσει τὴ μονοφυσιτικὴ αἵρεση. Οἱ θεολογικὲς ἀπόψεις τῶν τριῶν προαναφερθέντων ἐπισκόπων δὲν εἶχαν καταδικαστεῖ στὴν τετάρτη Οἰκουμενικὴ Σύνοδο τῆς Χαλκηδόνος. Οἱ ἐχθρικοὶ μονοφυσῖτες λοιπὸν κατηγόρησαν ἀδίκως τοὺς ὀρθοδόξους ὅτι συμπαθοῦσαν τὶς νεστοριανίζουσες ἀπόψεις τῶν Τριῶν Κεφαλαίων. Ὁ ἅγιος αὐτοκράτορας Ἰουστινιανός, θέλοντας νὰ ἀφαιρέσει αὐτὴ τὴν δυνατότητα κατηγορίας ἀπὸ τοὺς μονοφυσῖτες ἐχθρούς, ἐξέδωσε αὐτοκρατορικὸ διάταγμα.

Στὸ αὐτοκρατορικὸ αὐτὸ διάταγμα καταδικάστηκαν ἐπισήμως τὰ καλούμενα Τρία Κεφάλαια, δηλαδὴ τὰ συγκεκριμένα συγγράμματα τῶν τριῶν προαναφερθέντων ἐπισκόπων. Ὅμως, ἐπειδὴ τὸ διάταγμα ἐκδόθηκε μὲ αὐτοκρατορικὴ μόνο πρωτοβουλία, δὲν ἔγινε ἀποδεκτὸ ἀπὸ ὅλους τοὺς ἐκπροσώπους τῆς Ἐκκλησίας. Ἰδιαίτερα στὴ Δύση καὶ στὴν βόρειο Ἀφρικὴ ξέσπασε σπουδαία ἐκκλησιαστικὴ διαμάχη γιὰ τὰ προαναφερθέντα Τρία Κεφάλαια. Γιὰ τὸν λόγο αὐτὸν συγκλήθηκε ἡ πέμπτη Οἰκουμενικὴ Σύνοδος ἀπὸ τὸν εὐσεβέστατο αὐτοκράτορα ἅγιο Ἰουστινιανὸ τὸν μέγα.

Στὶς ἐργασίες τῆς ἁγίας Συνόδου συμμετεῖχαν συνολικὰ ἑκατὸν ἑξήντα πέντε ἀρχιερεῖς ἀπὸ ὅλες τὶς γωνιὲς τῆς ὀρθοδόξου ἐκκλησιαστικῆς οἰκουμένης. Ὁ πάπας Ρώμης Βιγίλιος, ποὺ βρισκόταν στὴν Κωνσταντινούπολη, ἀρνήθηκε νὰ συμμετάσχει στὶς συνοδικὲς ἐργασίες παρὰ τὶς ἐπίμονες προσκλήσεις. Παρότι κλήθηκε ἐπίσημα τρεῖς φορὲς ἀπὸ τοὺς ἀντιπροσώπους τῶν συνελθόντων ἐπισκόπων καὶ ἀπὸ τὸν ἴδιο τὸν αὐτοκράτορα, παρέμεινε ἀπών. Ἡ μεγάλη Σύνοδος ἄνοιξε τὶς ἐργασίες της ἐπισήμως μὲ προεδρεύοντα τὸν ἅγιο Εὐτύχιο, τὸν πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως.

Σύμφωνα μὲ τὸ αὐτοκρατορικὸ διάταγμα, τὸ θέμα τῶν Τριῶν Κεφαλαίων ἐξετάστηκε προσεκτικὰ σὲ ὀκτὼ ἐκτενεῖς ἱερὲς συνεδριάσεις. Οἱ συνεδριάσεις διεξήχθησαν ἀπὸ τὶς πέντε Μαΐου ἕως τὶς δύο Ἰουνίου τοῦ ἔτους πεντακόσια πενῆντα τρία. Ἡ ἁγία Σύνοδος ἐξεφώνησε τὸ ἀνάθεμα κατὰ τοῦ προσώπου καὶ τῶν αἱρετικῶν διδασκαλιῶν τοῦ Θεοδώρου Μοψουεστίας. Στὶς περιπτώσεις τοῦ Θεοδωρήτου καὶ τοῦ Ἴβα, οἱ καταδίκες περιορίστηκαν μόνο σὲ ὁρισμένα ἀπὸ τὰ συγγράμματά τους.

Οἱ ἴδιοι εἶχαν δικαιωθεῖ προηγουμένως ἀπὸ τὴ Σύνοδο τῆς Χαλκηδόνος ἐξαιτίας τῆς εἰλικρινοῦς μετανοίας ποὺ εἶχαν ἐπιδείξει. Ἔτσι οἱ δύο τους γλίτωσαν ἀπὸ τὸ ἀνάθεμα, ἂν καὶ ὁρισμένα ἀπὸ τὰ ἔργα τους κρίθηκαν ὅτι περιεῖχαν ἀνορθόδοξες θεολογικὲς ἐκφράσεις. Τὰ ἔργα αὐτὰ χρησιμοποιοῦνταν ἀπὸ τοὺς νεστοριανούς, οἱ ὁποῖοι ἑρμήνευαν τοὺς θεολογικοὺς ὅρους τῆς Χαλκηδόνος γιὰ τοὺς δικούς τους σκοπούς. Ἡ ἐπιείκεια αὐτὴ τῶν πατέρων στὰ πρόσωπα τῶν δύο ἐπισκόπων Θεοδωρήτου καὶ Ἴβα ἐξαγρίωσε ἀντιθέτως τοὺς μονοφυσῖτες ἐχθροὺς τοῦ ὀρθοδόξου δόγματος.

Ὁ αὐτοκράτορας ἁγίος Ἰουστινιανὸς ἔδωσε τὴν ἐντολὴ νὰ δημοσιευθοῦν οἱ συνοδικὲς ἀποφάσεις μαζὶ μὲ διάταγμα ἀφορισμοῦ τοῦ πάπα Ρώμης Βιγιλίου. Ὁ ἴδιος ὁ πάπας Βιγίλιος κατηγορήθηκε τότε ὅτι σκεφτόταν ὁμόψυχα μὲ τοὺς αἱρετικοὺς ἐχθροὺς τῆς ἀληθοῦς ὀρθοδοξίας. Ἀργότερα ὅμως ὁ πάπας μετάνιωσε καὶ συμφώνησε μὲ τὴν φωνὴ τῶν θεοφόρων πατέρων τῆς πέμπτης Οἰκουμενικῆς Συνόδου. Ὑπέγραψε ἐπίσημα τὸν συνοδικὸ ὅρο τῆς Συνόδου, ἑνωμένος πλέον μὲ τὴν ὀρθόδοξη πίστη τῆς ἀληθοῦς Ἐκκλησίας.

Ὅμως οἱ ἐπίσκοποι τῆς Ἰστρίας καὶ τῆς εὐρύτερης μητροπόλεως τῆς Ἀκιλείας παρέμειναν σὲ σχίσμα γιὰ περισσότερο ἀπὸ ἕναν αἰῶνα. Στὴ Σύνοδο οἱ ἅγιοι πατέρες ἐξέτασαν ἐπίσης τὰ θεολογικὰ σφάλματα τοῦ πρεσβυτέρου Ὠριγένους, τοῦ φημισμένου ἐκκλησιαστικοῦ διδασκάλου τοῦ τρίτου χριστιανικοῦ αἰῶνος. Ἡ διδασκαλία τοῦ Ὠριγένους γιὰ τὴν προΰπαρξη τῆς ἀνθρωπίνης λογικῆς ψυχῆς καταδικάστηκε ὁλοκληρωτικὰ ἀπὸ τὴν Σύνοδο. Ἐπίσης καταδικάστηκαν καὶ ἄλλοι αἱρετικοί, οἱ ὁποῖοι δὲν ἀποδέχονταν τὴν παγκόσμια ἀνάσταση τῶν νεκρῶν στὴν δευτέρα Παρουσία τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ.

Εὐαρέστησε ὁ Κύριος καὶ τὸ Ἅγιο Πνεῦμα ἐνέπνευσε τοὺς ἁγίους πατέρες σὲ μία περαιτέρω ὀρθόδοξη διασάφηση τοῦ δόγματος. Ἡ Σύνοδος διαφύλαξε τὴν ἀκεραιότητα καὶ τὴν ἀξιοπρέπεια τῆς θεϊκῆς καὶ τῆς ἀνθρωπίνης φύσεως μέσα στὸ μυστήριο τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ. Ἀπόκρουσε ταυτόχρονα τὰ θεολογικὰ σφάλματα τῶν νεστοριανῶν καὶ τῶν μονοφυσιτῶν, ποὺ θόλωναν τὴν εἰκόνα τῆς ἀληθινῆς ὀρθοδόξου πίστεως. Ταῖς πρεσβείαις τῶν ἁγίων ἑκατὸν ἑξήντα πέντε πατέρων τῆς Πέμπτης Συνόδου, Χριστὲ ὁ Θεός, ἐλέησον καὶ σῶσον ἡμᾶς, ἀμήν.