Σε δύσκολους καιρούς διαιρέσεως της Εκκλησίας ένας λόγιος πατριάρχης ανέλαβε την προεδρία της Κωνσταντινουπόλεως ζητώντας ειρήνη και ενότητα. Ο άγιος Ιωάννης ο ένατος της σειράς πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως αναδείχθηκε λόγιος και σοφός ιεράρχης της ορθοδόξου Εκκλησίας. Έφερε το προσωνύμιο Ιερομνήμων ή Αγαπητός λόγω της αξιοζήλευτης διακονίας που πρόσφερε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο της παλαιάς Πόλεως. Πριν την επίσημη εκλογή του στον πατριαρχικό θρόνο κατείχε το αξίωμα του Ιερομνήμονος του Οικουμενικού Πατριαρχείου με ακρίβεια.

Διακρίθηκε από νωρίς για τη βαθιά πατερική παιδεία του και για την ευσέβεια προς τον Σωτήρα Χριστόν. Μελέτησε επιμελώς τα δόγματα της ορθοδόξου πίστεως και τους ιερούς κανόνες των οικουμενικών Συνόδων και των πατέρων. Η επίσημη εκλογή του στον υψηλό πατριαρχικό θρόνο έγινε σε δύσκολους χρόνους εκκλησιαστικών συγκρούσεων και δογματικών αντιπαραθέσεων. Κατά την περίοδο της πατριαρχίας του έγιναν αξιόλογες προσπάθειες για τη θεραπεία του οδυνηρού Σχίσματος μεταξύ Ορθοδόξου και Δυτικής Εκκλησίας.

Έγιναν επίσης σημαντικές διπλωματικές συζητήσεις για την προσέγγιση των δύο μεγάλων Εκκλησιών μέσω επιστολών και πρεσβειών. Δυστυχώς οι ευγενείς αυτές προσπάθειες δεν απέδωσαν τους ελπιζόμενους καρπούς εξαιτίας των πολλαπλών εκκλησιολογικών διαφορών της εποχής. Ο πατριάρχης άγιος Ιωάννης συνεκάλεσε επίσης ιερά τοπική Σύνοδο, η οποία ανέλαβε σπουδαίο δογματικό εκκλησιαστικό έργο πανορθοδόξου σημασίας. Η Σύνοδος καταδίκασε επισήμως τις αιρετικές δογματικές παρεκκλίσεις του Νικαίας Ευστρατίου, ο οποίος έκλινε προς τη νεστοριανική αίρεση.

Διά πρεσβειών του αγίου Ιωάννου του Ιερομνήμονος, Χριστέ ο Θεός ημών, ελέησον και σώσον ημάς τους αμαρτωλούς δούλους Σου.