Στα δύσκολα χρόνια της φραγκικής λαίλαπας ένας λόγιος μητροπολίτης υπερασπίστηκε γενναία την ένδοξη πόλη της Αθήνας. Ο Άγιος Μιχαήλ ο Χωνιάτης υπήρξε ο τελευταίος ορθόδοξος μητροπολίτης Αθηνών, λίγο πριν από την σκληρή φραγκική κατάκτηση της πόλεως. Ποίμανε την Εκκλησία των Αθηνών για περίπου είκοσι δύο ολόκληρα χρόνια, στα τέλη του δωδέκατου και τις αρχές του δεκάτου τρίτου αιώνος. Ο λόγιος μητροπολίτης ήταν αδελφός του ονομαστού ιστορικού Νικήτα Χωνιάτη, και αυτός λάτρης του ένδοξου παρελθόντος της αρχαίας Αθήνας.

Υπερασπίστηκε την ιερή πόλη όχι μόνο από τους εξωτερικούς εχθρούς και τις σκληρές πολιορκίες, αλλά και από την ασυδοσία των κρατικών υπαλλήλων. Οι πολλές επιστολές του Αγίου αποτελούν πλούσια πηγή πληροφοριών για την Αττική του τέλους του δωδεκάτου αιώνος μετά Χριστόν. Στις επιστολές αυτές διακρίνει κανείς συχνά μια επιθετική διάθεση προς την Αθήνα και τους ντόπιους κατοίκους της. Με προσεκτικότερη ματιά όμως εύκολα διαπιστώνεται μια ουσιαστική και βαθιά αγάπη του Αγίου τόσο στην πόλη όσο και στον λαό της.

Έγραψε με ιεραρχικό ζήλο και ποιμαντική στοργή για την προστασία των πιστών χριστιανών της Αττικής γης. Έδειξε εντονότατο ενδιαφέρον για τη βελτίωση της καθημερινής ζωής τους μέσα στα δύσκολα χρόνια του Βυζαντίου. Φάνηκε άξιος ποιμένας και πατριάρχης της εκκλησιαστικής παραδόσεως, σε εποχή ταραγμένη και επικίνδυνη για την Ορθοδοξία. Στα τέλη του ταραγμένου δωδέκατου αιώνος υπερασπίστηκε με μεγάλη επιτυχία την πόλη που κινδύνευσε από τον πελοποννήσιο γαιοκτήμονα Λέοντα Σγουρό.

Λίγο αργότερα στις αρχές του δεκάτου τρίτου αιώνος, αμέσως μετά τη φραγκική κατάκτηση, ο Άγιος αυτοεξορίστηκε στο νησί της Κέας. Ακόμη και από εκεί δεν σταμάτησε να υπερασπίζεται και να προστατεύει το ευσεβές ορθόδοξο ποίμνιό του. Έγραφε διαρκώς επιστολές, παρακαλούσε τους πιστούς και προσευχόταν για τη σωτηρία της Αθήνας από τους Λατίνους. Αργότερα μετέβη ταπεινά στη Μονή του Αγίου Ιωάννου Προδρόμου κοντά στις ιστορικές Θερμοπύλες της Στερεάς Ελλάδος.

Στη μονή αυτή έζησε τα τελευταία ησυχαστικά χρόνια του βίου του, ασκητικά και προσευχητικά μέσα στην ιερή κατάνυξη. Εκοιμήθη ειρηνικά εν Κυρίω στη Μονή των Θερμοπυλών, παραδίδοντας την μακαρία ψυχή του στον φιλάνθρωπο Σωτήρα. Την Ακολουθία του Αγίου έγραψε ο Μέγας Υμνογράφος της Εκκλησίας των Αλεξανδρέων, ο πατήρ Χαραλάμπης Μπούσιας. Επίσης η αγία μνήμη του αναφέρεται μαζί με αυτή του Αγίου Ανδρέα Κρήτης, στον Βατοπεδινό Κώδικα με κοινή Ακολουθία.

Ο Άγιος Μιχαήλ άφησε υπόδειγμα ποιμένα που αγαπά τον λαό του και θυσιάζεται για την προστασία της Ορθοδοξίας. Διετήρησε σταθερά την παράδοση του ορθοδόξου επισκοπικού αξιώματος μέσα στα δύσκολα χρόνια της Λατινοκρατίας στην Ελλάδα. Πρεσβείαις του Αγίου ιεράρχου Μιχαήλ του Χωνιάτου, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, Αμήν.