Όταν ο Μητροπολίτης Φώτιος μπήκε στο φούρνο της μονής Σιμόνωφ, αντίκρισε έναν νεαρό μοναχό να κοιμάται εξαντλημένος, με τα δάχτυλα του δεξιού του χεριού σχηματισμένα σε στάση ευλογίας. Εκείνη τη στιγμή προφήτευσε πως ο κοιμισμένος εκείνος μοναχός θα γινόταν μεγάλος ιεράρχης της Ρωσικής Εκκλησίας. Ο Άγιος Ιωνάς γεννήθηκε στην πόλη Γκάλιτς της Ρωσίας, μέσα σε μια ευσεβή χριστιανική οικογένεια, και ο πατέρας του ονομαζόταν Θεόδωρος. Από μικρή ηλικία έδειξε έντονη κλίση προς τη μοναχική ζωή και επιθυμία αφιέρωσης στον Χριστό.

Σε ηλικία μόλις δώδεκα ετών έλαβε το μοναχικό σχήμα σε ένα από τα μοναστήρια της γενέτειράς του. Αργότερα μετέβη στην ξακουστή μονή Σιμόνωφ της Μόσχας, όπου παρέμεινε για πολλά χρόνια εκπληρώνοντας με ταπείνωση τα διάφορα διακονήματα που του ανέθεταν. Εκεί καλλιέργησε την προσευχή, την υπακοή και την άσκηση, καθώς ζούσε με αδιάκοπη μνήμη Θεού και αυστηρή τήρηση του μοναχικού κανόνα. Η εργατικότητά του ήταν παροιμιώδης, και πολλές φορές αποκοιμιόταν από την κούραση μέσα στα ίδια του τα διακονήματα.

Η προφητεία του Φωτίου δεν άργησε να αρχίσει να εκπληρώνεται μέσα στο πέρασμα των χρόνων. Λίγα χρόνια μετά την προφητική ευλογία του Μητροπολίτη Φωτίου, ο Ιωνάς χειροτονήθηκε επίσκοπος Ριαζάν και Μουρόμ, αναλαμβάνοντας μεγάλες ποιμαντικές ευθύνες. Όταν ο Άγιος Φώτιος εκοιμήθη το έτος χίλια τετρακόσια τριάντα ένα, η Εκκλησία της Ρωσίας έχασε έναν στύλο και έναν αληθινό προστάτη της. Πέντε χρόνια αργότερα, οι ιεράρχες ξεχώρισαν τον Ιωνά για την ενάρετη και άγια ζωή του και τον εξέλεξαν Μητροπολίτη πασών των Ρωσιών.

Λίγο πριν φτάσει όμως εκεί, είχε ήδη τοποθετηθεί στον θρόνο της Μόσχας ο Ισίδωρος, βουλγαρικής καταγωγής, με σκοτεινές προθέσεις απέναντι στην Ορθοδοξία. Εκείνος έμεινε ελάχιστα στο Κίεβο και στη Μόσχα και ξεκίνησε αμέσως για τη σύνοδο της Φλωρεντίας. Εκεί ασπάστηκε ανοιχτά τον παπισμό, προδίδοντας την πίστη του ρωσικού λαού και την παράδοση των Πατέρων. Η ενέργεια αυτή προκάλεσε βαθύτατη αναστάτωση και πικρή θλίψη σε ολόκληρη τη Ρωσική Εκκλησία και τους πιστούς της.

Όταν ο Ισίδωρος επέστρεψε στη Μόσχα κηρύσσοντας την ένωση με τη Ρώμη, σύνοδος Ρώσων ιεραρχών και κληρικών τον καθαίρεσε αμέσως. Εκείνος αναγκάστηκε να διαφύγει κρυφά προς τη Ρώμη, όπου και πέθανε το έτος χίλια τετρακόσια εξήντα δύο. Τότε ο Άγιος Ιωνάς εκλέχθηκε ομόφωνα Μητροπολίτης πασών των Ρωσιών από τους ιεράρχες της χώρας. Η χειροτονία του έγινε στη Μόσχα από Ρώσους ιεράρχες, με την ευλογία του Πατριάρχη Γρηγορίου του Τρίτου της Κωνσταντινουπόλεως.

Ήταν η πρώτη φορά που Ρώσοι επίσκοποι χειροτονούσαν μόνοι τους τον δικό τους Μητροπολίτη, χωρίς άμεση πατριαρχική παρουσία. Ο Άγιος Ιωνάς ανέλαβε τα καθήκοντά του στις δεκαπέντε Δεκεμβρίου του έτους χίλια τετρακόσια σαράντα οκτώ, με ζήλο και αυταπάρνηση. Οδήγησε το ποίμνιό του στην αρετή και την ευσέβεια, διαδίδοντας την Ορθόδοξη πίστη με τον λόγο και με το παράδειγμα της ζωής του. Παρά το υψηλό αξίωμα και τις αυξημένες υποχρεώσεις του, συνέχισε όπως πάντοτε τους αυστηρούς μοναχικούς του αγώνες.

Νηστεία, αγρυπνία και προσευχή παρέμεναν για εκείνον η αναπνοή της ψυχής του. Το έτος χίλια τετρακόσια πενήντα ένα οι Τάταροι επιτέθηκαν ξαφνικά εναντίον της Μόσχας, καίγοντας τη γύρω περιοχή και ετοιμάζοντας έφοδο στην πόλη. Ο Μητροπολίτης Ιωνάς οδήγησε λιτανεία πάνω στα τείχη, ικετεύοντας με δάκρυα τον Θεό να σώσει την πόλη και τους κατοίκους της. Όταν είδε τον ετοιμοθάνατο μοναχό Αντώνιο της μονής Τσούντοφ, γνωστό για την ενάρετη ζωή του, τον παρακάλεσε να προσευχηθεί μαζί του.

Του είπε να ικετεύσει τον ελεήμονα Θεό και την Παναγία για τη σωτηρία της πόλης και όλων των Ορθοδόξων χριστιανών. Ο ταπεινός Αντώνιος απάντησε πως η Παναγία είχε ήδη ακούσει την προσευχή του ιεράρχη και είχε μεσιτεύσει στον Υιό της. Η πόλη και οι πιστοί θα σώζονταν με τις προσευχές του, ενώ ο εχθρός θα έφευγε άπρακτος και ντροπιασμένος. Πρόσθεσε όμως πως ο Κύριος είχε ορίσει εκείνος μόνος να σκοτωθεί από τους εχθρούς εκείνη την ημέρα. Μόλις τελείωσε αυτά τα προφητικά λόγια, ένα εχθρικό βέλος τον βρήκε καίρια και τον σκότωσε.

Η προφητεία εκείνη του γέροντα Αντωνίου ειπώθηκε στις δύο Ιουλίου, την ημέρα της εορτής της Καταθέσεως της Τιμίας Εσθήτος της Θεοτόκου. Σύγχυση και τρόμος έπεσαν αμέσως στο στρατόπεδο των Τατάρων, οι οποίοι τράπηκαν σε φυγή με μεγάλο φόβο. Σε ανάμνηση της θαυμαστής αυτής σωτηρίας, ο Άγιος Ιωνάς έχτισε στην αυλή του ναό προς τιμήν της Καταθέσεως της Τιμίας Εσθήτος. Ο ίδιος συνέχισε να ποιμαίνει με αγάπη και αφοσίωση το ποίμνιό του, μέχρι την οσιακή κοίμησή του το έτος χίλια τετρακόσια εξήντα ένα.

Από τον τάφο του άρχισαν αμέσως να αναβλύζουν θαυμαστές ιάσεις και ποικίλες θεραπείες για όσους προσέτρεχαν εκεί με πίστη. Το έτος χίλια τετρακόσια εβδομήντα δύο τα άφθαρτα λείψανά του ανακομίστηκαν και τοποθετήθηκαν στον καθεδρικό ναό της Κοιμήσεως, μέσα στο Κρεμλίνο. Σύνοδος της Ρωσικής Εκκλησίας το έτος χίλια πεντακόσια σαράντα επτά καθιέρωσε επίσημα τη μνήμη του ως αγίου. Αργότερα, το έτος χίλια πεντακόσια ενενήντα έξι, ο Πατριάρχης Ιώβ τον συμπεριέλαβε στη σύναξη των αγίων ιεραρχών της Μόσχας.