Άρπαξε από τα χαλινάρια το άλογο του αυτοκράτορα Ουάλη και του προφήτευσε ξεκάθαρα ότι θα καεί ζωντανός μέσα σε αχυρώνα. Τρεις λαμπροί άγγελοι με ολόλευκα ενδύματα τον τράβηξαν ζωντανό μέσα από βαθύ φαράγγι γεμάτο αιχμηρά αγκάθια και θανατηφόρο βάλτο. Καταγόταν από τη Συρία και έζησε στα χρόνια του αυτοκράτορα Ουάλη, ένθερμου υποστηρικτή της φοβερής αίρεσης του Αρείου. Στην αρχή ασκήτευε σε ερημικό τόπο της Ανατολής, μιμούμενος τη ζωή του προφήτη Ηλία και ζώντας ως άγγελος επί της γης.

Όταν έμαθε για τον σκληρό διωγμό που είχαν εξαπολύσει οι αρειανοί ενάντια στους ορθοδόξους πιστούς της αυτοκρατορίας, η καρδιά του φλογίστηκε από ιερό ζήλο. Ο Ουάλης είχε διατάξει να κλείσουν οι ναοί ή να μετατραπούν σε στάβλους αλόγων, ενώ άλλους τους γκρέμισε ως τα θεμέλια. Ο διωγμός κράτησε πολύ καιρό και οι ορθόδοξοι έκλαιγαν μέρα και νύχτα, ικετεύοντας τον Κύριο να σπλαχνιστεί την Εκκλησία του και να δείξει το έλεός του. Τότε ο Όσιος εγκατέλειψε την αγαπημένη του έρημο και έφτασε στην Κωνσταντινούπολη για να στηρίξει τους διωκόμενους και να ελέγξει τους αιρετικούς.

Ο λόγος του έμοιαζε με αναμμένο κερί που φώτιζε ολόκαρδα τις σκοτεινιασμένες ψυχές των διωκομένων χριστιανών της πρωτεύουσας. Η χάρη του ουρανού αναπαυόταν φανερά πάνω στον γέροντα και η ευωδία της προσευχής του πλημμύριζε όλο τον τόπο. Εκείνη ακριβώς την κρίσιμη εποχή οι Οστρογότθοι ξεσηκώθηκαν στις όχθες του Δούναβη και απείλησαν σοβαρά την βασιλεύουσα πρωτεύουσα. Άρπαξαν αιφνιδιαστικά με τη βία ολόκληρη τη Θράκη και προχωρούσαν ακάθεκτοι προς την Κωνσταντινούπολη, σπέρνοντας παντού τρόμο και ερήμωση.

Ο Ουάλης αναγκάστηκε εσπευσμένα να συγκεντρώσει όλα τα στρατεύματά του και να βαδίσει αυτοπροσώπως εναντίον των άγριων βαρβάρων. Καθώς ο αυτοκράτορας έβγαινε από την πόλη με τους στρατιώτες του, ο Όσιος έτρεξε και του έκοψε τολμηρά τον δρόμο. Φώναξε με δυνατή φωνή να ανοίξει αμέσως τους ναούς για τους ορθοδόξους, και τότε ο Κύριος θα ευλογούσε άφθονα την εκστρατεία του. Ο αυτοκράτορας όμως τον περιφρόνησε επιδεικτικά, θεωρώντας τον απλοϊκό γέροντα της ερήμου, και συνέχισε ατάραχος τον δρόμο του.

Το επόμενο πρωί ο γενναίος γέροντας επανέλαβε την ίδια αυστηρή προειδοποίηση με ακόμη μεγαλύτερη παρρησία και τόλμη. Υποσχέθηκε ξεκάθαρα ότι, αν υπακούσει, θα γυρίσει νικητής με ειρήνη και καλή υγεία στο παλάτι του. Ο Ουάλης άρχισε να ταλαντεύεται και σκέφτηκε σοβαρά να ανοίξει τους ναούς, όμως ένας αρειανός στρατηγός τον απέτρεψε αποφασιστικά. Έδιωξε τον γέροντα με ύβρεις και ραβδισμούς και προχώρησε πιο μακριά με το στράτευμα του χωρίς ντροπή.

Όμως ο Ισαάκιος δεν λύγισε ούτε στιγμή από τους ξυλοδαρμούς και αποφάσισε να επιμείνει στη φωνή της αλήθειας. Την τρίτη ημέρα ο επίμονος γέροντας ξανασυνάντησε τον αυτοκράτορα και έπιασε δυνατά τα χαλινάρια του αλόγου του. Παρακαλούσε με δάκρυα και απείλησε ανοιχτά με την δίκαιη κρίση του Θεού αν δεν ανοίξουν αμέσως οι ναοί στους ορθοδόξους πιστούς. Δίπλα στον δρόμο υπήρχε ένα βαθύ φαράγγι με πυκνά αγκάθια και επικίνδυνο βάλτο που κατάπινε αμέσως κάθε ζώο που έπεφτε μέσα.

Ο εξοργισμένος Ουάλης διέταξε αμέσως τους στρατιώτες του να ρίξουν τον γέροντα στον σκοτεινό βυθό του και να συνεχίσουν ανενόχλητοι την πορεία τους. Όμως η παντοδύναμη δεξιά του Θεού σκέπασε προστατευτικά τον δούλο του και δεν τον άφησε να πάθει ούτε το παραμικρό από τις αιχμές. Ο Ισαάκιος ξάπλωσε ανάμεσα στα αγκάθια σαν επάνω σε μαλακό κρεβάτι, δοξολογώντας ακατάπαυστα τον Σωτήρα του με ψαλμούς. Τότε ξαφνικά εμφανίστηκαν τρεις άντρες με ολόλευκα φωτεινά ενδύματα και τον ανέβασαν σώο και αβλαβή πάνω στο στέρεο έδαφος.

Κατάλαβε αμέσως ότι ο ίδιος ο Κύριος είχε στείλει τους αγγέλους του για να τον λυτρώσει από τον βέβαιο θάνατο. Έπεσε στα γόνατα και ευχαρίστησε ολόψυχα τον Θεό που δεν εγκαταλείπει ποτέ όσους τον φοβούνται και ελπίζουν σταθερά σε αυτόν. Προσευχήθηκε αρκετή ώρα στον στέρεο τόπο και ζήτησε δύναμη για να ολοκληρώσει την αποστολή που του είχε εμπιστευθεί ο Κύριος. Δυναμωμένος από το Άγιο Πνεύμα, ο Όσιος ακολούθησε γρήγορα έναν παρακαμπτήριο δρόμο και πρόλαβε ξανά τον αυτοκράτορα στην πορεία του.

Ο Ουάλης τρόμαξε υπερβολικά όταν τον είδε ζωντανό μπροστά του και έμεινε άφωνος από την μεγάλη έκπληξη και τον φόβο. Ο γέροντας τότε του είπε με θαυμαστή παρρησία ότι τρεις φωτεινοί άγγελοι τον είχαν τραβήξει από τον λάκκο της απώλειας. Τον προειδοποίησε αυστηρά για τελευταία φορά να ανοίξει τους ναούς και του προφήτευσε καθαρά ότι, αλλιώς, θα καεί ζωντανός μέσα σε φωτιά. Ο αυτοκράτορας θαύμασε τη λαμπρή φωτεινότητα του προσώπου του, αλλά η σκληρή του καρδιά παρέμεινε μακριά από τον αληθινό Θεό.

Παρέδωσε τον γέροντα σε δύο πιστούς αξιωματούχους του, τον Σατουρνίνο και τον Βίκτωρα, με αυστηρή εντολή να τον φυλακίσουν προσεκτικά. Στις εννέα Αυγούστου το τριακόσια εβδομήντα οκτώ, κοντά στην Αδριανούπολη, διεξήχθη μια φοβερή και αιματηρή μάχη με τους βαρβάρους. Ο αυτοκρατορικός στρατός κατατροπώθηκε ολοκληρωτικά και πολλοί άριστοι στρατηγοί έπεσαν από το ξίφος των εχθρών μέσα στη γενική σύγχυση. Ο βαριά πληγωμένος Ουάλης τράπηκε σε φυγή μαζί με τον αρειανό σύμβουλό του, αναζητώντας απελπισμένα κάποια ασφαλή κρυψώνα.

Πέρασαν σπασμένοι μέσα από καμένα χωριά, καθώς οι Γότθοι κυνηγούσαν αμείλικτα τους Ρωμαίους σαν χορτάρι του αγρού. Έφτασαν τελικά σε ένα μικρό απομονωμένο χωριό και κρύφτηκαν μέσα σε αχυρώνα γεμάτο με στεγνά άχυρα, καθώς το άλογο είχε εξαντληθεί. Οι βάρβαροι όμως τους εντόπισαν γρήγορα, έβαλαν φωτιά στο κτίσμα από όλες τις πλευρές και το έκαψαν συθέμελα μέσα σε λίγο χρόνο. Έτσι χάθηκαν με τραγικό τρόπο ο άθλιος αυτοκράτορας και ο πονηρός σύμβουλός του, ακριβώς όπως είχε προφητεύσει ο φωτισμένος γέροντας.

Πριν φτάσει η φοβερή είδηση στην πρωτεύουσα, κάποιοι στρατιώτες που γύρισαν πλησίασαν τον Όσιο μέσα στη φυλακή. Του είπαν με κακία να ετοιμαστεί για ανάκριση και σκληρά βασανιστήρια, γιατί ο αυτοκράτορας επέστρεφε σύντομα από τη μάχη. Εκείνος όμως αποκρίθηκε ήσυχα και απτόητα ότι ήδη επτά ολόκληρες ημέρες μύριζε καθαρά την οσμή των καμένων οστών του. Όλοι έμειναν εντελώς έκπληκτοι από τα λόγια του και σύντομα έφτασε η επίσημη επιβεβαίωση από τη μακρινή Αδριανούπολη.

Ο Ισαάκιος ελευθερώθηκε αμέσως από τα δεσμά και άρχισε να τιμάται από όλους ως αληθινός προφήτης του Θεού. Όταν ο Μέγας Θεοδόσιος ανέβηκε στον αυτοκρατορικό θρόνο, ο Σατουρνίνος και ο Βίκτωρ του διηγήθηκαν την παρρησία και την προφητεία του γέροντα. Ο νέος αυτοκράτορας τον κάλεσε με μεγάλη τιμή στο παλάτι και υποκλίθηκε σεβαστικά μπροστά του, ζητώντας τις ευχές του. Ακολούθησε πιστά τη σοφή συμβουλή του και έδιωξε τους αρειανούς από την πρωτεύουσα, αποκαθιστώντας την ορθόδοξη χρήση των ναών μετά από σαράντα ολόκληρα χρόνια απαγόρευσης.

Ο ταπεινός γέροντας ετοιμαζόταν να επιστρέψει στην αγαπημένη του έρημο, αλλά οι δύο πιστοί αξιωματούχοι τον παρακάλεσαν με δάκρυα να μείνει κοντά τους. Τον ικέτευσαν θερμά να αναστήσει τον μοναχικό βίο της πρωτεύουσας που είχε παραμεληθεί ολότελα κατά τα δύσκολα χρόνια του αρειανικού διωγμού. Ο Σατουρνίνος του πρόσφερε ένα ήσυχο κομμάτι γης στη Σαμαθία, κοντά στον Ξηρόλοφο, όπου ο Όσιος εγκαταστάθηκε σε ταπεινό μοναχικό κελί. Κάθε πρωί οι δύο πνευματικά τέκνα του πήγαιναν να πάρουν την ευλογία του, και πολλοί ευλαβείς χριστιανοί τον επισκέπτονταν επίσης.

Σιγά σιγά συγκεντρώθηκαν γύρω του πολλοί ζηλωτές μαθητές και έτσι έγινε σταδιακά το πρώτο οργανωμένο μοναστήρι της Κωνσταντινούπολης. Με την επιρροή του ιδρύθηκαν αργότερα και άλλες αδελφότητες πενήντα μοναχών μέσα και έξω από την πόλη. Ως ηγούμενος παραβρέθηκε στη Δεύτερη Οικουμενική Σύνοδο της Κωνσταντινούπολης το τριακόσια ογδόντα ένα και συνέβαλε καθοριστικά στην επιτυχία της. Πριν την κοίμησή του διόρισε διάδοχο τον όσιο Δαλμάτιο, από το όνομα του οποίου πήρε αργότερα η μονή το όνομά της.

Με τις ομολογιακές πρεσβείες του οσίου Ισαακίου, Κύριε, στερέωσε όλους τους πιστούς σου σε κάθε καιρό σκληρής δοκιμασίας.