Όταν άνοιξαν τους τάφους των τριών μητροπολιτών της Μόσχας μέσα στον παλιό ναό της Κοιμήσεως, οι ιερές ενδυμασίες τους βρέθηκαν εντελώς άφθαρτες μετά από δεκαετίες ταφής. Από τον τάφο του αγίου Ιωνά ξεχύθηκε τόση ευωδία, ώστε όλο το πλήθος των πιστών την αισθάνθηκε σαν θεϊκή ευλογία πάνω τους. Το γεγονός αυτό συνέβη τον Απρίλιο του έτους χίλια τετρακόσια εβδομήντα δύο, όταν ο φιλόχριστος μέγας πρίγκιπας πάσης Ρωσίας Ιωάννης ο Βασίλιεβιτς αποφάσισε να ανεγείρει νέο μεγαλοπρεπή ναό στη Μόσχα.

Επρόκειτο για τον μεγάλο καθεδρικό ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, που θα στόλιζε την καρδιά της πόλης με την παρουσία του. Ο προκαθήμενος της Εκκλησίας ήταν τότε ο μητροπολίτης Φίλιππος, άνδρας ευλαβής και αφοσιωμένος στο έργο της ανοικοδομήσεως. Οι εργάτες άρχισαν να αποσυναρμολογούν τον αρχαίο ναό, τον οποίο είχε ανεγείρει παλαιότερα ο άγιος Πέτρος ο θαυματουργός. Καθώς κατέβαζαν τα δομικά στοιχεία μέχρι το επίπεδο του δαπέδου, αποκαλύφθηκαν ξαφνικά οι τάφοι των προηγουμένων ιεραρχών της ρωσικής Εκκλησίας.

Επρόκειτο για τους τρεις μεγάλους μητροπολίτες Κυπριανό, Φώτιο και Ιωνά, που είχαν ποιμάνει με αγιότητα τον λαό. Η ανακάλυψη αυτή προκάλεσε βαθιά συγκίνηση και ιερό δέος σε όσους παρευρίσκονταν στον χώρο. Στις είκοσι οκτώ Μαΐου, μόλις άρχισε η δεύτερη ώρα της ημέρας, οι εργάτες έσκαψαν προσεκτικά γύρω από τους ιερούς τάφους των τριών αγίων ανδρών. Τότε έφθασε στον τόπο ο μητροπολίτης πάσης Ρωσίας Φίλιππος, συνοδευόμενος από τους αρχιεπισκόπους και όλο τον κλήρο της Μόσχας.

Μαζί τους ήλθε ο ευσεβής μέγας πρίγκιπας Ιωάννης ο Βασίλιεβιτς, έχοντας κοντά του τον γιο του και τη σεβαστή μητέρα του. Παρουσιάστηκαν επίσης οι αδελφοί του, οι πρίγκιπες Γεώργιος, Ανδρέας, Βόρις και ο δεύτερος Ανδρέας με πλήρη επισημότητα. Όλοι οι αξιωματούχοι της πριγκιπικής αυλής, οι πρίγκιπες και οι βογιάροι, στάθηκαν γύρω από τους τάφους με ευλάβεια. Συγκεντρώθηκε ακόμη πλήθος ορθοδόξων χριστιανών της Μόσχας, άνδρες και γυναίκες, για να τιμήσουν τους ιεράρχες.

Έψαλαν τους κατάλληλους ψαλμούς που αρμόζουν σε τέτοια ιερή και κατανυκτική στιγμή της Εκκλησίας. Πρώτος μεταφέρθηκε ο τάφος του μητροπολίτη Κυπριανού και τοποθετήθηκε στη δεξιά πλευρά του νέου ναού. Ο ιερός σκηνωματισμός έλαβε θέση μέσα σε ειδική προετοιμασμένη λάρνακα με τιμές που άρμοζαν στον άγιο ιεράρχη. Έπειτα μετέφεραν τον τάφο του μητροπολίτη Φωτίου και τον απόθεσαν στο ίδιο ιερό σημείο με ευλάβεια. Όταν άνοιξαν τις σορούς των δύο μητροπολιτών, διαπίστωσαν με θαυμασμό ότι τα ιερά άμφια και τα ωμοφόρια παρέμεναν εντελώς άφθαρτα.

Είχαν περάσει από την κοίμηση του αγίου Κυπριανού εξήντα πέντε χρόνια παρά δεκαοκτώ ημέρες, χρόνος αρκετός για να σαπίσει κάθε ύφασμα. Από την κοίμηση του αγίου Φωτίου είχαν συμπληρωθεί σαράντα ένα έτη παρά τριάντα τέσσερις ημέρες, και όμως τα ενδύματα διατηρούνταν αλώβητα. Μετά την ανακομιδή των δύο αυτών αγίων λειψάνων, ο κλήρος και ο λαός πλησίασαν τον τάφο του αγίου Ιωνά με ιερό δέος. Μόλις σήκωσαν το κάλυμμα της λάρνακας, ξεχύθηκε γύρω μία τόσο έντονη και γλυκύτατη ευωδία, που γέμισε όλον τον χώρο.

Όλοι όσοι στέκονταν εκεί κοντά αισθάνθηκαν τη θεϊκή αυτή μυρωδιά σαν ουράνια ευλογία στις ψυχές τους. Είδαν τότε ότι το ιερό σώμα του αγίου Ιωνά παρέμενε εντελώς ακέραιο, χωρίς ίχνος φθοράς. Η σάρκα είχε προσκολληθεί στα οστά και τα ιερά του άμφια διατηρούνταν άθικτα από κάθε αλλοίωση. Είχαν περάσει από την κοίμησή του ένδεκα έτη και δύο μήνες, χρόνος που κανονικά αλλοιώνει κάθε ανθρώπινο σώμα. Οι παρευρισκόμενοι σήκωσαν με βαθιά ευλάβεια τον τάφο του αγίου Ιωνά και τον τοποθέτησαν στην αριστερή πλευρά του ιερού ναού.

Ο τάφος του αγίου παρέμεινε εκεί επάνω από το έδαφος, για να μπορούν οι πιστοί να τον προσκυνούν με εύκολη πρόσβαση. Ο ευσεβής πρίγκιπας Ιωάννης και ο προκαθήμενος μητροπολίτης Φίλιππος γονάτισαν μαζί με όλο το πλήθος του λαού. Ευχαρίστησαν τον φιλάνθρωπο Θεό, ο οποίος αξίωσε τη ρωσική Εκκλησία να βρει τους θησαυρούς των αγίων ποιμένων της. Στη συνέχεια αποφάσισαν με κοινή απόφαση να καθιερωθεί επίσημη ετήσια εορτή για το θαυμαστό αυτό γεγονός. Όρισαν την εικοστή εβδόμη ημέρα του μηνός Μαΐου ως ημέρα μνήμης της ευρέσεως των τιμίων λειψάνων.

Έτσι η Εκκλησία τιμά μαζί τους τρεις μεγάλους ιεράρχες, που ποίμαναν τη Μόσχα σε διαφορετικές εποχές με αγιότητα. Ο άγιος Κυπριανός εορτάζεται επιπλέον στις δεκαέξι Σεπτεμβρίου, ημερομηνία ξεχωριστής τιμής για το πρόσωπό του. Ο άγιος Φώτιος μνημονεύεται ιδιαιτέρως στις δύο Ιουλίου, ενώ ο άγιος Ιωνάς τιμάται στις τριάντα μία Μαρτίου. Η κοινή εορτή της ανακομιδής δένει τρεις αγίους ιεράρχες σε μία λαμπρή πανήγυρη για την Εκκλησία.