Εξήντα ολόκληρα χρόνια μετά την κοίμηση του Αγίου Αλεξίου, αποκαλύφθηκε στους πιστούς της Μόσχας ένας ανεκτίμητος πνευματικός θησαυρός. Τα ιερά πολυθαύμαστα λείψανα του μεγάλου ιεράρχου βρέθηκαν εντελώς άφθαρτα μέσα στον τάφο του, ακόμη και τα ιερατικά του ενδύματα. Στις ημέρες του ευσεβούς μεγάλου πρίγκιπα Βασιλείου του Βασιλίεβιτς, αυτοκράτορος όλων των Ρωσιών, συνέβη το θαυμαστό αυτό γεγονός. Ο Άγιος Αλέξιος είχε ιδρύσει πρώτος μέσα στην ιερή του μονή ξύλινο ναό προς τιμήν του Αρχιστρατήγου Μιχαήλ.
Είχε αφιερώσει τον ναό αυτόν στη μνήμη του παλαιού θαύματος του Αρχαγγέλου στις Χώνες της Φρυγίας. Επειδή όμως ήταν ξύλινος, η στέγη του ναού πάλιωσε από τον πολύ χρόνο και κατέρρευσε ξαφνικά. Αυτό συνέβη ακριβώς κατά την τέλεση της Θείας Λειτουργίας, αλλά κατά θεία οικονομία όλοι οι πιστοί έμειναν αβλαβείς. Ο μεγάλος πρίγκιπας τότε διέταξε να ανεγερθεί νέος πέτρινος ναός μεγαλύτερος και ανθεκτικότερος για τη μονή. Όταν στο εσωτερικό του παλαιού ξύλινου ναού έσκαβαν τα θεμέλια του νέου, αποκαλύφθηκαν τα ιερά λείψανα.
Βρήκαν τα τίμια λείψανα του μεγάλου ιερομάρτυρα Αλεξίου εντελώς ακέραια, χωρίς να έχουν φθαρεί από τον χρόνο. Ακόμη και τα ιερατικά του ενδύματα ήταν εντελώς άφθαρτα και διατηρούσαν την αρχική τους μορφή και χρώματα. Σύντομα μετά από τη θαυμαστή αυτή εύρεση κτίστηκε ο νέος πέτρινος ναός προς τιμήν του Αρχιστρατήγου Μιχαήλ. Ο νέος πέτρινος ναός είχε επίσης παρεκκλήσι στη νότια πλευρά αφιερωμένο προς τιμήν του Ευαγγελισμού της Παναγίας. Ο νέος ναός είχε τρία σκαλοπάτια ψηλότερα από τη γη, αλλά ήταν μικρότερος από τον προηγούμενο ξύλινο ναό.
Ο παλαιός ξύλινος ναός ήταν μεγαλύτερος, αλλά ήταν κτισμένος μόνο σε ένα σκαλοπάτι από τη γη. Το δάπεδό του ήταν τοποθετημένο απευθείας επάνω στο χώμα, χωρίς ιδιαίτερη υπερύψωση από το γύρω έδαφος του προαυλίου. Όταν ο νέος πέτρινος ναός κοσμήθηκε κατάλληλα και εγκαινιάστηκε με τη συνηθισμένη μεγαλοπρέπεια, μετέφεραν τα τίμια λείψανα του Αγίου. Τοποθετήθηκαν τα ιερά λείψανα του Αγίου Αλεξίου στο παρεκκλήσι του Ευαγγελισμού της Παναγίας με μεγάλη ευλάβεια.
Μετά από αυτό πέρασαν πολλά χρόνια ειρηνικής τιμής του Αγίου από τους ευσεβείς πιστούς της Μόσχας. Στη διάρκεια της βασιλείας του μεγάλου πρίγκιπα Ιωάννου Βασιλίεβιτς και του προκαθημένου μητροπολίτη Γεροντίου άρχισε νέα οικοδομή. Με τις επίμονες προσπάθειες του αρχιμανδρίτη της μονής Γενναδίου άρχισε να κτίζεται νέος ναός μαζί με τράπεζα. Ο νέος αυτός ναός ήταν αφιερωμένος προς τιμήν του ιδίου του Αγίου Αλεξίου, μητροπολίτη Μόσχας και θαυματουργού.
Ο ναός όμως δεν τελείωσε τότε, διότι ο ίδιος αρχιμανδρίτης Γεννάδιος ορίστηκε αρχιεπίσκοπος του Μεγάλου Νόβγκοροντ της Ρωσίας. Ο ίδιος ο αρχιεπίσκοπος όμως φρόντισε να ολοκληρωθούν αργότερα ο ναός, η τράπεζα και άλλα νεόκτιστα κτίρια. Όταν ο ναός κοσμήθηκε δεόντως και εγκαινιάστηκε με τη συνηθισμένη μεγαλοπρέπεια, μεταφέρθηκαν τα τίμια λείψανα του Αγίου Αλεξίου. Τα μετέφεραν από το παρεκκλήσι του Ευαγγελισμού της Παναγίας στον νέο ναό που είχε κτιστεί προς τιμήν του.
Τοποθετήθηκαν δίπλα στον τοίχο, στη νότια πλευρά του νέου ναού, σε ξεχωριστή και τιμητική θέση για προσκύνηση. Το χίλια πεντακόσια τριάντα τέσσερα ο μέγας πρίγκιπας Βασίλειος Ιωαννοβίτσιος διέταξε να φτιαχθεί ασημένια λάρνακα ειδικά για τον Άγιο. Αυτή η ασημένια λάρνακα προοριζόταν για τα τίμια λείψανα του θαυματουργού Αλεξίου, μητροπολίτη Μόσχας και πασών των Ρωσιών. Στην επάνω επιφάνεια της λάρνακος έπρεπε να φτιαχθεί η εικόνα του Αγίου Αλεξίου από καθαρό άργυρο.
Διέταξε επίσης να κοσμηθεί η λάρνακα ολόκληρη με χρυσό, με πολυτίμους λίθους και με σπάνια λευκά μαργαριτάρια. Η ασημένια λάρνακα ολοκληρώθηκε όμως μετά τον θάνατο του πρίγκιπα Βασιλείου, το χίλια πεντακόσια τριάντα πέντε. Το τίμιο σώμα του Αγίου Αλεξίου τοποθετήθηκε μέσα στη λάρνακα κατά την εποχή του υιού του Ιωάννου. Η ιερή τοποθέτηση συνέβη την ημέρα της κοιμήσεως του Αγίου, στη δωδεκάτη ημέρα του μηνός Φεβρουαρίου. Συγκεκριμένα, αυτό συνέβη από Πέμπτη προς Παρασκευή της πρώτης εβδομάδος της Μεγάλης Σαρακοστής εκείνης της εκκλησιαστικής χρονιάς.
Η λάρνακα με τα ιερά λείψανα του Αγίου Αλεξίου παρέμεινε στο σημείο εκείνο για περίπου διακόσια ολόκληρα έτη. Η λάρνακα παρέμεινε στη θέση εκείνη μέχρι το χίλια εξακόσια ογδόντα έξι, όταν χρειάστηκε νέα ανακομιδή των λειψάνων. Επειδή ο ναός και η τράπεζα που είχε κτίσει ο αρχιεπίσκοπος Γεννάδιος είχαν φθαρεί από τον χρόνο, χρειάζονταν αντικατάσταση. Το χίλια εξακόσια ογδόντα τρία, με εντολή του ευσεβούς τσάρου Φεοδώρου Αλεξίεβιτς, ξεκίνησε νέα μεγαλοπρεπής οικοδομή στη μονή.
Με την ευλογία του Πατριάρχη Μόσχας Ιωακείμ και τη φροντίδα του ηγουμένου αρχιμανδρίτη Αδριανού, κτίστηκε νέα μεγάλη τράπεζα. Ο αρχιμανδρίτης Αδριανός έγινε μετέπειτα μητροπολίτης της βασιλικής πόλης Καζάν και αργότερα Πατριάρχης πασών των Ρωσιών. Η νέα τράπεζα κτίστηκε σε νέα τοποθεσία και βγήκε σχεδόν εξ ολοκλήρου εκτός των ορίων της μονής. Μόνον ένα μικρό μέρος και ο βόρειος τοίχος της εισήλθε στη μονή μαζί με δύο ιερούς ναούς. Ο πρώτος ναός ήταν αφιερωμένος προς τιμήν του Ευαγγελισμού της Παναγίας, παλαιότερα παρεκκλήσι στον ναό του Αρχιστρατήγου Μιχαήλ.
Ο δεύτερος ναός ήταν αφιερωμένος προς τιμήν του Αγίου Αλεξίου, μητροπολίτη Μόσχας και θαυματουργού της Ρωσίας. Δίπλα στους ναούς αυτούς κατασκευάστηκαν επίσης δύο μικροί προθάλαμοι ή τράπεζες για την υποδοχή των πιστών προσκυνητών. Έρχονταν εκεί οι πιστοί για να προσκυνήσουν τα θαυματουργικά λείψανα του Αγίου, να προσευχηθούν και να ακούσουν την Ακολουθία. Ανάμεσα στους δύο ναούς κτίστηκε επίσης νέος ναός προς τιμήν του Αγίου Αποστόλου Ανδρέου του Πρωτοκλήτου.
Ο ναός του Αγίου Ανδρέου εξυπηρετούσε τους μοναχούς της μονής, ώστε να ακούν τις ιερές ακολουθίες χωρίς να ενοχλούν τους εξωτερικούς προσκυνητές. Ιδιαίτερα κατά τη χειμερινή περίοδο μπορούσαν να παρακολουθούν τις ακολουθίες χωριστά από τους εξωτερικούς επισκέπτες της μονής. Στη δυτική πλευρά κτίστηκε επίσης άλλη τράπεζα για τη συνεστίαση των μοναχών μακριά από τους κοσμικούς πιστούς. Έτσι οι μοναχοί χωρίστηκαν εντελώς από τους εξωτερικούς και μπορούσαν να σκέφτονται μόνο τον φιλάνθρωπο Θεό.
Επιδίδονταν επίσης ζηλωτικά στην προσευχή, στη νηστεία και στο εργόχειρο, εκπληρώνοντας έτσι το ιδιαίτερο μοναχικό επάγγελμα. Διαμορφώθηκαν επίσης ξεχωριστές είσοδοι για τους πιστούς, μία για τους άνδρες προς τον ναό του Αγίου Αλεξίου. Άλλη ξεχωριστή είσοδος προοριζόταν αποκλειστικά για τις γυναίκες προς τον ναό του Ευαγγελισμού της υπεραγίας Θεοτόκου. Έτσι οι προσκυνητές των πολυθαύμαστων λειψάνων εισέρχονταν χωρίς να ανακατεύονται οι άνδρες με τις γυναίκες κατά τις ακολουθίες.
Όταν οι ναοί και οι τράπεζες ολοκληρώθηκαν εντελώς και κοσμήθηκαν με την πρέπουσα μεγαλοπρέπεια, ξεκίνησε η νέα ανακομιδή. Με τα χέρια των ευσεβών τσάρων Ιωάννου και Πέτρου Αλεξίεβιτς και των αξιωματικών της αυλής μεταφέρθηκαν τα λείψανα. Συνόδευσαν τη μεταφορά ο Πατριάρχης Ιωακείμ, οι επίσκοποι της Μόσχας, όλος ο κλήρος και πλήθος ευλαβούς λαού. Με θυμίαμα και αρώματα μετέφεραν τα πολυθαύμαστα λείψανα του Αγίου στις είκοσι Μαΐου του χίλια εξακόσια ογδόντα έξι. Με τις πρεσβείες του Αγίου Αλεξίου μητροπολίτου Μόσχας, αξίωσε και εμάς, Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.