Ένας Αλβανός στρατιώτης που είχε αλλάξει την πίστη του τέλειωσε τη ζωή του στα φοβερά βασανιστήρια του Ηρακλείου, ομολογώντας τέλος τον Σωτήρα Χριστό. Ο νεαρός εκείνος Αλβανικής καταγωγής στρατιώτης, ο Ιωάννης, είχε αρχικά λάβει το τουρκικό επωνύμιο «Αρναουτογιάννης» από τη φυλή του. Οι Αλβανοί στα τουρκικά ονομάζονταν «Αρναούτ», και από εκεί προήλθε το επωνύμιο του Αγίου Ιωάννη. Είχε γεννηθεί μουσουλμάνος και ζούσε αρχικά μέσα στο πνεύμα της οθωμανικής θρησκείας της εποχής εκείνης.
Άκουσε όμως κάποτε το θείο κήρυγμα του Σωτήρα Χριστού και βαπτίσθηκε χριστιανός με το νέο όνομα Ιωάννης. Βρήκε στη συνέχεια ταπεινή κατοικία στο μικρό χωριό Άγιος Ιωάννης της Φαιστού στη μεγαλόνησο Κρήτη. Ζούσε εκεί βίο ευσεβή και ευλαβικό, με μεγάλο ζήλο για την καινούργια ορθόδοξη πίστη του στον Σωτήρα. Ασκούσε το ταπεινό επάγγελμα του δραγάτη, δηλαδή του αγροφύλακα, για να εξασφαλίζει τα προς το ζην. Δούλευε με τιμιότητα σαν απλός εργάτης της γης και απολάμβανε ειλικρινή σεβασμό από τους χριστιανούς συγχωριανούς του.
Παρέμενε σταθερός και αληθινός μάρτυρας του Σωτήρα Χριστού μέσα στις δύσκολες συνθήκες της Τουρκοκρατίας στην Κρήτη. Έδινε με τη ζωή του φωτεινή μαρτυρία της αλλαγμένης καρδιάς του απέναντι στους χριστιανούς και στους Τούρκους. Πολλοί τον γνώριζαν ως άνθρωπο ευγενή και ταπεινό, ο οποίος ζούσε σύμφωνα με τις εντολές του Σωτήρα Χριστού. Κάποτε επαναστάτες Έλληνες της Κρήτης σκότωσαν δύο Τουρκόγυφτους μέσα στην ευρύτερη περιοχή του νησιού της Φαιστού.
Οι Οθωμανοί, οι οποίοι μισούσαν τον Ιωάννη επειδή απαρνήθηκε τη θρησκεία τους, βρήκαν την ευκαιρία να τον εκδικηθούν. Τον κατήγγειλαν στην τοπική κοσμική εξουσία ως φονιά των δύο Τουρκόγυφτων, με ψεύτικα στοιχεία και κατηγορίες. Επιπλέον τον κατηγόρησαν ότι, μετά την αλλαγή του θρησκεύματός του, είχε μεγάλη διάθεση εξόντωσης Μουσουλμάνων. Ο Ιωάννης συνελήφθη αμέσως και στάλθηκε στο Ηράκλειο, την πρωτεύουσα του νησιού, για επίσημη δίκη. Στο δικαστήριο του Ηρακλείου αποδείχθηκε με σαφήνεια η πλήρης αθωότητα του ταπεινού δραγάτη Ιωάννη του Αρναουτογιάννη.
Ο δικαστής όμως Ρεχίτ Εφέντης του ζήτησε ξαφνικά να αλλάξει θρησκεία ξανά και να επιστρέψει στο Ισλάμ. Σκοπός του δικαστή ήταν να φανεί ότι ο Ιωάννης δεν σκότωσε λόγω θρησκευτικής αντιπαλότητας προς τους Μουσουλμάνους. Διαφορετικά, απείλησε ο δικαστής, θα τον καταδίκαζε αμέσως σε φοβερό θάνατο με σκληρά και ανηλεή βασανιστήρια. Ο Ιωάννης τότε με μεγάλο θάρρος ομολόγησε δημόσια τον Σωτήρα Χριστό ως τον αληθινό Θεό του. Δεν δέχθηκε ποτέ να αρνηθεί την ορθόδοξη πίστη του στον φιλάνθρωπο Σωτήρα Χριστό και Λυτρωτή του.
Στάθηκε ακλόνητος μπροστά στις απειλές του δικαστή και ομολόγησε με παρρησία ότι ήταν αληθινός χριστιανός. Δήλωσε ότι θα παρέμενε αληθινός χριστιανός μέχρι την τελευταία αναπνοή της επίγειας ζωής του στον κόσμο. Για τρεις ολόκληρες ημέρες ο Άγιος Ιωάννης βασανίσθηκε ανηλεώς με φρικτά μαρτύρια από τους ίδιους τους δημίους. Μεταξύ των άλλων βασανιστηρίων, πύρωσαν στη φωτιά ένα σιδερένιο δοχείο και του το έβαλαν πάνω στο κεφάλι. Ο Άγιος Ιωάννης παρέδωσε τέλος την αγία ψυχή του στον Νυμφίο Χριστό, ομολογώντας με παρρησία την πίστη.
Μετά τον θάνατό του, ο Πασάς έδωσε διαταγή να δοθεί το σώμα του στους χριστιανούς για ταφή. Οι ευλαβείς πιστοί το πήραν και το έθαψαν στα Σπιτάλια, στην παλιά Υγειονομική Υπηρεσία του Ηρακλείου. Ο μαρτυρικός θάνατος του Ιωάννη σκόρπισε θλίψη και αγανάκτηση σε όλους τους χριστιανούς της πόλεως του Ηρακλείου. Το ημερολόγιο έδειχνε ημέρα Σάββατο, πέντε Μαΐου του χιλίου οκτακοσιοστού τεσσαρακοστού πέμπτου έτους μετά τη γέννηση του Χριστού. Ο πιστός χριστιανικός λαός εξεγέρθηκε φοβερά εναντίον της κυβερνήσεως για τον φρικτό μαρτυρικό θάνατο του Αρναουτογιάννη.
Για να ικανοποιηθεί ο λαός, εξορίστηκε ο πρόεδρος του δικαστηρίου Ρεχίτ Εφέντης από τις αρχές. Μετά από καιρό έγινε η ανακομιδή των ιερών λειψάνων του και βρέθηκαν τέλεια αγιασμένα από τη θεία χάρη. Τα πήρε ο τότε Πρόξενος της Ρωσίας και τα έστειλε στο Κίεβο, όπου φυλάσσονται μαζί με άλλα ιερά λείψανα. Με τις θείες πρεσβείες του Νεομάρτυρος Ιωάννη του Αρναουτογιάννη, αξίωσε και εμάς, Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.