Ευωδιαστό μύρο άρχισε να ρέει από τον τάφο του Οσίου Νείλου μέσα σε σπηλιά του Αγίου Όρους, και έφτανε μέχρι τη θάλασσα. Πλοία προσέρχονταν για να συλλέξουν αυτό το θαυμαστό μύρο, το οποίο χάριζε θεραπεία σε πολλούς ασθενείς ανθρώπους. Στην επιθανάτια κλίνη του ο Όσιος Νείλος παρήγγειλε στους μαθητές του να τον ενταφιάσουν σε μικρή σπηλιά κάτω από το ασκητήριό του. Απαγόρευσε αυστηρά σε οποιονδήποτε να ενοχλήσει τον τάφο του ή να ψάξει για τα τίμια λείψανά του στο μέλλον.

Ενώ ο ίδιος δεν επιδίωξε ποτέ ανθρώπινη δόξα ούτε στη ζωή του ούτε μετά τον θάνατό του, ο Κύριος τον δόξασε. Από τον τάφο του άρχισε να αναβλύζει ευωδιαστό μύρο μέσα από μικρό άνοιγμα του βράχου, και κυλούσε στη θάλασσα. Σύντομα το θαύμα διαδόθηκε ευρέως και πολλοί προσέρχονταν στο Άγιο Όρος για να πάρουν το ιερό μύρο. Το μύρο είχε ιαματικές ιδιότητες και πλήθος ανθρώπων θεραπεύτηκαν από διάφορες σωματικές ασθένειες με τη χάρη του Οσίου. Έτσι ο τάφος του ασκητή έγινε φάρος ευλογίας και προσευχής για όλους τους χριστιανούς της εποχής εκείνης.

Η φήμη του ξεπέρασε γρήγορα τα όρια της Αθωνικής χερσονήσου και έφτασε σε πολλές πόλεις της ορθοδόξου Ανατολής. Κάποτε δύο μοναχοί ήλθαν στη σπηλιά και προσπάθησαν να βρουν τα ιερά λείψανα του Οσίου Νείλου παρά τη σαφή απαγόρευση του Αγίου. Καθώς έσκαβαν με τα χέρια τους, ένας μεγάλος βράχος έπεσε από ψηλά και σύντριψε με δύναμη το πόδι του ενός μοναχού. Αδύναμος να βοηθήσει τον σύντροφό του, ο άλλος μοναχός έφυγε για να βρει ζώο και άλλο πρόσωπο που θα τον μετέφερε.

Καθώς ο τραυματίας αδελφός κειτόταν με μεγάλο πόνο, είδε ξάφνου τον Όσιο Νείλο μπροστά του. Ο Άγιος τον ρώτησε με αυστηρότητα τι είχε συμβεί και ποιες ήταν οι προθέσεις τους στη σπηλιά εκείνη του Αγίου Όρους. Ο μοναχός εξήγησε τι σχεδίαζαν και πώς τραυματίστηκε ο ίδιος από τον βράχο, ο οποίος έπεσε εξ απίνης. Ο Άγιος του είπε «πώς τόλμησες, ταλαίπωρε, να επιχειρήσεις κάτι τόσο επικίνδυνο χωρίς τη ρητή επιθυμία του Αγίου του τόπου;» Πρόσθεσε επίσης «πρόσεχε στο μέλλον να μη επιχειρήσεις έργο πέρα από τις δυνάμεις σου και χωρίς το θέλημα του Θεού».

Ο μοναχός κατάλαβε το μεγάλο σφάλμα του και την ευσπλαχνία του Αγίου, ο οποίος ευδόκησε να τον επισκεφθεί. Αναγνώρισε ότι παράκουσε την εντολή του Οσίου και πλήρωσε με τον τραυματισμό του την αλαζονεία της επιχείρησης. Ταπεινώθηκε και ζήτησε με πικρά δάκρυα συγχώρηση από τον Άγιο για τη μεγάλη του τόλμη και απερισκεψία. Ο Άγιος δέχθηκε με γαλήνη τη μετάνοιά του και του υποσχέθηκε ότι θα τον θεραπεύσει αμέσως από την πληγή. Έπειτα ο Άγιος Νείλος άγγιξε ταπεινά το πόδι του ταλαίπωρου μοναχού και τον θεράπευσε αμέσως, χωρίς ίχνος πληγής στο σώμα.

Με μεγάλη χαρά ο μοναχός ξεκίνησε να επιστρέψει στο κελί του χωρίς το παραμικρό σημάδι πληγής στο πόδι του. Στον δρόμο συνάντησε τον σύντροφό του, ο οποίος επέστρεφε πια με ένα μουλάρι για τη μεταφορά του τραυματία. Ο μοναχός που θεραπεύθηκε διηγήθηκε στον σύντροφό του πώς τον είχε θεραπεύσει ο ίδιος ο Άγιος Νείλος. Τότε και οι δύο μαζί δοξολόγησαν τον αληθινό Θεό και τον Όσιο Νείλο για το θαυμαστό αυτό σημείο. Έπειτα από αυτό κανείς πια δεν τόλμησε να ενοχλήσει τα ιερά λείψανα του Οσίου Νείλου του Μυροβλήτη.

Το χίλια οκτακόσια δεκαπέντε, ένας μοναχός ονόματι Δέσμιος βασανιζόταν από δαιμονική επήρεια και έπασχε επίσης από κήλη. Ο Άγιος Νείλος του εμφανίστηκε αρκετές φορές και τον θεράπευσε τελείως από τα κακά αυτά παθήματα. Ο Άγιος προφήτευσε τη μεγάλη Ελληνική Επανάσταση και τους πολλούς κινδύνους που θα αντιμετώπιζε το Άγιο Όρος από τους Τούρκους. Παρήγγειλε στον μοναχό να ανοιχθεί μονοπάτι προς τη σπηλιά του, ώστε οι αδελφοί μοναχοί να μπορούν να προσευχηθούν εκεί άνετα.

Ζήτησε επίσης να τελείται η Θεία Λειτουργία στο μικρό εκκλησάκι που ο ίδιος είχε κτίσει μέσα στη σπηλιά της ασκήσεώς του. Όταν οι αδελφοί άκουσαν την παραγγελία του Αγίου, αποφάσισαν να κτίσουν νέα εκκλησία προς τιμή του Οσίου Νείλου. Καθώς έσκαβαν τα θεμέλια, βρήκαν τον αρχαίο τάφο του Αγίου και από τα ιερά λείψανα ανέβλυζε ανέκφραστη ουράνια ευωδία. Αυτό συνέβη στις επτά Μαΐου του χίλια οκτακόσια δεκαπέντε, μια ημέρα γεμάτη ευλογία για τον αθωνικό τόπο.

Έπειτα οι μοναχοί ενημέρωσαν τους πατέρες της Μεγίστης Λαύρας για τη θαυμαστή αυτή εύρεση των ιερών λειψάνων. Οι πατέρες της Λαύρας ήλθαν αμέσως και μετέφεραν τα τίμια λείψανα στη μονή τους με κάθε ευλάβεια και τιμή. Άφησαν όμως ένα τμήμα από τη σιαγόνα του Αγίου στη σπηλιά, για να προσκυνείται από τους πιστούς προσκυνητές. Ο Όσιος Νείλος είχε γεννηθεί στην Πελοπόννησο γύρω στο έτος χίλια εξακόσια ένα και έμαθε γράμματα κοντά στον θείο του Μακάριο.

Ασκήθηκε αρχικά στη μονή του Μαλεβού και αργότερα ανέβηκε στο Άγιο Όρος, όπου έζησε αυστηρή ασκητική ζωή. Παρότι η κοίμησή του γιορτάζεται στις δώδεκα Νοεμβρίου, στο Άγιο Όρος τιμάται σήμερα λόγω των ευνοϊκότερων καιρικών συνθηκών. Με τις πρεσβείες του οσίου Νείλου του Μυροβλήτη, αξίωσε και εμάς Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.