Σε ηλικία μόλις δεκαπέντε ετών, ο Απολλώνιος εγκατέλειψε τον κόσμο και βυθίστηκε στην εσώτερη έρημο της Θηβαΐδος. Εκεί, πάνω σε ένα βουνό, πέρασε σαράντα ολόκληρα χρόνια σε σκληρή ασκητική παλαίστρα, μόνος με τον Θεό. Από την παιδική του ηλικία είχε καλλιεργήσει βαθιά μέσα του την αγάπη προς την αρετή και τη φιλοθεΐα. Η συνεχής άσκηση και η αδιάκοπη προσευχή τον ανέβασαν σε ύψη πνευματικά που λίγοι μπορούν να φανταστούν. Ο Θεός, βλέποντας την καθαρότητα της καρδιάς του, του χάρισε πλούσια τη χάρη του Αγίου Πνεύματος.

Μια ημέρα, μέσα στη σιωπή της ερήμου, άκουσε καθαρά τη φωνή του Κυρίου να τον καλεί σε νέα αποστολή. Ο Θεός τον προέτρεπε να αφήσει τη βαθιά ερημία και να κατευθυνθεί προς τόπους κατοικημένους από ανθρώπους. Του αποκάλυψε ότι έπρεπε να γεννήσει πνευματικά εκλεκτούς ανθρώπους για τη βασιλεία του ουρανού. Χωρίς καμία αναβολή ο όσιος υπάκουσε αμέσως στο θείο πρόσταγμα και ξεκίνησε το ταξίδι του. Έφτασε σε μια κοντινότερη έρημο και βρήκε στους πρόποδες ενός βουνού μια μικρή σπηλιά.

Εκεί εγκαταστάθηκε με απλότητα και άρχισε νέο στάδιο πνευματικής ζωής μαζί με τη χάρη. Μέσα σε εκείνη τη μικρή σπηλιά ο όσιος Απολλώνιος αφιερώθηκε ολοκληρωτικά στη συνομιλία του με τον Θεό. Γονατιστός για ολόκληρες ημέρες προσευχόταν αδιάλειπτα, χωρίς να υπολογίζει κόπο, πείνα ή ανθρώπινη αδυναμία. Η τροφή του δεν προερχόταν από τα χέρια των ανθρώπων αλλά από την πρόνοια του ίδιου του Θεού. Ένας άγγελος Κυρίου κατέβαινε στην έρημο και του έφερνε όσα χρειαζόταν για να συντηρηθεί το σώμα του.

Η σπηλιά του βρισκόταν κοντά σε τόπους κατοικημένους, και η φήμη της αγιότητάς του απλώθηκε γρήγορα. Με τον φωτισμό του Αγίου Πνεύματος επισκεπτόταν τις γύρω περιοχές και μιλούσε στις ψυχές που διψούσαν για τον Θεό. Σιγά σιγά συγκεντρώθηκε γύρω του μια μεγάλη αδελφότητα μοναχών, που έφτασε περίπου τους πεντακόσιους άνδρες. Ο όσιος τους δίδαξε με υπομονή και διάκριση τις διάφορες μορφές της μοναχικής άσκησης και της πνευματικής εργασίας. Μαζί τους έτρωγε τροφή μόνο τις Κυριακές, τιμώντας την ημέρα της Αναστάσεως του Κυρίου με ιερή χαρά.

Όλες τις άλλες ημέρες της εβδομάδας δεν δοκίμαζαν τίποτε από ψωμί, όσπρια ή κάτι μαγειρεμένο στη φωτιά. Έτρεφαν το σώμα τους μόνο με άγρια χόρτα που φύτρωναν φυσικά στην έρημο. Ο όσιος Απολλώνιος καθιέρωσε στο μοναστήρι του έναν κανόνα γεμάτο ευλάβεια και βαθύ ιερό φόβο. Οι μοναχοί που ασκούνταν μαζί του δεν δοκίμαζαν ποτέ τροφή πριν μεταλάβουν τα άχραντα Μυστήρια του Κυρίου. Η Θεία Λειτουργία τελούνταν καθημερινά γύρω στις τρεις το απόγευμα, σύμφωνα με την παλαιά μέτρηση των ωρών.

Μετά τη Θεία Κοινωνία οι αδελφοί κάθονταν με ευλάβεια στην κοινή τράπεζα της αδελφότητας. Κατά τη διάρκεια του γεύματος άκουγαν καθημερινά πνευματικές διδαχές που τους στήριζαν στον αγώνα της αρετής. Τον υπόλοιπο χρόνο της ημέρας τον αξιοποιούσαν σε ωφέλιμες εργασίες και σε αδιάκοπη μνήμη του Θεού. Με τον τρόπο αυτό απομάκρυναν από τους λογισμούς τους τις πονηρές υποβολές και τις παγίδες του διαβόλου. Η ζωή της κοινότητας έγινε ζωντανό παράδειγμα ησυχαστικής τάξεως, αγνείας και αδιάλειπτης πνευματικής εγρήγορσης.

Πολλοί μοναχοί προόδευσαν κοντά του και έγιναν φωτεινά δοχεία της θείας χάριτος μέσα στην έρημο. Ο όσιος έφτασε σε βαθύ γήρας, έχοντας οδηγήσει πλήθος ψυχών στον δρόμο της σωτηρίας και της τελειότητας. Παρέδωσε ειρηνικά το πνεύμα του στον Κύριο τον τέταρτο αιώνα και μετέβη στην αιώνια ζωή. Η μνήμη του τιμάται από την Εκκλησία την τριακοστή πρώτη του μηνός Μαρτίου κάθε χρόνο.

Δεύτερη διήγηση

Δεκαπέντε μόλις χρόνων ο νεαρός Απολλώνιος άφησε τα πάντα και χάθηκε στην εσώτερη έρημο της Θηβαΐδος, μαζί με τον συγγενή του Αβίβ. Ύστερα από δεκατέσσερα χρόνια απόλυτης μοναξιάς, άκουσε θεία φωνή να τον στέλνει να γκρεμίσει τη σοφία των Αιγυπτίων ειδωλολατρών. Οι ευσεβείς γονείς του, ο Αισί και η Αμανί, τον είχαν αναθρέψει με φόβο Θεού μέσα στο πνεύμα της πίστεως. Κάποιες παραδόσεις αναφέρουν πως είχε έναν μεγαλύτερο αδελφό μοναχό, ο οποίος είχε κοιμηθεί πριν από τη δική του γέννηση.

Άλλες πηγές μάς λένε ότι οι γονείς του ήταν για πολύν καιρό άτεκνοι και τον απέκτησαν ύστερα από θερμή προσευχή. Από μικρός έδειξε φλόγα για τη μοναχική ζωή και απομακρύνθηκε νωρίς από τον κόσμο. Η έρημος της Κάτω Αιγύπτου τον υποδέχθηκε σαν φιλόξενη μάνα και του χάρισε τη σιωπή που ζητούσε η ψυχή του. Εκεί έμαθε να συνομιλεί με τον Θεό και να ασκεί τον εαυτό του στη νηστεία και την αγρύπνια. Η θεία φωνή του υποσχέθηκε ακόμη ότι θα γεννούσε λαό άγιο, ξακουστό για τα έργα της αρετής του.

Υπακούοντας στη θεϊκή εντολή, ο Απολλώνιος βγήκε προς την κοντινή έρημο, στα μέρη που γειτνίαζαν με τις κατοικίες των ανθρώπων. Πολύ γρήγορα έγινε γνωστός για τα πολλά θαύματα που τελούσε με τη χάρη του Θεού. Πλήθος μοναχών συγκεντρώθηκε γύρω του και τον αναγνώρισε ως πνευματικό πατέρα και ασφαλή οδηγό. Τους καθοδηγούσε με σοφές διδαχές και τους στήριζε στον αγώνα της εσωτερικής καθάρσεως. Στα χρόνια του Ιουλιανού του Παραβάτη, ο Θεός τον πρόσταξε να μετακινηθεί σε άλλη περιοχή, κοντά στην Ερμούπολη.

Εκεί έχτισε μοναστήρι, όπου με τον καιρό συγκεντρώθηκαν περίπου πεντακόσιοι μοναχοί. Οι αδελφοί μετελάμβαναν των αχράντων μυστηρίων το πρωί και αφιέρωναν το απόγευμα στη μελέτη των αγίων Γραφών. Μόνον ύστερα από τη δύση του ηλίου έπαιρναν λίγη τροφή και κατόπιν αποσύρονταν στην έρημο. Εκεί, μέσα στο σκοτάδι της νύχτας, παρέδιδαν τον νου τους στη θεωρία του Θεού και του αγίου Του λόγου. Κάποιοι μοναχοί παρέμεναν στο μοναστήρι, για να φυλάσσουν τον τόπο και να συνεχίζουν την αδιάλειπτη προσευχή.

Έτσι η ζωή της αδελφότητας κυλούσε ανάμεσα στη λειτουργική σύναξη και τη βαθιά ησυχία της ερήμου. Οι μοναχοί έτρωγαν μία μόνον φορά την ημέρα και τηρούσαν αυστηρή τάξη στη δίαιτά τους. Ο όσιος Απολλώνιος δίδασκε μέτρο και έλεγχε όσους έπεφταν σε υπερβολικές μορφές ασκητικότητας. Οι μοναχοί αυτοί δεν έκοβαν τα μαλλιά τους και φορούσαν αλυσίδες, θεωρώντας πως έτσι αποδείκνυαν τον αγώνα τους. Ο όσιος έβλεπε σε όλα αυτά κρυμμένη κενοδοξία και προτιμούσε την κρυφή και ταπεινή άσκηση.

Ο ίδιος ωστόσο ήταν αυστηρότατος νηστευτής και ζούσε με ελάχιστα πράγματα. Τις Κυριακές γευόταν λίγο βραστό φαγητό και τις άλλες ημέρες έτρωγε μόνον άγρια χόρτα της ερήμου. Κάποτε ένας από τους μοναχούς συνελήφθη βίαια για να καταταγεί στον στρατό και φυλακίστηκε, επειδή αρνήθηκε να υπηρετήσει. Ο όσιος Απολλώνιος μαζί με άλλους αδελφούς πήγε στη φυλακή, για να τον παρηγορήσει και να τον στηρίξει στην ομολογία του. Ο εκατόνταρχος όμως οργίστηκε σφοδρά και έκλεισε και αυτούς στη φυλακή, βάζοντας πολλούς φύλακες απ' έξω.

Τα μεσάνυχτα ένας άγγελος Κυρίου άνοιξε τις πόρτες της φυλακής και οι μοναχοί έφυγαν ανεμπόδιστοι. Έτσι φανερώθηκε η προστασία του Θεού προς τους πιστούς δούλους Του. Κοντά στο μοναστήρι βρίσκονταν δέκα ειδωλολατρικοί οικισμοί, βυθισμένοι ακόμη στη λατρεία των ψεύτικων θεών. Κάποια μέρα ο όσιος έγινε αυτόπτης μάρτυρας μιας ειδωλολατρικής τελετής, καθώς ιερείς περιέφεραν ένα είδωλο στα χωριά. Το πλήθος ακολουθούσε ξέφρενο, σαν μαινόμενοι βάκχοι, μέσα σε κραυγές και ταραχή.

Με την προσευχή του οσίου οι ειδωλολάτρες ακινητοποιήθηκαν και δεν μπορούσαν πια να συνεχίσουν την πομπή τους. Όταν έμαθαν την αιτία της παράξενης ακινησίας, πολλοί ακολούθησαν τον Απολλώνιο και το είδωλο καταστράφηκε. Μετά από εκείνο το θαύμα πλήθος ειδωλολατρών δέχθηκε το άγιο βάπτισμα και έγινε χριστιανοί. Μερικοί μάλιστα παρέμειναν στο μοναστήρι ως μοναχοί και αφιέρωσαν τη ζωή τους στον Χριστό. Σύντομα σχεδόν κανένας ειδωλολάτρης δεν είχε απομείνει στη γύρω περιοχή της μονής.

Όταν ξέσπασε φιλονικία ανάμεσα σε δύο γειτονικά χωριά, ο όσιος κατόρθωσε να οδηγήσει στον Χριστό έναν ληστή, πιθανότατα τον υποκινητή της διαμάχης. Έτσι η ειρήνη επιστράφηκε στους κατοίκους και η αγάπη κυριάρχησε στις σχέσεις τους. Σε άλλη περίπτωση απέτρεψε αιματοχυσία ανάμεσα σε χριστιανικά και ειδωλολατρικά χωριά, ενώ ο αρχηγός των ειδωλολατρών τιμωρήθηκε με φρικτό θάνατο για την αμετανοησία του. Όταν λιμός χτύπησε τη Θηβαΐδα, ο όσιος Απολλώνιος φρόντισε να εφοδιάσει τους πεινασμένους κατοίκους με τροφή και να σώσει αμέτρητες ψυχές.

Έτσι η αγάπη του προς τους συνανθρώπους φάνηκε όχι μόνον στα πνευματικά αλλά και στα υλικά τους αναγκαία. Κοιμήθηκε ειρηνικά σε βαθύ γήρας, γύρω στο έτος τριακόσια ενενήντα πέντε, αφού άφησε πίσω του πλήθος μοναχών και φωτεινό παράδειγμα αρετής. Μεγάλο μέρος των πληροφοριών για τον βίο του έχει διασωθεί στο ένατο κεφάλαιο της Ιστορίας των Μοναχών της Αιγύπτου, που αποδίδεται στον άγιο Ιερώνυμο. Ο συγγραφέας είχε επισκεφθεί τον όσιο λίγο πριν την κοίμησή του, μαζί με τους συνοδοιπόρους του.

Έμειναν στο μοναστήρι του περίπου μία εβδομάδα και κατέγραψαν όσα είδαν και άκουσαν από τα χείλη του. Και ο Σωζομενός παραθέτει στοιχεία για τον όσιο στην Εκκλησιαστική Ιστορία του, στηριζόμενος στη μαρτυρία του Τιμοθέου της Αλεξανδρείας. Η Κοπτική Εκκλησία διέσωσε αρχαία μνεία μέσα από την οδοιπορία του αββά Παύλου από την Αντινόη στα μοναστήρια της Αιγύπτου. Ένα ιακωβιτικό Συναξάριο τον αποκαλεί ισάγγελο και η Κοπτική Εκκλησία τιμά τη μνήμη του στις είκοσι δύο Οκτωβρίου.