Με τα δάκρυά του έσβησε μια τρομερή πυρκαγιά που απειλούσε ολόκληρο το Νόβγκοροντ, και με την παρρησία του γλίτωσε τρεις καταδικασμένους σε θάνατο βογιάρους από το χέρι του μεγάλου ηγεμόνα. Η ζωή του υπήρξε γεμάτη δοκιμασίες, αλλά και θαυμαστά σημεία της χάριτος του Θεού που τον συνόδευαν παντού. Γεννήθηκε στο χωριό Πεχόρκα, κοντά στη Μόσχα, και από μικρό παιδί η καρδιά του έκλινε προς τη μοναχική ζωή. Οι γονείς του όμως επιθυμούσαν διαφορετική πορεία για εκείνον και τον οδήγησαν στον γάμο και στην ιεροσύνη.

Μετά από έναν μόλις χρόνο έγινε χήρος και έλαβε το μοναχικό σχήμα στη Μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου του Ντούμπενσκ. Η ενάρετη πολιτεία του φάνηκε γρήγορα στους αδελφούς, οι οποίοι τον εξέλεξαν ηγούμενο της μονής. Κοπίασε τόσο πολύ για την αναγέννηση του τόπου, ώστε αργότερα η ίδια η μονή πήρε το όνομά του και ονομάστηκε Ερημητήριο του Σεραπίωνος. Ο πόθος του όμως για βαθύτερη άσκηση δεν τον άφηνε ήσυχο μέσα στις τιμές και τις φροντίδες της ηγουμενίας.

Έτσι παραιτήθηκε από κάθε αξίωμα, αναζητώντας μεγαλύτερη ησυχία και πνευματικό αγώνα στα έγκατα της καρδιάς του. Εισήλθε τότε στην Ιερά Λαύρα της Αγίας Τριάδος του Αγίου Σεργίου, όπου σύντομα οι πατέρες αναγνώρισαν τη χάρη και τη σοφία που τον στόλιζαν. Το έτος χίλια τετρακόσια ενενήντα πέντε αναδείχθηκε ηγούμενος της φημισμένης αυτής μονής, που αποτελούσε καρδιά της ρωσικής πνευματικότητας. Ο μέγας ηγεμόνας Ιβάν Βασίλιεβιτς έτρεφε βαθύτατο σεβασμό προς το πρόσωπό του και συχνά ζητούσε τη συμβουλή του σε δύσκολες υποθέσεις.

Κάποτε ο Άγιος μεσίτευσε για τρεις βογιάρους, οι οποίοι είχαν καταδικαστεί σε θάνατο και περίμεναν την εκτέλεση της ποινής. Ο ηγεμόνας, σεβόμενος την παρρησία και την αγιότητα του γέροντος, χάρισε τη ζωή τους και τους έδωσε ελευθερία. Όταν συγκλήθηκε η σύνοδος του έτους χίλια πεντακόσια τέσσερα, ο Άγιος Σεραπίων έλαβε μέρος με θερμό ζήλο και φλογερό λόγο. Υπερασπίστηκε δυναμικά το δικαίωμα της Εκκλησίας και των μοναστηριών να διατηρούν κτήματα, τα οποία χρησιμοποιούνταν για έργα φιλανθρωπίας και ελεημοσύνης προς τους φτωχούς.

Η θέση αυτή τον έφερε σε αντιπαράθεση με τον Άγιο Ιωσήφ του Βολοκολάμσκ, ο οποίος υποστήριζε διαφορετική γραμμή. Παρά τη σύγκρουση, και οι δύο αγίοι αγωνίζονταν για το συμφέρον της Εκκλησίας με αγνή πρόθεση και αληθινό πνευματικό φρόνημα. Το έτος χίλια πεντακόσια έξι χειροτονήθηκε Αρχιεπίσκοπος Νόβγκοροντ, αναλαμβάνοντας μία από τις σημαντικότερες έδρες της ρωσικής Εκκλησίας εκείνης της εποχής. Δύο χρόνια αργότερα ξέσπασε στην πόλη μια τρομερή πυρκαγιά, η οποία απειλούσε να καταστρέψει σπίτια, ναούς και αμέτρητες ψυχές.

Ο Άγιος γονάτισε με δάκρυα και ικέτευσε τον Κύριο να σπλαχνιστεί το ποίμνιό του και να σβήσει τη φοβερή φωτιά. Η προσευχή του εισακούστηκε και οι φλόγες κόπασαν θαυματουργικά, αφήνοντας τους κατοίκους να δοξάζουν τον Θεό για τον ποιμένα τους. Όμως η ζωή του δεν στερήθηκε θλίψεις και πικρές δοκιμασίες, τις οποίες σήκωσε με μεγάλη υπομονή και ταπείνωση. Το χίλια πεντακόσια εννέα στερήθηκε την έδρα του και εξορίστηκε στη Μονή του Ανδρόνικου, στη Μόσχα, μακριά από το αγαπημένο του ποίμνιο.

Δύο χρόνια αργότερα μετακινήθηκε ξανά στη Λαύρα της Αγίας Τριάδος, η οποία υπήρξε για εκείνον λιμάνι ησυχίας και αληθινής αγάπης. Εκεί πέρασε τα τελευταία χρόνια του σε ακατάπαυστη προσευχή, νοερά μελέτη και βαθύ πνευματικό αγώνα. Ο Κύριος τον τίμησε με σπάνια χαρίσματα διοράσεως και θαυματουργίας, που φανέρωναν τον πλούτο της εσωτερικής του καθαρότητας. Αφού έλαβε το μέγα και αγγελικό σχήμα, ο ιεράρχης εκοιμήθη ειρηνικά τη δέκατη έκτη Μαρτίου του έτους χίλια πεντακόσια δεκαέξι, στους κόλπους της αγαπημένης του Λαύρας.

Τα άφθαρτα λείψανά του ευρέθηκαν την έβδομη Απριλίου του επόμενου χρόνου, σκορπίζοντας ευωδία και ουράνια χάρη στους πιστούς. Μέχρι σήμερα αναπαύονται κρυμμένα στο παρεκκλήσιο του Σεραπίωνος, μέσα στον Καθεδρικό Ναό της Αγίας Τριάδος, στη φημισμένη Λαύρα του Αγίου Σεργίου. Ο Κύριος δόξασε τον δούλο του με πλήθος θαυμάτων, τόσο κατά τη διάρκεια της επίγειας ζωής του όσο και μετά τη μακαρία κοίμησή του. Κάποτε, την ημέρα της εορτής της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, θεράπευσε έναν χωλό άνθρωπο που υπέφερε για πολλά χρόνια.

Ο δυστυχισμένος εκείνος σερνόταν με τα χέρια και τα πόδια του, στηριζόμενος σε ξύλινα κομμάτια, μέχρι που συνάντησε τον άγιο. Όταν το έτος χίλια εξακόσια οκτώ οι Πολωνοί πολιορκούσαν τη Λαύρα, η αγωνία των μοναχών και των πιστών έφτασε στο έπακρο. Πολλοί μοναχοί και λαϊκοί, που έρχονταν στον ναό για να προσευχηθούν, είδαν τον άγιο ντυμένο με τα ιερατικά άμφια. Έτσι ο Κύριος φανέρωσε ότι ο ποιμένας δεν εγκαταλείπει ποτέ το ποίμνιο που αγάπησε με όλη του την ψυχή.