Σύρθηκε αλυσοδεμένος στην Περσία μαζί με τον Τίμιο Σταυρό του Κυρίου, όταν ο Χοσρόης λεηλάτησε την Αγία Πόλη. Μέσα σε εκείνη την τρομερή εισβολή έχασαν τη ζωή τους περίπου ενενήντα χιλιάδες χριστιανοί, σφαγμένοι ή εξαντλημένοι από τις κακουχίες. Ο Άγιος Ζαχαρίας έζησε στα τέλη του έκτου και στις αρχές του έβδομου αιώνα μετά Χριστόν, σε μια εποχή σκληρή για την ανατολική χριστιανοσύνη. Ανέβηκε στον πατριαρχικό θρόνο των Ιεροσολύμων το έτος εξακόσια εννέα, ποιμαίνοντας με σύνεση το ποίμνιο της Αγίας Πόλης.

Λίγα χρόνια αργότερα, το έτος εξακόσια δεκατέσσερα, οι περσικές στρατιές του αυτοκράτορα Χοσρόη έπεσαν με μανία πάνω στην Ιερουσαλήμ. Οι εισβολείς λεηλάτησαν τους ναούς, αιχμαλώτισαν πλήθος πιστών και άρπαξαν το ιερότερο σύμβολο της Εκκλησίας, τον ζωοποιό Σταυρό του Χριστού. Ανάμεσα στους αιχμαλώτους που οδηγήθηκαν στην Περσία βρισκόταν και ο ίδιος ο Πατριάρχης Ζαχαρίας, υπομένοντας μαζί με το ποίμνιό του την οδύνη της εξορίας. Από τα βάθη της αιχμαλωσίας ο άγιος ποιμένας δεν εγκατέλειψε την Εκκλησία του, αλλά συνέχισε να τη στηρίζει με την προσευχή και τον λόγο του.

Από τη μακρινή Περσία ο Άγιος Ζαχαρίας έστειλε σπουδαία επιστολή προς την Εκκλησία των Ιεροσολύμων, γεμάτη πατρική αγάπη και πνευματική φροντίδα. Με τα λόγια του προέτρεπε τους πιστούς σε ειλικρινή μετάνοια, σε ευσπλαχνία προς τους αδελφούς και σε υπομονή μέσα στις δοκιμασίες της σκλαβιάς. Στο μεταξύ ο βυζαντινός αυτοκράτορας Ηράκλειος ξεκίνησε μακροχρόνιο και επίπονο αγώνα εναντίον της περσικής δυνάμεως. Ύστερα από σκληρές μάχες ο Ηράκλειος συνέτριψε τους Πέρσες το έτος εξακόσια είκοσι οκτώ και ανάγκασε τον Χοσρόη να ζητήσει συμφωνία ειρήνης.

Με τη νικηφόρα αυτή έκβαση ο Τίμιος Σταυρός επιστράφηκε θριαμβευτικά στην Ιερουσαλήμ, μέσα σε δάκρυα και αγαλλίαση του πιστού λαού. Μαζί με το άγιο ξύλο ελευθερώθηκαν και όσοι από τους χριστιανούς αιχμαλώτους είχαν επιζήσει τα χρόνια της εξορίας. Ανάμεσά τους επέστρεψε στον θρόνο του και ο Πατριάρχης Ζαχαρίας, κρατώντας ο ίδιος τον ζωοποιό Σταυρό κατά την είσοδό του στην Αγία Πόλη. Η επάνοδος του ποιμένα και του ιερού συμβόλου σήμαινε την πνευματική ανάσταση της δοκιμασμένης Εκκλησίας των Ιεροσολύμων. Ο άγιος συνέχισε το πατριαρχικό του έργο με αφοσίωση μέχρι το τέλος της ζωής του και κοιμήθηκε με ειρήνη γύρω στο έτος εξακόσια τριάντα δύο.