Δεκατέσσερα ολόκληρα χρόνια έμεινε κλεισμένος σε μια σκήτη της ερήμου, παρακαλώντας τον Θεό να νικήσει μέσα του τον θυμό και κάθε πάθος της ψυχής. Όταν βγήκε από εκείνη τη μακρόχρονη δοκιμασία, ανέλαβε τη διαδοχή του ίδιου του Μεγάλου Αντωνίου στους ερημίτες του όρους Πισπίρ. Ο όσιος Αμμωνάς έζησε τον τέταρτο αιώνα μετά Χριστόν, κοντά στις όχθες του Νείλου, σε μια εποχή ακμής του μοναχισμού της Αιγύπτου. Ο μέγας Αντώνιος έτρεφε γι’ αυτόν ξεχωριστή αγάπη και τον θεωρούσε γνήσιο τέκνο της πνευματικής του οικογένειας.

Αργότερα χειροτονήθηκε επίσκοπος, με πολλές πιθανότητες από τα ίδια τα χέρια του αγίου Αθανασίου του Μεγάλου. Είχε φτάσει σε τέτοιο μέτρο απάθειας, ώστε έμοιαζε να αγνοεί ολότελα το κακό και να μην μπορεί να κρίνει κανέναν άνθρωπο. Όταν τον επισκέπτονταν οι μοναχοί και τον ρωτούσαν για τον δρόμο της σωτηρίας, εκείνος μιλούσε με απλότητα και βαθιά πείρα της ερήμου. Η ζωή του ολόκληρη ήταν μια αδιάκοπη άσκηση σιωπής, νηστείας και προσευχής μέσα στο φως της θείας παρουσίας.

Η φήμη του απλώθηκε γρήγορα σε όλη την έρημο, και πλήθος μοναχών έτρεχαν κοντά του για συμβουλή και παρηγοριά. Μια ημέρα έφτασαν στο κελί του κάποιοι άνθρωποι και του ζήτησαν επίμονα να κρίνει μια διαφορά που τους χώριζε. Ο άγιος προσποιήθηκε τον ανόητο, για να αποφύγει τη θέση του κριτή ανάμεσα σε αδελφούς. Μια γυναίκα που τον είδε έτσι τον πέρασε αμέσως για παράφρονα και άρχισε να τον περιγελά μπροστά στους άλλους. Τότε ο όσιος της απάντησε με χαμόγελο πως είχε κοπιάσει πολλά χρόνια για να αποκτήσει αυτή τη μωρία και δεν ήθελε να τη χάσει.

Άλλη φορά τον οδήγησαν σε ένα κελί, όπου ζούσε ένας αδελφός με κακή φήμη και βαριές κατηγορίες. Εκείνος είχε κρύψει σε ένα μεγάλο βαρέλι τη γυναίκα με την οποία αμάρτανε, για να μην τον βρουν. Ο όσιος Αμμωνάς κάθισε αθόρυβα πάνω στο βαρέλι, ενώ οι κατήγοροι έψαχναν μάταια ολόκληρο το κελί. Όταν εκείνοι αναχώρησαν ντροπιασμένοι, ο άγιος έσκυψε με αγάπη και ψιθύρισε στον αδελφό να προσέχει στο εξής τον εαυτό του. Έτσι, με την πραότητα και τη διάκρισή του, οδήγησε πολλές ψυχές σε ειλικρινή μετάνοια και σωφροσύνη.

Όταν τον ρώτησαν ποια ασκητικά έργα είναι περισσότερο ευάρεστα ενώπιον του Θεού, ο όσιος μίλησε από τη μακρόχρονη πείρα του. Συμβούλευε τον μοναχό να μένει κλεισμένος στο κελί του, να τρώει λίγο κάθε ημέρα και να φυλάει στην καρδιά τα λόγια του τελώνη. Έλεγε ακόμη πως ο φόβος του Θεού γεννά τους στεναγμούς και τα δάκρυα, που με τη σειρά τους φέρνουν στην ψυχή χαρά αληθινή. Αυτή η εσωτερική χαρά γεμίζει τον άνθρωπο με θεϊκή δύναμη και τον κάνει ικανό να εργάζεται το θέλημα του Θεού με προθυμία.

Η ίδια δύναμη, ερχόμενη από τα ύψη, τοποθετεί τον αγωνιστή στη συντροφιά των αγγέλων και τον υψώνει βαθμηδόν. Όταν κάποτε τον ρώτησαν για τη στενή και τεθλιμμένη οδό, απάντησε με λίγα και μεστά λόγια. Η στενή πορεία, είπε, είναι να πολεμά ο άνθρωπος αδιάκοπα τους λογισμούς του και να κόβει το ίδιο του το θέλημα. Έδινε μεγάλη σημασία στη μυστική προσευχή, στη συνεχή ταπείνωση και στη φύλαξη του νου από κάθε μάταιη φαντασία. Σε όλη του τη ζωή οδηγούσε τους μαθητές βήμα βήμα προς τις μυστικές αναβάσεις της θεωρίας.

Με το όνομα του οσίου Αμμωνά σώζεται μια σειρά από δεκατέσσερις θαυμάσιες επιστολές προς τους μαθητές του. Σε αυτές ο άγιος τους παρακινεί να κάνουν τα πάντα, ώστε να λάβουν το Άγιο Πνεύμα, το Πνεύμα της αλήθειας και του πυρός. Βαδίζοντας τον στενό δρόμο της ερημικής ζωής και της άρνησης του ιδίου θελήματος, βρίσκουν τον κρυμμένο θησαυρό μέσα στον αγρό της καρδιάς. Όταν τον αποκτήσουν, οφείλουν να τον καλλιεργούν ημέρα και νύχτα, καθαρίζοντας τον νου από κάθε μάταιο και εμπαθή λογισμό.

Τότε η δωρεά του Πνεύματος δίδεται στην ψυχή σαν φως που αυξάνεται, ανάλογα με την πρόοδό της στην τελειότητα. Αυτό το φως γίνεται βάλσαμο και πληρότητα χαράς και πραότητας μέσα στον αγωνιζόμενο μοναχό. Έπειτα όμως, λέει ο όσιος, το Πνεύμα αποσύρεται για λίγο, ώστε να δοκιμαστεί η σταθερότητα του ανθρώπου στις θλίψεις. Αν εκείνος επιμείνει με υπομονή και πίστη, ο Κύριος του χαρίζει δεύτερο ζήλο πολύ ανώτερο από τον πρώτο. Έτσι η ψυχή ανεβαίνει στον ουρανό των ουρανών, εκεί όπου κατοικεί ο ίδιος ο Δημιουργός της. Ο όσιος Αμμωνάς εκοιμήθη με ειρήνη πριν από το έτος τετρακόσια τρία μετά Χριστόν.