Στην ευρύχωρη πεδιάδα του αρχαίου Ορχομενού της Βοιωτίας ορθώνεται ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία του ελλαδικού χώρου. Η Ιερά Μονή της Παναγίας Σκριπούς, ή της Ορχομενιώτισσας, στέκει ακριβώς απέναντι από τον αρχαιολογικό χώρο της παλαιάς πόλης και της ξακουστής αρχαίας Ακρόπολης. Στην ευρύτερη αυτή περιοχή ο περιηγητής Παυσανίας μνημονεύει στα κείμενά του δύο ιερά των Χαρίτων και του Διονύσου. Τα δύο αρχαία ιερά δεν έχουν μέχρι σήμερα εντοπιστεί από την αρχαιολογική σκαπάνη, αλλά πιθανότατα βρίσκονταν εκεί ακριβώς.

Στην ίδια αυτή θέση το έτος οκτακόσια εβδομήντα τέσσερα οικοδομήθηκε η σπουδαία Μονή της Παναγίας Σκριπούς της Βοιωτίας. Οι σύγχρονες ανασκαφικές έρευνες αποκάλυψαν, μάλιστα, εξωτερικά στον περίβολο του ναού ένα παλαιότατο κτίσμα της μυκηναϊκής περιόδου. Στο εσωτερικό του ίδιου ναού φανερώθηκαν επίσης παλαιοχριστιανικά ψηφιδωτά μεγάλης ιστορικής σημασίας για την ευρύτερη περιοχή της Βοιωτίας. Από το αρχικό μοναστηριακό συγκρότημα σήμερα σώζεται μόνο το επιβλητικό Καθολικό, αφιερωμένο στην Κοίμηση της Θεοτόκου.

Το Καθολικό είναι αφιερωμένο επίσης και στους κορυφαίους Αποστόλους Πέτρο και Παύλο, όπως αποδεικνύει το τρισυπόστατο Ιερό Βήμα. Τα δύο πλάγια ανατολικά κλίτη του Καθολικού λειτουργούν ως ξεχωριστά παρεκκλήσια των δύο μεγάλων Αποστόλων του Κυρίου Ιησού. Οι σωζόμενες επιγραφές αναφέρουν με σαφήνεια ότι η γη της Ρώμης σκεπάζει την ιερή σκόνη των μαρτύρων αποστόλων. Ο ναός της Παναγίας Σκριπούς αποτελεί τη σημαντικότερη εκκλησία του σταυροειδούς μεταβατικού τύπου στον ευρύτερο ελλαδικό χώρο.

Πρόκειται για το μεγαλύτερο και πολυτελέστερο γνωστό μνημείο της εποχής έξω από τα τείχη της Κωνσταντινουπόλεως. Η εκκλησία ξεχωρίζει για το μέγεθος, την πλούσια μαρμάρινη διακόσμηση και τις τέσσερις επιγραφές με μνημειακή έκφραση. Από τις επιγραφές μαθαίνουμε πως ιδρυτής του ναού είναι ο Λέων, ο βασιλικός πρωτοσπαθάριος και επί των οικιακών. Ήταν δηλαδή αρχηγός των σπαθαρίων της ανακτορικής φρουράς στο Ιερό Παλάτιον της Κωνσταντινουπόλεως, ένας από τους πιο επίλεκτους αυλικούς.

Ο Λέων κατείχε σαν προσωπικό κτήμα την ευρύτερη χώρα του παλαιότατου Ορχομενού, σύμφωνα με την επιγραφή του ναού. Έχτισε την εκκλησία γύρω στο οκτακόσια εβδομήντα τέσσερα, όπως μαρτυρεί η εντοιχισμένη γραπτή επιγραφή της αψίδας. Η ονομασία Σκριπού πιθανόν προέρχεται από το λατινικό σκρίπτους, που σημαίνει επιγραφή και ταιριάζει στην πληθώρα των γραμμάτων. Πράγματι, η εκκλησία είναι εξωτερικά γεμάτη από εντοιχισμένες επιγραφές που πληροφορούν τον επισκέπτη για την ιστορία του τόπου.

Ο ναός της Κοιμήσεως είναι εγγεγραμμένος σταυροειδής με τρούλο, με προεξέχουσες τις κεραίες του σταυρού και στενό νάρθηκα. Στην τοιχοδομία χρησιμοποιήθηκε άφθονο έτοιμο αρχαίο υλικό, που προέρχεται από τον γειτονικό αρχαιολογικό χώρο της ιστορικής πόλης. Έτσι σπόνδυλοι κιόνων, πελεκημένα αγκωνάρια, ακόμη και επιτύμβιες στήλες δημιουργούν απροσδόκητα κοσμήματα στους μεγάλους εξωτερικούς τοίχους. Το μνημείο αυτό αποτελεί μια συνειδητή προσπάθεια μετάβασης από την παλαιοχριστιανική Βασιλική στον ώριμο Βυζαντινό αρχιτεκτονικό ρυθμό του τόπου.

Ο ναός διασώζει θαυμάσια παλαιοχριστιανικά γλυπτά και σπάνιες επιγραφές της χριστιανικής αλλά και της προχριστιανικής περιόδου. Πιθανότατα ο ναός να σχεδιάστηκε εξαρχής ως ταφικό μνημείο του κτήτορα του, μολονότι αυτή η συνήθεια ήταν σπάνια. Ο ίδιος ο Λέων θέλησε το οικοδόμημα να αποστίλβει περικαλλή λάμψη ολόγυρα, όπως ποιητικά διακηρύσσει η επιγραφή του νάρθηκα. Ο γλυπτικός διάκοσμος είναι ιδιαίτερα πλούσιος στις εσωτερικές και εξωτερικές επιφάνειες του Καθολικού της παλαιάς Μονής.

Πολλά γλυπτά μέλη από αρχαίους ναούς ή από πρωτοχριστιανικό νεκροταφείο της περιοχής είναι ενσωματωμένα στα μεταγενέστερα μοναστηριακά κελιά. Οι παλαιότερες τοιχογραφίες που σώζονται σήμερα μέσα στον ναό ανάγονται χρονικά στον δωδέκατο αιώνα της μεσοβυζαντινής εκκλησιαστικής περιόδου. Από το έτος χίλια εννιακόσια τριάντα εκτελούνται συστηματικές εργασίες αναστήλωσης, συντήρησης και καθαρισμού των ιστορικών τοιχογραφιών. Το έτος χίλια εννιακόσια τριάντα εννιά κτίστηκε σε σχέδια του Υπουργείου Πολιτισμού και το κωδωνοστάσιο του ναού.

Η Παναγία Σκριπού για πολλά χρόνια λειτούργησε ως ανδρικό μοναστήρι με ζωντανή πνευματική και κοινοτική παρουσία. Ως το έτος χίλια οκτακόσια είκοσι ένα η Μονή διατηρούσε εξήντα ευλαβείς καλογήρους με ζωντανή και ακμαία αδελφότητα. Μετά την απαλλοτρίωση των μοναστηριακών κτημάτων, το έτος χίλια εννιακόσια είκοσι έξι, η αδελφότητα της Μονής διαλύθηκε εντελώς. Σήμερα ο σεβάσμιος ναός της Παναγίας λειτουργεί ως ζωντανός ενοριακός ναός της κοινότητας του Ορχομενού και της περιοχής.

Το μεγαλύτερο όμως θαύμα της Παναγίας Σκριπούς συνέβη στις δύσκολες και τραγικές ημέρες της Γερμανικής κατοχής του τόπου. Στις οκτώ Σεπτεμβρίου του χίλια εννιακόσια σαράντα τρία οι Ιταλοί συνθηκολόγησαν και αρνήθηκαν αρχικά να παραδώσουν τον οπλισμό τους στους Γερμανούς. Η τοπική οργάνωση του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου Ορχομενού θεώρησε ότι μπορούσε να επωφεληθεί από τη σύγχυση και να παραλάβει τα ιταλικά όπλα. Παρακίνησε λοιπόν τους ένοπλους Ορχομενίους να κινηθούν αμέσως προς την πόλη της Λειβαδιάς για τη συγκέντρωση.

Οι Γερμανοί όμως κύκλωσαν τους Ιταλούς, τους αφόπλισαν βίαια και ενημερώθηκαν για τις προθέσεις των Ορχομενίων χωρικών. Έστειλαν στις εννέα Σεπτεμβρίου ένα ισχυρό απόσπασμα με τεθωρακισμένα οχήματα, για να επιβάλουν σκληρά αντίποινα στους κατοίκους. Οι ανέτοιμοι Ορχομένιοι σκόρπισαν στη γύρω περιοχή με κατεύθυνση τον απόμερο Διόνυσο και τα ορεινά χωριά της Βοιωτίας. Οι Γερμανοί συνέχισαν την καταδίωξη με σκοπό να επιβάλουν αντίποινα στον Ορχομενό, όπως ήταν η συνηθισμένη τους τακτική.

Τη νύχτα της ένατης προς τη δέκατη Σεπτεμβρίου, λίγα μέτρα κάτω από την εκκλησία της Παναγίας, τα τανκς ακινητοποιήθηκαν. Δεν υπήρχε κανείς λογικός λόγος, μηχανικό πρόβλημα ή τεχνική δυσκολία που να εξηγεί το αδιανόητο γεγονός. Όπως μαρτύρησε αργότερα ο ίδιος ο επικεφαλής Χόφμαν, η μορφή της Παναγίας φάνηκε λαμπροφόρα και φωτεινή στον νυχτερινό ουρανό. Μετά τον πόλεμο ο ίδιος επέστρεψε προσκυνητής και χάρισε στον ναό μια εικόνα με την αναπαράσταση του οράματός του. Ταις πρεσβείαις της παναχράντου Δεσποίνης ημών Θεοτόκου της Σκριπούς της θαυματουργώς σωσάσης τον Ορχομενόν εκ της φθοράς, Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς, αμήν.