Στο λιμάνι της Μυτιλήνης, στα χρόνια της τουρκοκρατίας, ο νεομάρτυρας Θεόδωρος ο Χατζής σφράγισε με το αίμα του τη χριστιανική ομολογία. Καταγόταν από τους Πύργους Θερμής της Λέσβου και απαγχονίστηκε από τους Τούρκους για την πίστη του στον Χριστό. Το έτος χίλια επτακόσια ογδόντα τέσσερα, στις τριάντα Ιανουαρίου, οι διώκτες τον εκτέλεσαν στη θέση Παρμάκ Καπί. Το τίμιο λείψανό του οι Τούρκοι το έριξαν με αυθάδεια στη θάλασσα, για να μη βρει χριστιανική ταφή.

Έπειτα από λίγες όμως ημέρες, τα κύματα της Λέσβου εξέβρασαν το σώμα του στις ακτές της Μόθωνας. Οι ευλαβείς χριστιανοί το περισυνέλεξαν με μυστική φροντίδα και το ενταφίασαν εντός του εξωκλησίου του Αγίου Ιωάννου Προδρόμου. Δεν ύψωσαν επιτύμβιο μνημείο, ούτε άφησαν εξωτερικά ίχνη του τάφου, μήπως οι διώκτες ξανασυλήσουν το ιερό σκήνωμα. Έτσι ο νεομάρτυρας παρέμεινε ενταφιασμένος κρυμμένος εκεί επί διακόσια περίπου χρόνια, ώσπου ήρθε η ώρα της φανέρωσης από τον Θεό.

Την τέταρτη Σεπτεμβρίου του έτους χίλια εννιακόσια εξήντα επτά, παρουσία του Μητροπολίτη Μυτιλήνης Ιακώβου και των πολιτικών αρχών, έγινε επίσημη έρευνα στο παρεκκλήσι. Οι εργασίες ανακαίνισης του χώρου από τον Εθνικό Οργανισμό Τουρισμού έφεραν στο φως τα ιερά λείψανα, που είχαν παραμείνει κρυμμένα. Τα οστά βρέθηκαν κάτω από το δάπεδο, δεξιά για όποιον εισέρχεται στον μικρό αυτόν παρεκκλησιακό ναό. Σύμφωνα με τη μαρτυρία του Νικοδήμου του Αγιορείτη στο Νέον Μαρτυρολόγιον της Βενετίας, αυτά πράγματι ανήκουν στον Θεόδωρο. Ταις πρεσβείαις του αγίου σου Νεομάρτυρος Θεοδώρου του Μυτιληναίου Κύριε Ιησού Χριστέ ο Θεός, ελέησον και σώσον ημάς τους ταπεινά τιμώντας τη μνήμη του, αμήν.