Δέκα παιδιά ανέθρεψε ο πρωθιερέας Φιλόσοφος Ορνάτσκι σε ένα μικρό και ταπεινό σπίτι της Αγίας Πετρουπόλεως. Ζούσε πάντοτε με μεγάλη οικονομική στενοχωρία και αναγκαζόταν να παραδίδει ιδιωτικά μαθήματα για να μπορέσει να θρέψει την πολυμελή του οικογένεια. Σχεδόν είκοσι χρόνια υπήρξε πνευματικό τέκνο του αγίου Ιωάννου της Κρονστάνδης, ο οποίος συχνά τον επισκεπτόταν στο σπίτι. Ο μεγάλος εκείνος πνευματικός πατέρας ευλογούσε κάθε προσπάθειά του για το καλό της Ορθοδόξου Ρωσικής Εκκλησίας.

Ο Φιλόσοφος γεννήθηκε το χίλια οκτακόσια εξήντα στη Νοβάγια Γιέργκα της επαρχίας Νοβγκορόντ, μέσα σε σπίτι ταπεινού χωριάτικου ιερέα. Σπούδασε αρχικά στη θεολογική σχολή του Κιρίλοφ και έπειτα στο φημισμένο σεμινάριο του Νοβγκορόντ της βορείου Ρωσίας. Το χίλια οκτακόσια ογδόντα πέντε αποφοίτησε από τη Θεολογική Ακαδημία της Αγίας Πετρουπόλεως με το πτυχίο του υποψηφίου διδάκτορος της θεολογίας. Το ίδιο εκείνο καλοκαίρι νυμφεύθηκε την Ελένη Ζαοζέρσκαγια, θυγατέρα ενός πρώην υποδιακόνου του μητροπολίτη Ισιδώρου.

Έλαβε αμέσως τη χειροτονία του πρεσβυτέρου και άρχισε με ζήλο τη διακονία του στους ναούς. Ένας από τους αδελφούς του είχε νυμφευθεί την ανιψιά του ίδιου του αγίου Ιωάννου της Κρονστάνδης. Έτσι ο νεαρός Φιλόσοφος βρέθηκε από νωρίς μέσα σε ένα υψηλό ορθόδοξο πνευματικό περιβάλλον της εποχής. Από την αρχή της διακονίας του ξεχώρισε για το γνήσιο ποιμαντικό ενδιαφέρον προς τους φτωχούς της πόλεως.

Στην πρώτη του διακονία υπηρέτησε ως εφημέριος στον ναό του ορφανοτροφείου που είχε ιδρύσει ο πρίγκιπας Όλντενμπουργκ. Στον χώρο αυτό παλαιότερα δίδασκε ο ίδιος τον νόμο του Θεού στα ορφανά και απροστάτευτα παιδιά της ρωσικής πρωτεύουσας. Από το χίλια οκτακόσια ενενήντα δύο έως το χίλια εννιακόσια δώδεκα ανέλαβε εφημέριος στον ναό της κρατικής Υπηρεσίας Προμηθείας Εγγράφων. Είκοσι έξι ολόκληρα χρόνια προήδρευσε στην Εταιρεία για τη Διάδοση της Θρησκευτικής και Ηθικής Παιδείας.

Αντιμετώπιζε με σύνεση και χριστιανική ψυχραιμία όλα τα αντιεκκλησιαστικά κινήματα της ταραγμένης εκείνης εποχής, που πλήθαιναν συνεχώς στη Ρωσία. Το χίλια οκτακόσια ενενήντα τρία εκλέχθηκε μέλος του δημοτικού συμβουλίου της Αγίας Πετρουπόλεως ως εκπρόσωπος του κλήρου. Κράτησε αυτή τη θέση μέχρι το χίλια εννιακόσια δεκαεπτά, υπηρετώντας τους πιο φτωχούς πολίτες με αυτοθυσία. Με προσωπική φροντίδα συμμετείχε ενεργά στην ίδρυση ορφανοτροφείων, πτωχοκομείων και κοινωφελών ιδρυμάτων μέσα στην ίδια την πρωτεύουσα.

Με τη φροντίδα του ανεγέρθηκαν δώδεκα νέοι ναοί στην Αγία Πετρούπολη και στη γύρω περιοχή. Ο μεγαλύτερος από αυτούς ήταν ο ναός της Αναστάσεως του Χριστού κοντά στον σιδηροδρομικό σταθμό της Βαρσοβίας. Ξεχωριστή θέση κατείχαν επίσης οι ναοί των αγίων Πέτρου και Παύλου στο Λεσνόι και του αγίου Σεργίου του Ραντονέζ. Ο πατήρ Φιλόσοφος υπήρξε εκδότης και λογοκριτής σπουδαίων ορθοδόξων πνευματικών περιοδικών της ρωσικής πρωτεύουσας εκείνη την περίοδο.

Διηύθυνε τον «Πνευματικό Κήρυκα της Αγίας Πετρουπόλεως», την «Ανάπαυση του Χριστιανού» και τον «Ορθόδοξο Ρωσικό Λόγο». Τα έντυπα αυτά σφράγισαν τη θρησκευτική ζωή των πιστών στα τέλη του δεκάτου ενάτου αιώνα και στις αρχές του εικοστού. Συνδέθηκε επίσης με στενούς δεσμούς πνευματικής αδελφοσύνης με τον ιερομάρτυρα μητροπολίτη Πετρογράδου και Γκντόφσκ Βενιαμίν τον Καζάνσκι. Ο ιεράρχης εκείνος κήρυττε μαζί του από τα φοιτητικά του χρόνια στις εργατικές συνοικίες της Αγίας Πετρουπόλεως.

Η συνεργασία τους αυτή σφράγισε δεκαετίες ορθοδόξου μαρτυρίας στη ρωσική πρωτεύουσα κατά τις δύσκολες εκείνες ώρες. Ισχυρή φιλία πνευματικού περιεχομένου τον συνέδεε επίσης με τον αγιότατο πατριάρχη Τύχωνα της εκκλησίας της Μόσχας. Ο άγιος Ιωάννης της Κρονστάνδης τού εμπιστεύθηκε τον ρόλο του μεσάζοντος στην αλληλογραφία του με τον άγιο Θεοφάνη τον έγκλειστο της Βίσας. Το χίλια εννιακόσια δεκατρία διορίστηκε επικεφαλής του Καθεδρικού ναού της Παναγίας του Καζάν στην Αγία Πετρούπολη.

Κατά τον πρώτο παγκόσμιο πόλεμο παρέδωσε αμέσως το διαμέρισμά του για να γίνει νοσοκομείο των τραυματισμένων στρατιωτών. Ο ίδιος μετακόμισε με την οικογένειά του σε ένα μικρό κρατικό δωμάτιο, χωρίς να παραπονεθεί ποτέ για τη στέρηση. Δύο γιοι του πατρός Φιλοσόφου υπηρέτησαν τη χώρα στον πρώτο παγκόσμιο πόλεμο με αξιοθαύμαστο ηρωισμό. Ο Νικόλαος, γεννημένος το χίλια οκτακόσια ογδόντα έξι, ήταν στρατιωτικός ιατρός στην ένατη ρωσική στρατιά του μετώπου.

Ο Βόρις, γεννημένος το χίλια οκτακόσια ογδόντα επτά, υπηρετούσε ως επιτελικός λοχαγός στην εικοστή τρίτη ταξιαρχία πυροβολικού. Είχε αποφοιτήσει από τη στρατιωτική σχολή πυροβολικού του Κωνσταντίνου και πολεμούσε γενναία στο αυστροουγγρικό μέτωπο. Ο πατέρας τους είχε σπάνιο χάρισμα κηρύγματος και τραβούσε όσους αναζητούσαν λόγο ζωής μέσα στους ταραγμένους εκείνους καιρούς. Δεν έπαυσε ποτέ να προειδοποιεί δημόσια το ποίμνιό του για τις διαβρωτικές και αντίχριστες ιδέες του μπολσεβικισμού.

Έλεγε πάντα πως η Ορθοδοξία αποτελεί την καρδιά της ρωσικής ζωής και πως κανείς δεν πρέπει να την προδώσει. Όταν ξέσπασε η επανάσταση, είδε τον σύζυγο της κουνιάδας του, πατέρα Πέτρο Σκιπέτροφ, να τουφεκίζεται μπροστά στα μάτια του. Στη νεκρώσιμη ακολουθία εκείνη εκφώνησε λόγο εντελώς άφοβο, καταγγέλλοντας δημόσια τους μπολσεβίκους ως διώκτες της Ορθοδόξου πίστεως. Τον Ιανουάριο του χίλια εννιακόσια δεκαοκτώ, μετά τη δολοφονία του πατρός Σκιπέτροφ, οργάνωσε την υπεράσπιση της Λαύρας του αγίου Αλεξάνδρου Νέφσκι.

Κάλεσε όλες τις ενορίες της πρωτεύουσας να κάνουν λιτανείες προς τη Λαύρα και να προστατεύσουν τους ιερούς θησαυρούς της. Στις εννιά Αυγούστου του χίλια εννιακόσια δεκαοκτώ συνελήφθη μαζί με τους δύο μεγαλύτερους γιους του από άνδρες της Τσέκα. Ο ίδιος έμεινε εντελώς ήρεμος και απαθής τη στιγμή της συλλήψεως, χωρίς το παραμικρό ίχνος φόβου στο πρόσωπό του. Χιλιάδες πιστοί ενορίτες κατέκλυσαν το Νιέφσκι Προσπέκτ ζητώντας με δάκρυα την άμεση απελευθέρωση του αγαπημένου τους ποιμένα.

Οι αρχές υποσχέθηκαν ψεύτικα να ικανοποιήσουν το αίτημα, αλλά την ίδια κιόλας νύχτα τον μετέφεραν κρυφά στη φυλακή της Κρονστάνδης. Γύρω στις τριάντα Οκτωβρίου του ίδιου έτους οδηγήθηκαν εκεί τριάντα δύο αξιωματικοί του παλαιού αυτοκρατορικού στρατού για άμεση εκτέλεση. Ένας συνταγματάρχης της φρουράς είπε στους δημίους πως κάποτε όλοι τους θα χαθούν σαν σκυλιά και η Ρωσία θα γίνει πάλι Ρωσία. Καθώς οδηγούνταν προς τον τόπο της εκτελέσεως, ο Φιλόσοφος διάβαζε με δυνατή φωνή την ευχή της εξόδου της ψυχής.

Έλεγε τα λόγια αυτά πάνω από τα παιδιά του και τους υπόλοιπους καταδίκους με ταπείνωση και πίστη. Άλλοι λένε πως τουφεκίστηκαν στην ίδια την Κρονστάνδη και άλλοι κοντά στον Κόλπο της Φινλανδίας. Το σώμα του ξεβράστηκε στην ακτή κοντά στο Όραντενμπαουμ και ευλαβείς κάτοικοι το έθαψαν κρυφά. Με το αίμα του ποτίστηκε η ρωσική Εκκλησία και η αντοχή του παραμένει υπόδειγμα για κάθε δοκιμαζόμενο πιστό.