Ίδρυσε την περίφημη Ιερά Μονή της Παναγίας Βαρνάκοβας στη Δωρίδα της Φωκίδας στα χίλια εβδομήντα επτά μετά Χριστόν. Με ακούραστους πνευματικούς κόπους ανέγειρε μάντρα μοναζόντων προς τιμή της Θεοτόκου, όπως δοξάζει το συναξάρι του σήμερα. Ο Όσιος Αρσένιος γεννήθηκε στο πρώτο μισό του ενδέκατου αιώνος μετά Χριστόν, πιθανότατα στο χωριό Καρυά του νομού Φωκίδας. Από νέος αγάπησε τον Χριστό και αφιέρωσε τον εαυτό του στη μοναχική ζωή της Εκκλησίας. Επέλεξε ως τόπο της ασκήσεώς του ένα δύσβατο αλλά πανέμορφο σημείο βορειοδυτικά της σημερινής μονής Βαρνάκοβας.

Εκεί βρήκε μία βαθιά σπηλιά μέσα στον βράχο, η οποία του εξασφάλιζε καταφύγιο και ησυχία στις ώρες της προσευχής. Διαμόρφωσε με κόπο τη σπηλιά σε μικρό ναΰδριο και έχτισε επίσης τμήμα ναού στην είσοδό της προς τα έξω. Στο βάθος του σπηλαίου τοποθέτησε την Αγία Τράπεζα, σε σημείο όπου χρειάζεται κανείς να κατέβει δεκαπέντε σκαλοπάτια. Έζησε με αυστηρή εγκράτεια και αδιάκοπη προσευχή προς τον Κύριο και την Πανάχραντο Παρθένο της Εκκλησίας. Ο όσιος ασκητής πέρασε χρόνια ολόκληρα μέσα σε αυτή τη σπηλιά, με νηστεία, αγρυπνία και αδιάλειπτη προσευχή στον Κύριο.

Σιγά σιγά γύρω του συγκεντρώθηκαν αδελφοί που επιθυμούσαν να ζήσουν την ίδια ασκητική πολιτεία υπό την καθοδήγησή του. Ο γέροντας τους δίδαξε με το ζωντανό παράδειγμα της δικής του αυστηρής μοναχικής ζωής στην έρημο. Με τα χρόνια οι ασκητές αυτοί αυξήθηκαν και ο Όσιος ίδρυσε την κανονική μονή προς τιμή της Παναγίας Βαρνάκοβας. Το νέο μοναστήρι έγινε σύντομα κέντρο ορθόδοξης πνευματικότητας στην ευρύτερη περιοχή της Στερεάς Ελλάδος και της Φωκίδας.

Ως αποκορύφωμα των κόπων του, το ίδιο το ασκητήριό του παραμένει μέχρι σήμερα τόπος προσευχής για τους πιστούς. Όταν τελείται η Θεία Λειτουργία στο μικρό ναΰδριο της σπηλιάς, στάζει αδιάκοπα Αγίασμα από την οροφή του βράχου. Αυτό το θαυμαστό σημείο γίνεται καθ' όλη τη διάρκεια της Θείας Λειτουργίας και αποτελεί μαρτυρία της παρουσίας του Αγίου. Στα δεξιά του ναού υπάρχει επίσης μικρή δεξαμενή, η οποία μάλλον συγκέντρωνε τα νερά της βροχής. Η θέα από τον τόπο εκείνο είναι καταπληκτική και το ιερό τοπίο υποβλητικό για κάθε ψυχή που το επισκέπτεται.

Ο τόπος προσφέρει αληθινή ησυχία, γαλήνη και ψυχική ανάταση σε όσους τον επισκέπτονται με ευλάβεια. Ο Όσιος Αρσένιος ο Βαρνακοβίτης κοιμήθηκε εν Κυρίω το χίλια εκατό έντεκα μετά Χριστόν, σε προβεβηκυία ηλικία. Άφησε πίσω του πλούσια πνευματική παρακαταθήκη και την πανέμορφη μονή της Παναγίας ως κιβωτό σωτηρίας. Έδωσε στον λαό της Φωκίδας έναν στέρεο φάρο πίστεως, ο οποίος φωτίζει μέχρι σήμερα τις ψυχές. Με τις πρεσβείες του οσίου Αρσενίου του Βαρνακοβίτη, αξίωσε και εμάς Κύριε, της επουρανίου σου βασιλείας.